Der Verein trug seit seiner Gründung im Jahr 2009 den Namen FC Masr, ehe er am 24. November 2020 nach der Übernahme durch ZED Egypt in ZED FC umbenannt wurde. Die Mannschaft spielte unter dem Namen FC Masr nur einmal in der Egyptian Premier League, und zwar in der Saison 2019/20.[1]
Am 1. November 2009 gab das ägyptische Fußballmanagement-Unternehmen Masr for Football SAE die Gründung des Vereins bekannt. Ziel war es, einen führenden Fußballverein in Ägypten mit besonderem Fokus auf die Nachwuchsförderung aufzubauen. Da die Saison 2009/10 bereits begonnen hatte, konnte der Klub zunächst nicht am Spielbetrieb teilnehmen und stieg erst zur Saison 2011/12 in die vierte Liga des ägyptischen Ligasystems ein. Aufgrund des regionalen Formats der Liga wurde FC Masr einer Gruppe mit Vereinen aus Kairo zugeteilt.
Der Verein startete erfolgreich in seine erste Saison und stand kurz vor dem Einzug in die Aufstiegs-Play-offs, ehe sämtliche Fußballaktivitäten in Ägypten nach den Ausschreitungen beim Stadionunglück von Port Said im Februar 2012 eingestellt wurden. Die Vorfälle ereigneten sich nach einem Spiel der Premier League zwischen Al Masry SC und Al Ahly SC und forderten 74 Todesopfer.[2]
In der folgenden Saison belegte FC Masr erneut den ersten Platz seiner Gruppe und stieg direkt in die Egyptian Third Division auf. Dort spielte der Verein in einer Gruppe mit Teams aus Kairo, Gizeh, Monufia und weiteren Gouvernements. Nach dem Gruppensieg qualifizierte sich der Klub für die Aufstiegsrunde und erreichte dort erstmals den Aufstieg in die Egyptian Second Division. Damit gelang dem Verein innerhalb von nur zwei Jahren der Durchmarsch von der untersten Liga in die zweithöchste Spielklasse.
Im November 2020 wurde der Verein nach der Übernahme durch ZED Sports in ZED FC umbenannt. Die neue Vereinsführung installierte den ehemaligen Nationalspieler Osama Nabieh als Trainer.[3]
Die Nachwuchsakademie von ZED FC wurde bei den Globe Soccer Awards 2021 als „Best Youth Academy in Africa“ und 2023 als „Best Middle East Academy“ ausgezeichnet.[4]
Im Dezember 2021 gab der Verein eine Partnerschaft mit dem englischen Premier-League-Klub Aston Villa FC bekannt. Diese Kooperation sollte Nachwuchsspielern aus der Akademie den Weg nach Europa ermöglichen. Aston Villa ist teilweise im Besitz von Nassef Sawiris, dem Bruder des ZED-FC-Eigentümers Naguib Sawiris.[5]
Im April 2023 wurde die Zusammenarbeit erweitert. ZED FC wurde Teil einer Kooperation mit Aston Villa und dem portugiesischen Klub Vitória Guimarães, der ebenfalls zur V-Sports-Gruppe von Nassef Sawiris gehört.[6]
Im Oktober 2023 wurde die Partnerschaft mit der Aufnahme des japanischen Vereins Vissel Kobe weiter ausgebaut.[7]
Nach dem ersten Platz in Gruppe B der Saison 2022/23 stieg ZED FC erneut in die Egyptian Premier League auf und belegte dort in der Saison 2023/24 den siebten Tabellenplatz.
In der Saison 2023/24 erreichte ZED FC zudem das Finale des Egypt Cup, verlor dort jedoch mit 0:1.