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Caudoviricetes

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Caudoviricetes

Caudoviricetes

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria[1][2][3][4]
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes[1][3]
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear/zirkulär unsegmentiert
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Caudoviricetes
Links
ICTV Taxon History: 201907120
NCBI Taxonomy: 2731619
Typische Morphologie der Myoviren (Morphotyp A), Podoviren (Typ C) und Siphoviren (Typ B);
von links nach rechts.
Bacillus-Phage Gamma (Gattung Wbetavirus, Siphoviren)[5]

Caudoviricetes (von lateinisch cauda ‚Schwanz‘) ist eine Klasse von Viren, die Bakterien und Archaeen als Wirte nutzen und eine Kopf-Schwanz-Struk­tur besitzen, weshalb die Mit­glieder der Caudo­viricetes einer­seits als Bakterio­phagen klassi­fiziert, anderer­seits gelegentlich informell als Schwanz­viren bezeichnet werden. Die Klasse umfasste bis zum März 2022 nur eine einzige vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Ordnung, Caudo­virales. Diese Ordnung war 1998 von Hans-Wolfgang Ackermann aufgrund von EM-Aufnahmen der Virionen als Supergruppe aller geschwänzten Bakteriophagen vorgeschlagen worden, was in der Folge vom ICTV bestätigt wurde. Die klassische Unterteilung dieser Gruppe in Familien erfolgte ebenfalls hauptsächlich aufgrund der genauen Morphologie des am Kapsid sitzenden Schwanz­stückes:

  • Myoviren (englisch myoviruses, ehemalige Familie Myoviridae): Morphotyp A: langes kontraktiles Schwanzstück
  • Siphoviren (en. siphoviruses, ehemalige Familie Siphoviridae): Morphotyp B: langes nicht-kontraktiles Schwanzstück
  • Podoviren (en. podoviruses, ehemalige Familie Podoviridae): Morphotyp C: kurzes nicht-kontraktiles Schwanzstück.

In zunehmendem Maße erlangen aber Gen- und Genom- bzw. Proteom-Vergleiche für die Taxonomie an Bedeutung. Es zeigte sich dabei, dass diese drei traditionellen morphologisch begründeten Familien nicht monophyletisch waren. Teilweise sogte häufiger hirzonteler Genaustausch (HGT) für eine mosaikartige oder hybride Zusammensetzung der Virion-Proteine.[6][7] Dies hatte zur Folge, dass Genomsequenzen (sog. Contigs) aus der Metagenomik im bestehenden System – mit fehlender Information über die Morphologie – nicht zugeordnet werden konnten.[8]

Um dieses Problem zu lösen, hatte das ICTV zunächst verschiedene Gruppen aus diesen herkömmlichen Familien – zunächst formell noch innerhalb der damaligen Ordnung Caudovirales – in neue geschaffene Familien verschoben, darunter die Ackermannviridae, Autographiviridae (jetzt Ordnung Autographivirales), Chaseviridae, Demerecviridae und Herelleviridae.

Im März 2021 resultierten diese Bestrebungen in dem Vorschlag einer kompletten Reorganisation der Klasse unter Abschaffung der bisherigen Ordnung Caudovirales; sowie der Auflösung der damaligen polyphyletischen Familien (Myoviridae, Podoviridae und Siphoviridae), wobei diese durch neue monophyletische Familien ersetzt werden und nur noch informall als nicht-taxonomische Gruppen zur morphologischen Klassifizierung (Morphotypen) bestehen bleiben.[8]

Diesen Vorschlag hat das ICTV dann im März 2022 vollständig umgesetzt. Die Ordnung Caudovirales wurde aufgelöst. Der Klade der aus der Metagenomik identifizierten crAss-like phages wurde dabei gemäß Vorschlag der Rang einer Ordnung Crassvirales gegeben[8] und noch weitere Ordnungen eingerichtet. Neben den oben genannten bereits aus den herkömmlichen drei Familien (Morphotypen) ausgegliederten Familien wurden dabei weitere Familien definiert, etliche Unterfamilien verblieben aber zunächst noch ohne Familienzuordnung.

Genom

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Das Genom der Caudoviricetes ist unsegmentiert (monopartit), d. h. es besteht aus einem einzigen Molekül einer (gewöhnlich) doppelsträngigen DNA mit einer Größe von 18 bis 500 kBp (Kilobasenpaare). Es ist bei den klassischen Myo-, Sipho- und Podoviren linear, kann aber (wie bei den Crassvirales, en. crAss-like phages) auch als eine ringförmig geschlossene (zirkuläre) DNA vorliegen.

Neben den üblichen Nukleotiden des genetischen Codes besitzen die Caudoviricetes auch modifizierte, z. B. glykosylierte Basen (d. h. mit angehängten zusätzlichen Zuckerresten) oder 5-Hydroxymethylcytosin an Stelle von Cytosin. Die DNA befindet sich in einem 45 bis 170 nm im Durchmesser großen ikosaedrischen Kapsid aus meist 72 Kapsomeren; das Schwanzstück kann bis zu 230 nm lang sein.

