Die Stadt Klatovy besteht aus den Ortsteilen Beňovy (Benhof), Chaloupky, Čínov (Wiederkomm), Dehtín (Dechtin), Dobrá Voda (Gutwasser), Drslavice (Derslawitz), Habartice (Habartitz), Kal (Gall), Klatovy I, Klatovy II, Klatovy III, Klatovy IV, Klatovy V, Kosmáčov (Kosmatschow), Křištín (Krischtin), Kvaslice (Kwaslitz), Kydliny (Kidlin), Lažánky (Laschanek), Luby (Lub), Otín (Wottin), Pihovice (Pihowitz), Sobětice (Sobietitz), Štěpánovice (Stiepanowitz), Střeziměř (Stresmersch), Tajanov (Tajanow), Točník (Totschnik), Tupadly (Tupadl), Věckovice (Wetzkowitz), Vícenice (Witzenitz) und Vítkovice (Witkowitz).[2] Grundsiedlungseinheiten sind Beňovy, Bor, Chaloupky, Čínov, Dehtín, Dobrá Voda, Domažlické předměstí, Drslavice, Habartice, Husovo náměstí, K Čertovce, K Čínovu, K Točníku, K Zaječímu vrchu, Kal, Klatovy-historické jádro I, Klatovy-historické jádro II, Kosmáčov, Křištín, Kvaslice, Kydliny, Lažánky, Luby, Na Harfě, Na Klášterce, Na rozvoji, Nad nádražím, Nad rybníčky, Obchodní zóna, Otín, Pátá čtvrť, Pihovice, Pod Borem, Pod Borem-U spravedlnosti, Pod Černou věží, Pod Hůrkou, Pod muzeem, Pod parkánem, Pod vodojemem, Sídliště Plánická, Sobětice, Štěpánovice, Střeziměř, Tajanov, Točník, Tupadly, U hřbitova, U nemocnice, U soudu, U vodojemu, Věckovice, Vícenice, Vítkovice, Wolkerova und Zastávka.[3]
Das Stadtgebiet gliedert sich in die Katastralbezirke Dehtín, Drslavice u Tupadel, Habartice u Obytců, Kal u Klatov, Klatovy, Kosmáčov, Křištín, Kvaslice, Kydliny, Luby, Otín u Točníku, Sobětice u Klatov, Střeziměř, Štěpánovice u Klatov, Tajanov u Tupadel, Točník u Klatov, Tupadly u Klatov, Věckovice u Janovic nad Úhlavou und Vícenice u Klatov.[4]
Nachbarorte sind Malá Strana, Sekrýt, Třešňovka, Štěpánovice, Markyta und Točník im Norden, Chaloupky, Čertovka, Ostřetice und Pihovice im Nordosten, Slavošovice, Cinovec, Čínov und Kydliny im Osten, Hoštičky, Lažánky, Mírovka, Sobětice und U Mlýna im Südosten, Luby im Süden, Lomec, Lomecká hospoda, Novákovice, Na Hrázi, Volenov, Drážský Mlýn und Bezděkov im Südwesten, Beňovy, Kal und Tajanov im Westen sowie Dupanda, Andělice und Svrčovec im Nordwesten.