Für den Fernverkehr erwarb Regiojet von Ferrovie Nord Milano im Jahre 2010 neun elektrische Lokomotiven der Baureihe 162. Die Maschinen waren 1995 von Škoda für die České dráhy (ČD) gebaut, aber nicht abgenommen worden.[27] Ein Umbau erhöhte ihre Höchstgeschwindigkeit von 120 km/h auf 140 km/h. Sie haben die Betriebsnummern 162.112–120.
Ab 2014 wurden elektrische Lokomotiven vom Typ Vectron MS eingesetzt, welche vom Unternehmen European Locomotive Leasing verleast werden.[28] Zeitweise wurden bis zu zehn Vectron-Lokomotiven eingesetzt. Der Einsatz von Vectron endete offiziell im Juli 2024, allerdings wird wegen der ausstehenden Zulassung der Traxx MS3 für Österreich eine Vectron weiterhin angemietet.[29]
Seit Mitte Mai 2018 werden insgesamt vier Lokomotiven vom Typ Traxx MS2 eingesetzt, welche ab April 2018 ausgeliefert wurden.[30] Auf Grundlage der ersten Bestellung wurden 2019 zunächst 15 Lokomotiven vom Typ Traxx MS3 bestellt, welche bis 2022 ausgeliefert wurden, wobei beide Baureihen bevorzugt für grenzüberschreitenden Verbindungen eingesetzt werden.[31][32] Im Februar 2023 wurden 13 weitere Lokomotiven vom Typ MS3 bestellt, die ab 2024 ausgeliefert werden sollen.[33] 2022 wurde außerdem erwogen, aufgrund von Problemen bei der Lieferung der Traxx MS3 bei CRRC Lokomotiven vom Typ Bison zu beschaffen.[34]
Für die Instandhaltung der Lokomotiven wurde 2018 das Tochterunternehmen Regiojet Pool gegründet, welches auch für das Leasing von Lokomotiven an andere Eisenbahnverkehrsunternehmen verantwortlich ist. Nach der Auslieferung der 2023 bestellten Traxx MS3 ist geplant, die Lokomotiven vom Typ Traxx MS2 aus dem regulären Reisezugverkehr herauszunehmen und ausschließlich dem Leasinggeschäft zuzuweisen.[35][36]
2011 übernahm Regiojet von den Österreichischen Bundesbahnen (ÖBB) 28 ausgemusterte Eurofima-Wagen,[37] ein Jahr später von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) weitere zwölf.[38] Im September 2014 wurde gemeldet, dass der rumänische Waggonbauer Astra Vagoane 2015 zehn Neubauwagen an Regiojet liefert, die sowohl in Tschechien als auch in der Slowakei zum Einsatz kommen sollen.[39] Hauptsächlich für die seit Dezember 2014 bediente Verbindung Bratislava – Žilina – Košice hat Regiojet außerdem drei Vectron-Lokomotiven bei ELL Austria angemietet.[40] Außerdem wurden weitere 18 Wagen von den ÖBB gekauft, so dass insgesamt 46 ehemalige österreichische Wagen im Bestand sind. Von DB Fernverkehr erwarb Regiojet im Jahr 2019 klimatisierte Liegewagen[41] sowie Großraumwagen (Apmz125 und Bpmz857).[42] Diese wurden teilweise mit neuen Sitzen ausgestattet. Später kamen noch einige Avmz 111 hinzu.
Die Fernzüge verfügen über vier Wagenklassen: Low-Cost (2. Klasse), Standard (2. Klasse), Relax (1. Klasse) und Business (Luxusklasse).[43][44]
Seit dem 5. Februar 2024 wurde auf der Verbindung Ústí nad Labem – Kolín versuchsweise für drei bis vier Monate einer von drei Triebzügen des Typs Sirius, Baureihe 665, des Herstellers CRRC eingesetzt, welche ursprünglich 2016 von Leo Express bestellt wurden. Die Züge waren allerdings nach der Auslieferung 2019 bis zur Stornierung der Beschaffung durch Leo Express nicht im Einsatz.[45][46][47] Im Dezember 2024 wurde der dritte bisher in China verbliebene Zug angeliefert.
Für den Rangierverkehr im Großraum Prag wird jeweils eine Lokomotive der Baureihen 703, 721 und 740 eingesetzt.
Für die Strecke Bratislava – Komárno setzte Regiojet neun dreiteilige Triebzüge des Typs Bombardier Talent ein.[48] Sie wurden bei Alpha Trains gemietet, fuhren früher bei der Prignitzer Eisenbahn und tragen die Baureihenbezeichnung 643. 2013 wurden fünf Talent zurückgegeben und dafür sechs Desiro gemietet. Regiojet setzt auch Triebwagen der DB-Baureihe 628.2 ein, die zuvor in Deutschland gefahren sind.[49]
Für den Betrieb der Regionalstrecken im Ústecký kraj wurden Fahrzeuge der DB-Baureihe 628.2 von DB Regio übernommen. Bis 2023 wurden die Fahrzeuge durch neue elektrische Triebzüge des Typs RJ-Baureihe 654 ersetzt.[50] 2022 wurden sieben zusätzliche Fahrzeuge für den Einsatz im Großraum Prag bestellt, welche ab 2024 ausgeliefert werden sollen.[51]
Im Mai 2024 bestellte RegioJet 23 Elektrotriebzüge des Typs RegioPanter bei Škoda Transportation. Die 15 Zweiwagen- und 8 Dreiwagenzüge können 160 km/h erreichen und sollen ab 2026 im Regionalverkehr um Ústí nad Labem eingesetzt werden. Die RegioPanter werden anstelle der 2023 bestellten Pesa-Züge beschafft, da Pesa weniger schnell liefern konnte.[52]