Das Genom kodiert für 27 bis über 600 Gene, deren Anordnung stark variiert. Charakteristisch sind die den namensgebenden Schwanz kodierenden Schwanzproteine (tail proteins, TPs: major tail protein, MTP; minot tail protein, mTP)[9] und Connectorproteine (connector proteins).[6]

Das Genom kann von einzelsträngigen Lücken durchbrochen sein und im linearen Fall kovalent gebundene terminale Proteine besitzen. Im Bakterium können diese Caudoviricetes in das Nukleoid integrieren (Prophage) oder als lineares bzw. zirkuläres Plasmid in der Zelle verbleiben.

Die Anzahl der isolierten Genome ist verhältnismäßig hoch, da die Caudoviricetes einem ständigen genetischen Austausch zwischen viralem und bakteriellem Genom wie auch dem horizontalen Austausch als Plasmid zwischen Bakterien unterliegen (siehe horizontaler Gentransfer). Es entsteht so eine Vielzahl von so genannten „Mosaiktypen“.

Verbreitung

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Die Caudoviricetes sind stammesgeschichtlich sehr alte Viren mit großen Populationsvarianten und weltweiter Verbreitung. Man schätzt, dass sich etwa 1031 Virionen der Caudoviricetes in der Biosphäre befinden, die aneinandergelegt einer Strecke von 2×108 Lichtjahren entsprächen. Die Caudoviricetes machen den überwiegenden Anteil des Virioplanktons in den Meeren und Gewässern aus.

Systematik

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Mit Stand 20. März 2026 kennt das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) die folgende Familien und Unterfamilien (ergänzt um einige Vorschläge in doppelten Anführungszeichen), wobei etliche Gattungen, Unterfamilien und Familien noch ohne Zuordnung sind:[10]

