Die Saison 1960/61 verbrachte MacNeil, nachdem er im Juni 1960 im Tausch für Stan Smrke von Toronto zu den Canadiens de Montréal transferiert worden war, bei den Hull-Ottawa Canadiens, dem Kooperationspartner der Canadiens, in der Eastern Professional Hockey League (EPHL). Mit der Mannschaft gewann er auf Anhieb die EPHL-Meisterschaft in Form der Tom Foley Memorial Trophy. Er selbst wurde in das First All-Star Team der Liga berufen und zum besten Verteidiger der Saison gewählt. Aufgrund seiner überzeugenden Leistungen wurde er zur Saison 1961/62 in den NHL-Kader Montréals berufen. Von 1962 bis 1966 spielte MacNeil nach der Auswahl im Intra-League-Draft für das NHL-Team Chicago Black Hawks. In der Saison 1966/67 stand er für die New York Rangers auf dem Eis, die ihn auf dieselbe Weise im Sommer 1966 verpflichtet hatten. Anschließend wurde er im NHL Expansion Draft 1967, als die Teilnehmerzahl der Liga von sechs auf zwölf Teilnehmer verdoppelt wurde, vom Liganeuling Pittsburgh Penguins ausgewählt. Für die Penguins erzielte er in der Saison 1967/68 in 74 Spielen zwei Tore und zehn Vorlagen.
In der Saison 1968/69 war er Spielertrainer bei den Houston Apollos aus der Central Hockey League (CHL), nachdem ihn die Canadiens de Montréal im Juni 1968 abermals in einem Transfergeschäft im Austausch für Wally Boyer verpflichtet hatten und an die Apollos abgegeben hatten. Denselben Posten füllte der Abwehrspieler auch in der Saison 1969/70 bei den Voyageurs de Montréal aus der AHL aus. Danach beendete er im Alter von 34 Jahren seine aktive Karriere als Spieler und widmete sich ganz der Trainertätigkeit.
In der Saison 1970/71 war MacNeil zunächst Assistenz-, dann Cheftrainer bei seinem Ex-Klub Canadiens de Montréal, die er zum Gewinn des prestigeträchtigen Stanley Cups führte. Aufgrund fehlender Französischkenntnisse und Problemen mit den Spielern wurde er jedoch trotz des Erfolges von seinen Aufgaben entbunden und zum neuen Farmteam der Canadiens, den Nova Scotia Voyageurs, in die AHL versetzt. In den sechs Jahren, in denen MacNeil Cheftrainer der Nova Scotia Voyageurs war, gewann er mit diesen in den Jahren 1972, 1976 und 1977 dreimal den Calder Cup sowie er selbst in den Jahren 1972 und 1977 jeweils den Louis A. R. Pieri Memorial Award als bester Trainer der AHL. Von 1977 bis 1979 war er als Director of Player Personnel für die Canadiens de Montréal tätig und gewann in dieser Funktion weitere zweimal mit seinem Arbeitgeber den Stanley Cup.
Zur Saison 1979/80 erhielt er von den Atlanta Flames die Möglichkeit als Cheftrainer in die NHL zurückzukehren. Nach Umsiedlung des Franchises war er zudem zwei Jahre lang für das Nachfolgeteam Calgary Flames tätig. Zwischen 1988 und 2006 arbeitete der Kanadier als Assistent des General Manager für die Calgary Flames und gewann 1989 mit dem Team ebenfalls den Stanley Cup. In der Saison 2002/03 stand er zudem als Interimstrainer in elf Spielen bei der NHL-Mannschaft der Flames hinter der Bande. Ebenso war er bei den Auftragungen des Canada Cups in den Jahren 1976 und 1981 als Assistenztrainer der kanadischen Nationalmannschaft tätig gewesen.
Im Anschluss an seine Zeit als Spieler und Trainer erhielt MacNeil zahlreiche Auszeichnungen. So wurde er in den Jahren 1980 und 1998 zunächst in die Sports Hall of Fames seiner Heimatprovinz Nova Scotia und der Insel Cape Breton aufgenommen. Im Jahr 2011 erhielt er die Ehrendoktorwürde der Cape Breton University, gefolgt von der Aufnahme in die AHL Hall of Fame im Jahr 2014. MacNeil verstarb Anfang Januar 2025 im Alter von 89 Jahren in seiner Wahlheimat Calgary.[1]
(Legende zur Spielerstatistik: Sp oder GP= absolvierte Spiele; T oder G= erzielte Tore; V oder A= erzielte Assists; Pkt oder Pts= erzielte Scorerpunkte; SM oder PIM= erhaltene Strafminuten; +/−= Plus/Minus-Bilanz; PP= erzielte Überzahltore; SH= erzielte Unterzahltore; GW= erzielte Siegtore; 1Play-downs/Relegation; Kursiv: Statistik nicht vollständig)
(Legende zur Trainerstatistik: Sp oder GC = Spiele insgesamt; W oder S = erzielte Siege; L oder N = erzielte Niederlagen; T oder U = erzielte Unentschieden; OTL oder OTN = erzielte Niederlagen nach Overtime oder Shootout; Pts oder Pkt = erzielte Punkte; Pts% oder Pkt% = Punktquote; Win% = Siegquote; Resultat = erreichte Runde in den Play-offs)