Die CAF Champions League 2016 war die 20. Auflage dieses von der CAF organisierten Turniers. Sie begann am 12. Februar 2016 mit einer Vorrunde. Titelverteidiger war Tout Puissant Mazembe aus der DR Kongo.
Theoretisch sind alle 55 Mitgliedsverbände der CAF berechtigt, Mannschaften zu entsenden. Für die zwölf besten Nationalverbände der CAF-Fünfjahreswertung sind automatisch jeweils zwei Startplätze reserviert. Hierbei gilt für die Qualifikation zur Champions League 2016 die Wertung der Jahre 2010 bis 2014. Somit ergibt sich aus der Anzahl der zur CAF gehörenden Fußballverbände, dass maximal 67 Mannschaften an der Champions League teilnehmen könnten.
Am 24. Mai 2016 hat die CAF den AS Vita Club aus dem Wettbewerb ausgeschlossen, da der Klub einen gesperrten Spieler im Spiel gegen Mafunzo FC in der Vorrunde eingesetzt hatte. Obwohl Mamelodi Sundowns schon im Confederation Cup gespielt haben, hat der Klub seinen Platz in der Champions League zurückerhalten.
In der Viertelfinal-Gruppenphase traten in zwei Gruppen jeweils vier Mannschaften in Hin- und Rückspielen gegeneinander an. Die Gruppenersten und -zweiten qualifizierten sich für das Halbfinale.
↑Wegen der regelmäßigen Zuschauerausschreitungen während des Spiels zwischen ES Sétif und Mamelodi Sundowns am 18. Juni 2016, hat CAF entschieden, ES Sétif zu disqualifizieren und alle ihre Spiele zu annullieren bzw. nicht auszutragen.