Klasse Caudoviricetes

  • Ordnung Metacrassvirales – abgetrennt von Crassvirales, daher zirkuläres Genom, Morphotyp: Podoviren
    • Familie Tripviridae
      • Gattung Crabavirus
        • Spezies Crabavirus typica – aus dem menschlichen Metagenom[22][A. 2]
  • Ordnung Methanobavirales – Archaeen-Viren der Methanbildner mit Kopf-Schwanz-Struktur; Siphoviren,[21] inzwischen auch mit Myoviren und evtl. Podoviren (siehe dort).
  • Ordnung/Supergruppe nicht zugewiesen
    • Morphotyp A: Myoviren (englisch myoviruses)
    • Morphotyp B: Siphoviren (englisch siphoviruses)
    • Morphotyp C: Podoviren (englisch podoviruses)
    • Ordnung nicht zugewiesen und ohne bekannte Zuordnung zu einem der drei obigen Morphotypen:
      • ​Familie Altumviridae – Archaeenviren der Tiefsee
        • Gattung Calorvirus – aus Tiefsee-Thermalquellen
          • Spezies Calorvirus bachi, mit Uncultured archaeal virus isolate JdFR1000234
          • Spezies Calorvirus huberae, mit Archaeoglobus-Virus JdFR416
      • ​Familie Assalcaviridae – Archaeenviren (arTVs)
        • Gattung Karumvirus – benannt nach dem Fundort Karumsee von DHTV6
          • Spezies Karumvirus danakilense, mit Danakil Halobacteriales tailed virus 6 (DHTV6)
      • ​Familie Blefusviridae – Archaeenviren (arTVs)
        • Gattung Wecalvirus
          • Spezies Wecalvirus danakilense, mit Danakil Nanohaloarchaeota tailed virus 3 (DNTV3)
      • ​Familie Clermontviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach Clermont-Ferrand, dem Fundort von MxTV1
        • Gattung Ventrumvirus
          • Spezies Ventrumvirus gergoviense, mit Methanonassiliicoccales tailed virus 1 (MxTV1)
      • ​Familie Dallocaviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach Dallol, dem Fundort von DHTV2; „ca“ steht für Caudoviricetes
        • Gattung Kalovirus
          • Spezies Kalovirus danakilense, mit Danakil Halobacteriales tailed virus 2 (DHTV2)
      • ​Familie Danacaviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach der Danakil-Depression, em Fundort von DHTV1
        • Gattung Gablavirus
          • Spezies Gablavirus danakilense, mit Danakil Halobacteriales tailed virus 1 (DHTV1)
      • ​Familie Fuxiviridae – Archaeenviren (arTVs)
        • Gattung Taijivirus (früher Fuxivirus, Taichivirus), benannt nach Taiji (Tai Chi)
          • Spezies Taijivirus yinyang, mit Bathyarchaeia bifangarchaeales fuxivirus 1 (BbFv1), benannt nach Yinyang
      • ​Familie Gulliviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach Gulliver in Gullivers Reisen wegen des großen Genoms dieser Viren
        • Gattung Latyvirus – „Laty“ steht für Lake Tyrrell, dem Fundort von LTV2
          • Spezies Latyvirus nanohalovivens, mit Lake Tyrrell virus 2 (LTV2) – assoziiert mit Nanohaloarchaea (Artnamenszusatz!)
        • Gattung Lemuelvirus – Lemuel ist der Vorname von Gulliver
          • Spezies Lemuelvirus danakilense, mit Danakil Nanohaloarchaeota tailed virus 1 (DNTV1), benannt nach der Danakil-Depression (Fundort)
      • ​Familie Infernusviridae – Archaeenviren (arTVs)
      • ​Familie Jasonviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach dem Tiefsee-Tauchroboter (ROV) Jason
        • Gattung Obscurovirus
      • ​Familie Konodaiviridae – benannt nach Konodai, Stadtteil von Ichikawa, wo die Vertreter Syoka, Wayo und Iryou isoliert wurden.
        • Gattung Akedovirus
          • Spezies Akedovirus syoka, mit Akedovirus sp. isolate 2520_67539 – im menschlichen Stuhl
        • Gattung Satomivirus
          • Spezies Satomivirus wayo, mit Satomivirus sp. isolate 1827_77749 alias Uncultured phage 1827_77749 – im menschlichen Stuhl
        • Gattung Shienvirus
          • Spezies Shienvirus iryou, mit Shienvirus sp. isolate 0727_113293 – im menschlichen Stuhl
      • ​Familie Kunpengviridae – Archaeenviren
        • Gattung Dafengvirus
          • Spezies Dafengvirus linsing, mit Bathyarchaeia jinwuousiales Kupengvirus 1 (BjKV1)
      • ​Familie Lilliviridae – Archaeenviren
        • Gattung Mildendovirus
          • Spezies Mildendovirus danakilense, mit Danakil Nanohaloarchaeota tailed virus 2 (DNTV2)
      • ​Familie Lutetiaviridae – Archaeenviren (arTVs), benannt nach Lutetia, dem antiken römischen Namen von Paris
        • Gattung Classicovirus
          • Spezies Classicovirus victor (früher Caudoviricetes sp. vir335), mit Methanomassiliicoccales tailed virus 2 (MxTV2), Isolat vir335
      • ​Familie Quasboviridae – „Quasbo“ bedeutet „Salz“ in der Afar-Sprache
        • Gattung Cusbovirus – „Cusbo“ bedeutet „Salz“ in der Sprache Somali
          • Spezies Cusbovirus danakilense, mit Danakil Halobacteriales tailed virus 8 (DHTV8) – verweist auf die Danakil-Depression (Fundort)
      • ​Familie Saladoviridae – „Salado“ bedeutet „Salz“ auf Spanisch
