Er schaffte gleich in der ersten Saison den Durchbruch, und mit 34 Toren in seiner ersten regulären Saison verpasste er nur knapp die Calder Memorial Trophy, die in dieser Saison an Gary Suter ging. In einem Spiel gegen die Chicago Blackhawks wurde er 1987 mit einem Cross-Check ins Tor befördert und zog sich dabei eine schwere Rückenverletzung zu. Erst gegen Ende der folgenden Saison konnte er wieder aufs Eis. Neun Jahre spielte er in Toronto, die letzten drei davon als Mannschaftskapitän, bevor er im Tausch für Mats Sundin nach Québec wechselte. Nach Ende der Saison, die durch einen Streik bedingt nur kurz war, wechselte er zu den New York Islanders. Zum Saisonende kehrte er aber wieder zu den Maple Leafs zurück. Nach zwei vollständigen Spielzeiten ging es für Clark wieder weg von Toronto. Eineinhalb Jahre und drei Teams später war er in Toronto zurück.
Zweimal nahm Wendel Clark am NHL All-Star Game teil. Er hält dabei mit 13 Jahren den Rekord für die längste Pause zwischen zwei Teilnahmen.
Am 22. November 2008 ehrten ihn die Toronto Maple Leafs, indem sie seine Nummer 17 in die „honorierten Nummern“ aufnahmen. Ein Banner mit seiner Nummer und einem Bild von ihm hängt in der Air Canada Arena. Anders als bei anderen Teams wird die Nummer weiterhin vergeben.
(Legende zur Spielerstatistik: Sp oder GP= absolvierte Spiele; T oder G= erzielte Tore; V oder A= erzielte Assists; Pkt oder Pts= erzielte Scorerpunkte; SM oder PIM= erhaltene Strafminuten; +/−= Plus/Minus-Bilanz; PP= erzielte Überzahltore; SH= erzielte Unterzahltore; GW= erzielte Siegtore; 1Play-downs/Relegation; Kursiv: Statistik nicht vollständig)