Der Klub wurde am 24. April 1907 gegründet und ist der erfolgreichste Verein in Ägypten. Bisher erreichte er 45 ägyptische Meistertitel und 38 Pokalsiege. Al Ahly ist auch einer der stärksten Klubs in Afrika und wurde 2000 von der CAF zum „Klub des Jahrhunderts“ gewählt.
1982, 1987, 2001, 2005, 2006, 2008, 2012, 2013, 2020, 2021, 2023 und 2024 gewann al Ahly die CAF Champions League und ist damit Rekordtitelgewinner dieses Wettbewerbs. Da die Mannschaft auch 2007 das Finale erreichte, aber Étoile Sportive du Sahel unterlag, gelangen ihr vier Finalteilnahmen in Folge, was zuvor nur Tout Puissant Mazembe (1967–1970) vorweisen konnte. Zwischen 2020 und 2024 erreichte der Klub fünf Finals in Folge. 1988 gelang zudem der Sieg beim interkontinentalen Afroasiatischen Pokal.
Bei der FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2005 in Japan belegte der Klub als Vertreter der CAF den letzten Platz. Mit seiner Titelverteidigung in der CAF-Champions-League war die Mannschaft für die FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2006 qualifiziert, wo sie den dritten Platz erreichte. 2008 nahm der Verein zum dritten Mal an der FIFA-Klub-Weltmeisterschaft teil. Hier schieden sie im Viertelfinale aus.
Die Derbys mit dem Lokalrivalen al Zamalek SC sind sehr emotionsgeladen. Für die Leitung der Spiele müssen regelmäßig ausländische Schiedsrichter ins Land geholt werden. Den größten Erfolg im Derby feierte al Ahly mit einem 6:1-Sieg in einem Ligaspiel der Saison 2002. Die größte Niederlage war ein 0:6 im Pokalfinale 1943.
Am 1. Februar 2012 kam es bei einem Auswärtsspiel in Port Said gegen Al-Masry zu schweren Fan-Ausschreitungen, bei denen 74 Menschen getötet und mehr als 1000 verletzt wurden. Die Fangruppe Ultras al-Ahlawy hatte sich zuvor an der Revolution in Ägypten 2011 beteiligt.[1] Die Fanausschreitungen fanden kurz nach dem Jahrestag des Aufstands statt.[2] Die Mannschaft al Ahlys stellte anschließend vorübergehend den Spielbetrieb ein.[3]
Seit September 2022 wurde der Club vom Schweizer Marcel Koller trainiert.[4] Er wurde Ende April 2025 entlassen.[5] Im Mai 2025 übernahm José Riveiro die Rolle des Trainers[6]. Dieser wurde Anfang September 2025 wieder entlassen, worauf im Oktober 2025 Jess Thorup verpflichtet wurde.[7][8]