        • Gattung Crypovirus – Kofferwort für crystallizer pond (Kristallisationsbecken), ein solches Becken in einem Salzsse der Danakil-Depression ist der Fundort
          • Spezies Crypovirus alicantense, mit Environmental halophage eHP-23 (eHP-23)
          • Spezies Crypovirus chilense, mit Grande Nanohaloarchaeota tailed virus 1 (GNTV1)[38]
      • ​Familie Seadebiviridae
        • Gattung Hacxwiqakvirus – „Hacxwiqak“ bedeutet „tiefste Stelle des Ozeans“ in de Sprache der Nuu-chah-nulth (Nuučaan̓uł) inkl. der Pacheedaht.
      • ​Familie Tenebraviridae
        • Gattung Caldusvirus – von lateinisch caldus ‚heiß‘, ‚warm‘, dies verweeist auf die geothermisch erwärmten Flüssigkeiten in der Erdkruste, in denen das Virus JdFR005 gefunden wurde
          • Spezies Caldusvirus fisheri, mit Archaeoglobus-Virus JdFR005 – Fundort: Flanke des Juan-de-Fuca-Rückens
      • ​Familie Toyamaviridae
        • Gattung Totsukavirus
          • Spezies Totsukavirus waseda, mit Totsukavirus sp. isolate 2698_63430
        • Gattung Ushigomevirus
          • Spezies Ushigomevirus gakusyuin, mit Ushigomevirus sp. isolate 1319_99498
        • Gattung Wadatovirus
          • Spezies Wadatovirus soudai, mit Wadatovirus sp. isolate 2120_77420
      • Familie „Saltoviridae“[39]
        Nach diesem Vorschlag aus dem Jahr 2018 sollten diese Familie aus den folgenden Gattungen zusammengestzt sein:
        Dies wäre eine aus Caudoviricetes-Viren zusammengesetzte Familie(!) mit unterschiedlichen Morphotypen – anders als die bekannten gemischten Taxa auf Ordnungsebene. Der Vorschlag wurde bisher (Stand Mai 2026) vom ICTV (noch) nicht angenommen.
      • ​Familie „Flandersviridae“[40]
        Dieser 2021 von Benler et al. vorgeschlagenen Familie aus dem menschlichen Darm-Mikrobiom wurden ursprünglich mehrere Sequenzen zugeordnet, darunter:
        • PPYF01000036.1 (Human gut metagenome contig0000036)[41]
        Weitere Sequenzen, wie OJML01000036.1[42] und OLOC01000071.1[43] wurden inzwischen von den autoren zurückgezogen. Das gilt auch für die Seuwnzen zu den gleichzeitig vorgeschlagenen Familien „Gratiaviridae“ und „Quimbyviridae“, sowie die mögliche Familie „Group 4986“. Die Familie „Flandersviridae“ bekamm jedoch 2023 Unterstützung durch Shah et al., die noch weitere Familien insbesondere der Caudoviricetes vorschlugen bzw. unterstützten:[44]
      • Familie „Sisseviridae“[44]
      • Familie „Amandaviridae“[44]
      • Familie „Jeppeviridae“[44]
      • Familie „Alberteviridae“[44]
      • Familie „Hannahviridae“[44]
      • Familie „Skunaviridae“[44] (mit Gattung Skunavirus)
      • Familie „Flandersviridae“[44] (s. o.)
      • Familie „β-Crassviridae“[44] [„Betacrassviridae“]
      • Familie „Evaviridae“[44]
      • Familie nicht zugewiesen
        • Unterfamilie Andregratiavirinae
          • Gattung Haetaevirus
            • Spezies Haetaevirus PBC2, mit Bacillus-Phage PBC2
          • Gattung Kirovvirus
            • Spezies Kirovvirus kirov, mit Bacillus-Phage Kirov
        • Unterfamilie Beaumontvirinae
          • Gattung Bixiavirus
            • Spezies Bixiavirus BUCT548, mit Stenotrophomonas-Phage vB_SmaS_BUCT548
            • Spezies Bixiavirus BUCT626, mit Stenotrophomonas-Phage BUCT626
            • Spezies Bixiavirus BUCT627, mit Stenotrophomonas-Phage BUCT627
          • Gattung Salvavirus
            • Spezies Salvavirus salva, mit Stenotrophomonas-Phage Salva
          • Gattung Siaravirus
            • Spezies Siaravirus siara, mit Stenotrophomonas-Phage Siara
        • Unterfamilie Cardingvirinae
          • Gattung Gotuavirus (13 Spezies)
            • Spezies Gotuavirus gv23, mit Bacteroides-Phage vB_BfrS_23
            • Spezies Gotuavirus NCTC, mit Bacteroides-Phage vB_BfraS_NCTC
            • Spezies …
          • Gattung Kherlenvirus
            • Spezies Kherlenvirus BF486P1, mit Bacteroides-Phage BF486P1
            • Spezies …
        • Unterfamilie Daemsvirinae
          • Gattung Elesarvirus
            • Spezies Elesarvirus elesar, mit Arthrobacter-Phage Elesar
          • Gattung Nanditavirus
            • Spezies Nanditavirus cole, mit Arthrobacter-Phage Cole
            • Spezies Nanditavirus nandita, mit Arthrobacter-Phage Nandita
            • Spezies Nanditavirus popper, mit Arthrobacter-Phage Popper
            • Spezies Nanditavirus quinnavery, mit Arthrobacter-Phage QuinnAvery
            • Spezies Nanditavirus ryan, mit Arthrobacter-Phage Ryan
            • Spezies Nanditavirus zaheer, mit Arthrobacter-Phage Zaheer
        • Unterfamilie Deeyouvirinae
          • Gattung Nevillevirus
            • Spezies Nevillevirus neville, mit Gordonia-Phage Neville
            • Spezies Nevillevirus rabbitrun, mit Gordonia-Phage Rabbitrun
