Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde der Platz nach einem einjährigen Intermezzo als Station des RAF Coastal Command 1946 an die Royal Navy (RN) übergeben, die Royal Naval Air Station Lossiemouth war fortan als HMS Fulmar bekannt und unterstützte das Training zukünftiger Flugzeugträgerpiloten der Fleet Air Arm.
1958 wurde auf der Basis die 1. Mehrzweckstaffel der Deutschen Marine in Dienst gestellt. Diese Staffel wurde später im Jahre zum Fliegerhorst Schleswig in Schleswig-Holstein verlegt, wo sie bis Ende 1993 als Marinefliegergeschwader 1 der Bundesmarine im Dienst war.
Im Jahre 1967 kamen Blackburn Buccaneer Marine-Tiefangriffsbomber bei der Havarie des Supertankers Torrey Canyon zum Einsatz. Im Vorfeld der Außerdienststellung ihrer konventionellen Flugzeugträger gab die Royal Navy die Station Lossiemouth am 28. September 1972 an die Royal Air Force zurück.
Neben den Kampfjets waren hier ab 1978 auch einige Westland-Sea-King-Rettungshubschrauber stationiert, die von der 'D' Flight der 202. Squadron betrieben wurden. Die Hubschrauber kamen unter anderem beim Bohrinsel-Unglück der Piper Alpha 1988 und dem Pan-Am Absturz über Lockerbie im gleichen Jahr zum Einsatz. Infolge der Privatisierung der britischen Luftrettung verließ die Einheit nach 40 Jahren die Station Anfang April 2015[3].
Während der 1980er und zu Beginn der 1990er Jahre war weiterhin ein Großteil der ebenfalls an die RAF abgegebenen Buccaneers in RAF Lossiemouth stationiert, inklusive der Umschuleinheit. Die Maschinen wurden nach wie vor, jetzt landgestützt, als Marinejagdbomber verwendet. Parallel beherbergte die Basis die Umschuleinheit für die Jaguar Jagdbomber, die bis zum Jahr 2000 am Platz lag.
Mit Außerdienststellung der Buccaneers wurde die Basis Heimat von Panavia-Tornado-Staffeln, die vorher in England, aber auch in Deutschland bei der RAF Germany stationiert waren. Zu den Staffeln zählt neben der 12. (Bomber) und 15. (Reserve), der Tornado-Umschuleinheit, auch die berühmte 617. "Dambuster" Squadron.
Nach 1990 kamen Maschinen aus Lossie bei den diversen Operationen im Mittleren Osten und über dem Balkan zum Einsatz, vom Golfkrieg 1991 bis zum Bürgerkrieg in Libyen 2011.
Das No. 140 Expeditionary Air Wing (EAW) wurde am 1. April 2006 in Lossiemouth aufgestellt. Zur EAW gehören keine der fliegenden Staffeln. Der Kommandeur der Basis ist gleichzeitig Kommandeur der EAW. Prinz Andrew, Duke of York war Ehrenoberst von RAF Lossiemouth.
Die beiden Tornado GR.4 Einsatzstaffeln wurden am 28. März 2014 außer Dienst gestellt und im Juni des Jahres trafen die ersten Typhoons der 6. Squadron aus Leuchars (siehe unten) ein, gefolgt von der 1. Squadron Anfang September 2014. Im Januar 2015 kam mit der 2. Squadron eine dritte Staffel hinzu. Die Tornado-Umschuleinheit, die 15. Staffel, wurde schließlich Ende März 2017 ebenfalls außer Dienst gestellt[4] bevor am 1. April 2019 mit der 9. Squadron die Typhoon-Force ihre Zielgröße erhielt[5].
Die Schweizer Luftwaffe führte ab dem Platz ab 2017 im November Nachtflugtrainings durch.[6]
Die Veröffentlichung eines neuen Weißbuchs im Jahr 2015 durch die britische Regierung führt zu einem Ausbau der Basis. Neben der vierten Typhoon-Staffel wurde die schottische Basis nach 2018 als Stützpunkt der 2016 bestellten Poseidon-Seefernaufklärer[7] ausgebaut[8]. Das erste Exemplar der 120. Squadron traf Mitte Oktober 2020 in Lossiemouth ein, nachdem der Flugbetrieb in den Monaten zuvor noch vom benachbarten Kinloss aus erfolgte, während die Runway in Lossiemouth instand gesetzt wurde[9]. Im August 2021 wurden als weitere Einsatzstaffel die 201. Squadron und im September 2023 als Umschuleinheit die 42. Squadron reaktiviert[10].
Nach der Entscheidung, die wie die Poseidon aus der Boeing 737 abgeleitete Wedgetail ebenfalls in Lossiemouth zu stationieren (die Vorgänger waren in Waddington stationiert), erhielt die Basis für weitere 83 Millionen Pfund einen weiteren Wartungshangar.[11] Die Modernisierung der Basis, die es auch der United States Navy ermöglicht einige ihrer P-8A von hier aus einzusetzen, wurde Mitte 2024 vorerst abgeschlossen.[12] Die erste Wedgetail traf nach Verzögerungen schließlich im Mai 2026 ein[13]