            • Spezies Nevillevirus trax, mit Gordonia-Phage Trax
          • Gattung Octobienvirus
            • Spezies Octobienvirus kudefre, mit Gordonia-Phage Kudefre
            • Spezies Octobienvirus octobien14, mit Gordonia-PhageOctobien14
            • Spezies Octobienvirus sephiroth, mit Gordonia-Phage Sephiroth
            • Spezies Octobienvirus syleon, mit Gordonia-Phage Syleon
        • Unterfamilie Dravavirinae
          • Gattung Hualiencityvirus
            • Spezies Hualiencityvirus, mit Elizabethkingia-Phage TCUEAP2
          • Gattung Rodicavirus
            • Spezies Rodicavirus C185S2P, mit Bacteroides-Phage C1_85S2P
            • Spezies Rodicavirus PD491P1, mit Parabacteroides-Phage PD491P1
            • Spezies Rodicavirus PDS1, mit Parabacteroides-Phage PDS1
          • Gattung Tongtianvirus
            • Spezies Tongtianvirus AS73P1, mit Alistipes-Phage AS73P1
        • Unterfamilie Feeclasvirinae
          • Gattung Corgivirus
            • Spezies Corgivirus corgi, mit Arthrobacter-Phage Corgi
          • Gattung Idahovirus
            • Spezies Idahovirus idaho, mit Arthrobacter-Phage Idaho
          • Gattung Noelyvirus
            • Spezies Noelyvirus noely, mit Arthrobacter-Phage Noely
        • Unterfamilie Ferrettivirinae
          • Gattung Hinxtonvirus (18 Spezies)
            • Spezies Hinxtonvirus hv2167, mit Streptococcus-Phage 2167
            • Spezies Hinxtonvirus hv8140, mit Streptococcus-Phage 8140
            • Spezies Hinxtonvirus hv34117, mit Streptococcus-Phage 34117
            • Spezies Hinxtonvirus IC1, mit Streptococcus-Phage IC1
            • Spezies Hinxtonvirus K13, mit Streptococcus-Phage K13
            • Spezies Hinxtonvirus V22, mit Streptococcus-Phage V22
            • Spezies …
          • Gattung Norfolkplacevirus
            • Spezies Norfolkplacevirus ARI0746, mit Streptococcus-Phage phiARI0746
            • Spezies Norfolkplacevirus IPP15, mit Streptococcus-Phage IPP15
          • Gattung Spinunavirus (18 Spezies)
            • Spezies Spinunavirus IPP8, mit Streptococcus-Phage IPP8
            • Spezies Spinunavirus IPP9, mit Streptococcus-Phage IPP9
            • Spezies Spinunavirus IPP10, mit Streptococcus-Phage IPP10
            • Spezies Spinunavirus SF39, mit Streptococcus-Phage SF39
            • Spezies Spinunavirus Spn1, mit Streptococcus-Phage Spn1
            • Spezies Spinunavirus sv040922, mit Streptococcus-Phage 040922
            • Spezies …
        • Unterfamilie Heleneionescovirinae
          • Gattung Kenyattavirus
            • Spezies Kenyattavirus kv136, mit Bacillus-Phage vB_BcoS-136
          • Gattung Zhangjivirus
            • Spezies Zhangjivirus fado, mit Bacillus-Phage FADO
            • Spezies Zhangjivirus PJN02, mit Bacillus-Phage vB_BsuS_PJN02
        • Unterfamilie Jianjiangvirinae
          • Gattung Caojiangvirus (15 Spezies)
            • Spezies Caojiangvirus BC422P2, mit Bacteroides-Phage BC422P2
            • Spezies …
          • Gattung Luojiangvirus (7 Spezies)
            • Spezies Luojiangvirus BC669P1, mit Bacteroides-PBacteroides phage BC669P1
            • Spezies …
        • Unterfamilie Joanripponvirinae
          • Gattung Natevirus
            • Spezies Natevirus nate, mit Bacillus-Phage vB_BanS_Nate
          • Gattung Sophritavirus
            • Spezies Sophritavirus pW2, mit Bacillus-Phage pW2
            • Spezies Sophritavirus sophrita, mit Bacillus-Phage vB_BanS_Sophrita
          • Gattung Tsamsavirus
            • Spezies Tsamsavirus chewbecca, mit Bacillus-Phage vB_BanS_Chewbecca
            • Spezies Tsamsavirus izhevsk, mit Bacillus-Phage Izhevsk
            • Spezies Tsamsavirus mrdarsey, mit Bacillus-Phage vB_BanS_MrDarsey
            • Spezies Tsamsavirus skywalker, mit Bacillus-Phage vB_BanS_Skywalker
            • Spezies Tsamsavirus tsamsa, mit Bacillus-Phage vB_BanS-Tsamsa
        • Unterfamilie Johnpaulvirinae
          • Gattung Eidolonvirus
            • Spezies Eidolonvirus eidolon, mit Sphingomonas-Phage Eidolon
            • Spezies Eidolonvirus eidolon, mit Sphingomonas-Phage Eidolon
          • Gattung Kharnvirus
            • Spezies Kharnvirus kharn, mit Sphingomonas-Phage Kharn
            • Spezies Kharnvirus lucius, mit Sphingomonas-Phage Lucius
        • Unterfamilie Mcshanvirinae
          • Gattung Adrianbuildvirus (8 Spezies)
            • Spezies Adrianbuildvirus ARI0923, mit Streptococcus-Phage phiARI0923
            • Spezies Adrianbuildvirus IPP5, mit Streptococcus-Phage IPP5
            • Spezies Adrianbuildvirus SpSL1, mit Streptococcus-Phage SpSL1
            • Spezies …
          • Gattung Medawarvirus (14 Spezies)
            • Spezies Medawarvirus ARI01312 ICTV202420812, mit Streptococcus-Phage phiARI0131-2
            • Spezies Medawarvirus IPP11 ICTV202420809, mit Streptococcus-Phage IPP11
            • Spezies …
          • Gattung Phadecavirus
            • Spezies Phadecavirus olisA1, mit Streptococcus-Phage OlisA1
            • Spezies Phadecavirus PH10, mit Streptococcus-Phage PH10
            • Spezies Phadecavirus pv23TH, mit Streptococcus-Phage 23TH
        • Unterfamilie Munstervirinae
          • Gattung Aceathervirus
            • Spezies Aceathervirus RM10, mit Ruminococcus-Phage phiRM10
          • Gattung Adovirus
            • Spezies Adovirus 519T2, mit Ruminococcus-Phage phiRg519T2
            • Spezies Adovirus IBDN1, mit Ruminococcus-Phage phiRgIBDN1
          • Gattung Ahaonvirus
            • Spezies Ahaonvirus 507T22, mit Ruminococcus-Phage phiRg507T2_2
            • Spezies Ahaonvirus 507T23, mit Ruminococcus-Phage phiRg507T2_3
          • Gattung Atrivirus
            • Spezies Atrivirus PS6, mit Ruminococcus-PhagephiRgPS6
        • Unterfamilie Pearlrivervirinae (15 Spezies)
          • Gattung Dongjiangvirus (15 Spezies)
            • Spezies Dongjiangvirus BD166P1, mit OM05-12 phage BD166P1
            • Spezies Dongjiangvirus BD26P1, mit Phocaeicola-Phage BD26P1
            • Spezies Dongjiangvirus BV741P4, mit Phocaeicola-Phage BV741P4
            • Spezies …
          • Gattung Xijiangvirus
            • Spezies Xijiangvirus BM127P1, mit Phocaeicola-Phage BM127P1
        • Unterfamilie Stanbaylleyvirinae
          • Gattung Shirevirus
            • Spezies Shirevirus langgrundblatt1, mit Xanthomonas-Phage Langgrundblatt1
            • Spezies Shirevirus langgrundblatt, mit Xanthomonas-Phage Langgrundblatt2
            • Spezies Shirevirus pfeifenkraut, mit Xanthomonas-Phage Pfeifenkraut
          • Gattung Subavirus
            • Spezies Subavirus suba, mit Xanthomonas-Phage Suba
        • ​Unterfamilie Wallmarkvirinae
          • Gattung Lentusvirus – nicht zu verwechseln mit den Gattung Lentivirus der Lentiviren (mit HIV-I und -II) und der Bakteriophagen-Gattung Lentavirus (Morphotyp Siphoviren)
            • Spezies Lentusvirus SA1, mit Staphylococcus-Phage vB_StaM_SA1
          • Gattung Machiasvirus
            • Spezies Machiasvirus AH12, mit Staphylococcus-Phage AH12
            • Spezies Machiasvirus machias, mit Staphylococcus-Phage Machias
            • Spezies Machiasvirus PB50, mit Staphylococcus-Phage vB_StaM_PB50
          • Gattung Madawaskavirus
            • Spezies Madawaskavirus DC4, mit Staphylococcus-Phage vB_SauM-UFV_DC4
            • Spezies Madawaskavirus LY01, mit Staphylococcus-Phage LY01
            • Spezies Madawaskavirus madawaska, mit Staphylococcus-Phage Madawaska
            • Spezies Madawaskavirus marshill, mit Staphylococcus-Phage MarsHill
            • Spezies Madawaskavirus PALS2, mit Staphylococcus-Phage PALS2
        • Unterfamilie nicht zugewiesen
          • Gattung „Chungbukvirus“[45] – war früher den Siphoviridae zugewiesen, weicht laut ICTV erheblich von diesen ab und hat Gemeinsamkeiten mit den Myoviridae; sie wird mit ihrer einzigen Spezies vom ICTV aktuell nicht gelistet (wg. unvollständiger Genom-Daten).
            • Spezies „Pseudomonas virus Ptobp6g“ („Pseudomonas-Virus Ptobp6g“)[46] – siehe Gattung, mit „Pseudomonas-Phage phi_Pto-bp6g“[47]
          • Gattung Elemovirus
            • Spezies Elemovirus elemoA, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoA_7-9A
            • Spezies Elemovirus elemoB, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoB_14-3B
            • Spezies Elemovirus elemoC, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoC_14-1A
            • Spezies Elemovirus elemoD, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoD_13-5B
            • Spezies Elemovirus elemoE, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoE_6-9C
            • Spezies Elemovirus elemoF, mit Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoF_6-3D
            • Spezies „Flavobacterium phage vB_FspP_elemoA_1-5B“ („Flavobacterium-Phage vB_FspP_elemoA_1-5B“)[48]
          • Gattung „Pyrovirus“ – Wirte: Bakterien der Aquificae[49][50][51]
          • Gattung Solivirus[61] – nicht zu verwechseln mit „Solivirus“ sp. (Pimascovirales)
            • Spezies Solivirus phiAC1 mit Acinetobacter-Phage phiAC-1
          • Gattung nicht zugewiesen:
            • Spezies „Hydrogenobaculum phage HP1“ – nahe verwandt mit der vorgeschlagenen Gattung „Pyrovirus“[49]
            • Spezies „Streptococcus-Phage ω1“ (alias „Pneumococcus phage ω1“, auch „ω-1“)[62][63][64]
            • Spezies „Enterobacteria-Phage P4“ (alias „Escherichia-Phage P4“) ist ein Satellitenvirus, das Phagen der Gattung Peduovirus (früher P2likevirus, Familie Peduoviridae, Morphotyp Myoviren) als Helfervirus benötigt, d. h. ein Satellitenphage.[65][66]

Galerie

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Anmerkungen

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  1. ↑ mit Poseidoniales virus P01 (Poseidoniales virus isolate PR24_contig_10065_pilon), Zugriffsnummer PP497040.[11][12]
  2. ↑ mit Caudoviricetes sp. isolate ctR3g24, Zugriffsnummer BK057374.[22][23]
  3. ↑ mit Virus sp. ctML55, Zugriffsnummer BK059105.[22][26]
  4. ↑ Im Oktober 2023 das tiefste je gefundene Virus (Marianengraben). Wirt: Halomonas meridiana H4907.

Literatur

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  • C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego / London 2004 (englisch).
  • Bernard N. Fields, David M. Knipe, Peter Howley (Hrsg.): Fields Virology. 4. Auflage. Philadelphia 2001 (englisch).
  • Hanrong Chen, Andrew Ting, Indrik Wijaya, Xin An Tang, Yue Yuan On, Jean-Sebastien Gounot, Windsor Koh, Ivan Liachko, Yik-Ying Teo, Henning Seedorf, Kun Qu, Niranjan Nagarajan: GuFi phages represent the most prevalent viral family-level clusters in the human gut microbiome. Auf: bioRχiv, 26. Januar 2026; doi:10.64898/2026.01.26.701711 (englisch, Preprint).
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Commons: Caudoviricetes – Sammlung von Bildern und Videos
Wikispecies: Caudoviricetes – Artenverzeichnis

Einzelnachweise

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  1. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35).
  2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36).
  3. 1 2 ICTV: ICTV Master Species List 2021.v1, New MSL including all taxa updates since the 2020 release, March 2022 (MSL #37).
  4. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  5. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Bacillus phage Gamma (species).
  6. 1 2 3 Julien Lossouarn, Susan Lehman, Igor Tolstoy, Andrew Kropinski, Evelien Adriaenssens, Marie-Agnès Petit: Create a new family Zimmerviridae (Class: Caudoviricetes). ICTV Approved Proposals: 2025.083B.Zimmerviridae_1nf_3nsf_4ng_9ns. Datum der Revision 11. März 2025.
  7. ↑ Melissa B. Duhaime, Natalie Solonenko, Simon Roux, Nathan C. Verberkmoes, Antje Wichels, Matthew B. Sullivan: Comparative Omics and Trait Analyses of Marine Pseudoalteromonas Phages Advance the Phage OTU Concept. In: Frontiers in Microbiology, Sec. Virology, Band 8, 6. Juli 2017; doi:10.3389/fmicb.2017.01241 (englisch).
  8. 1 2 3 4 5 Dann Turner, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy, in: MDPI Viruses Band 13, Nr. 3, Section Bacterial Viruses, 18. März 2021, 506, fdoi:10.3390/v13030506
  9. ↑ Dann Turner, Liliana Cristina Moraru, Evelien M. Adriaenssens, Andrew M. Kropinski: Create one new family (Zierdtviridae) including two new subfamilies (Emilbogenvirinae and Toshachvirinae) and eight genera (Caudoviricetes). Vorschlag 2021.094B (zip:docx), angenommen (Actinobacteriophages Study Group, Bacterial Viruses Subcommittee). Mai 2021.
  10. ↑ ICTV: MSL #40.v1, 3. März 2025.
  11. 1 2 ICTV: VMR_MSL40.v1.
  12. ↑ NCBI Nucleotide: MAG: Poseidoniales virus isolate PR24_contig_10065_pilon. Accession: PP497040.
  13. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Crassvirales (order).
  14. ↑ SIB: Intestiviridae, früher crAss-like phages/viruses. Auf: ViralZone (Expasy).
  15. ↑ Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: The crAss-like Phage Group: How Metagenomics Reshaped the Human Virome. In: Trends in Microbiology, Band 28, Nr. 5, 28. Februar/1. Mai 2020, S. 349–359; doi:10.1016/j.tim.2020.01.010 (englisch).
  16. ↑ Andrey N. Shkoporov, Stephen R. Stockdale, Evelien M. Adriaenssens, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, B. E. Dutilh, Mart Krupovic, Robert A. Edwards, I. Tolstoy, C. Hill (crAss-like phages Study Group): Create one new order (Crassvirales) including four new families, ten new subfamilies, 42 new genera and 73 new species (Caudoviricetes). 2021.022B.R.Crassvirales (zip:docx). Revision vom 13. Mai 2021 (englisch).
  17. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Caudoviricetes code 15 clade. Details: Caudoviricetes code 15 clade.
  18. 1 2 Audra E. Devoto, Joanne M. Santini et al.: Megaphages infect Prevotella and variants are widespread in gut microbiomes. In: Nature Microbiology, Band 4, 28. Januar 2019, S. 693–700; doi:10.1038/s41564-018-0338-9 (englisch). Siehe insbes. Tabelle 1 und Supplementary Figure 11.
  19. ↑ Igor Babkin, Artem Tikunov, Vera Morozova, Andrey Matveev, Vitaliy V. Morozov, Nina Tikunova: Genomes of a Novel Group of Phages That Use Alternative Genetic Code Found in Human Gut Viromes. In: MDPI: International Journal of Molecular Sciences, Band 24, Nr. 20, 18. Oktober 2023, S. 15302; doi:10.3390/ijms242015302, PMC 10607447 (freier Volltext), PMID 37894982 (englisch).
  20. 1 2 Yifan Zhou, Mart Krupovic, Yongjie Wang: Create two new orders, Juravirales and Magrovirales, including two and one new families of marine archaeal viruses, respectively. 2022.003A.Caudoviricetes_2no_3n (zip:docx). Proposal 2022.003A, Oktober 2022. Memento im Webarchiv vom 8. März 2023.
  21. 1 2 3 Y. Liu et al. (ICTV Archaeal Viruses Subcommittee): Proposal 2021.001A (zip:docx), PDF (via Universität Helsinki). Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses. Oktober 2020.
  22. 1 2 3 4 ICTV: VMR_MSL41.v1.
  23. ↑ NCBI Nucleotide: MAG TPA_asm: Caudoviricetes sp. isolate ctR3g24, …. Accession: BK057374.
  24. ↑ Rafael Laso-Pérez, Fabai Wu, Antoine Crémière, Daan R. Speth, John S. Magyar, Mart Krupovic, Victoria J. Orphan: Create three new orders and 5 new families of viruses associated with methanotrophic archaea. Vorschlag 2022.001A vom Mai 2022. Memento im Webarchiv vom 8. März 2023.
  25. ↑ SIB: Ackermannviridae, auf: ViralZone
  26. ↑ NCBI Nucleotide: MAG TPA_asm: Virus sp. ctML55, …. Accession: BK059105. Taxonomy Browser: virus sp. ctML55 (no rank).
  27. 1 2 3 Harald Brüssow, Frank Desiere: Comparative phage genomics and the evolution of Siphoviridae: insights from dairy phages. In: Mol Microbiol. 39, Nr. 2, 2001, S. 213–222. doi:10.1046/j.1365-2958.2001.02228.x, PMID 11136444, 21. Dezember 2001 (englisch), Stichwort „λ supergroup“.
  28. ↑ Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018–2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee. In: Archives of Virology, Band 165, 11. März 2020, S. 1253–1260; doi:10.1007/s00705-020-04577-8, ResearchGate:339882046, PDF (PDF) – (englisch).
  29. ↑ SIB: Herelleviridae. Auf: ViralZone (Expasy).
  30. ↑ NCBI: Polaribacter phage Leef (species)
  31. ↑ B. Rihtman et al. (ICTV Bacterial Viruses Subcommittee): Proposal 2021.056B. Create one new family Naomiviridae including one new genus (Caudoviricetes)
  32. ↑ ICTV: The Master Species List: A Spreadsheet of Current Taxonomy, §ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx). 8. April 2023.
  33. ↑ Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: ictv.global (zip:docx): Create one new order, ‘Atroposvirales’ and two new families, ‘Verdandiviridae’ and ‘Skuldviridae’ for classification of viruses of Asgardarchaeota. Oktober 2021.
  34. ↑ Yue Su, Wenjing Zhang, Yantao Liang, Hongmin Wang, Yundan Liu, Kaiyang Zheng, Ziqi Liu, Hao Yu, Linyi Ren, Hongbing Shao, Yeong Yik Sung, Wen Jye Mok, Li Lian Wong, Yu-Zhong Zhang, Andrew McMinn, Min Wang: Identification and genomic analysis of temperate Halomonas bacteriophage vB_HmeY_H4907 from the surface sediment of the Mariana Trench at a depth of 8,900 m. In: ASM Journals: Microbiology Spectrum (Bacteriophages), 20. September 2023; doi:10.1128/spectrum.01912-23, PMID 37728551, PMC 10580944 (freier Volltext), ResearchGate (englisch). Siehe insbes. Fig. 1. Dazu:
  35. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Halomonas phage vB_HmeY_H4907 (species).
  36. 1 2 E. M. Adriaenssens, T. Tolstoy, A. M. Kropinski, C. Moraru, J. Wittmann: 2020.146B.R.Schitoviridae.zip (docx, xlsx), Vorschlag an das ICTV 2020.146B.R.Schitoviridae: Create one new family (Schitoviridae) including eight existing subfamilies and 40 existing genera (Caudovirales), 6. Juli 2020.
  37. ↑ ICTV: Bacterial and archaeal virus proposals (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im März 2023. Suche im Internet Archive (T)) ( Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.) (zip): 2020.146B.R.Schitoviridae.xlsx
  38. ↑ NCBI Nucleotide: Rock metagenome contig139. Accession: LMAX01000001.
  39. ↑ ICTV: 2018.139B.Ud.v1.Saltoviridae.xlsx (Memento vom 11. November 2019 im Internet Archive), ICTV Proposals: Saltoviridae, vom 27. August 2018. Der Link funktioniert, zwei Fehlermeldungen der Wayback-Machine können ignoriert werden (30. Mai 2026).
  40. ↑ Sean Benler, Natalya Yutin, Dmitry Antipov, Mikhail Raykov, Sergey Shmakov, Ayal B. Gussow, Pavel Pevzner, Eugene V. Koonin: Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes. In: Microbiome, Band 9, Nr. 1, 29. März 2021, S. 78; doi:10.1186/s40168-021-01017-w, PMC 8008677 (freier Volltext), PMID 33781338, ResearchGate:350473961 (englisch). Dazu:
  41. ↑ NCBI Nucleotide: Human gut metagenome contig0000036, whole genome shotgun sequence. Accession: PPYF01000036.
  42. ↑ NCBI Nucleotide: OJML01000036.1.
  43. ↑ NCBI Nucleotide: OLOC01000071.1.
  44. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Shiraz A. Shah, Ling Deng, Jonathan Thorsen, Anders G. Pedersen, Moïra B. Dion, Josué L. Castro-Mejía, Ronalds Silins, Fie O. Romme, Romain Sausset, Leon E. Jessen, Eric Olo Ndela, Mathis Hjelmsø, Morten A. Rasmussen, Tamsin A. Redgwell, Cristina Leal Rodríguez, Gisle Vestergaard, Yichang Zhang, Bo Chawes, Klaus Bønnelykke, Søren J. Sørensen, Hans Bisgaard, Francois Enault, Jakob Stokholm, Sylvain Moineau, Marie-Agnès Petit, Dennis S. Nielsen: Expanding known viral diversity in the healthy infant gut. In: Nature Microbiology, Band 8, 10. April 2023, S. 986–998; doi:10.1038/s41564-023-01345-7 (englisch). Siehe insbes. Fig. 2b.
  45. ↑ ICTV: ICTV Taxonomy history: Chungbukvirus, ICTV Taxonomy History
  46. ↑ NCBI: Pseudomonas virus Ptobp6g (species)
  47. ↑ NCBI: Pseudomonas phage phiPto-bp6g (no rank) NCBI
  48. ↑ NCBI: Flavobacterium phage vB_FspP_elemoA_1-5B (species)
  49. 1 2 Marike Palmer, Brian P. Hedlund, Simon Roux, Philippos K. Tsourkas, Ryan K. Doss, Casey Stamereilers, Astha Mehta, Jeremy A. Dodsworth, Michael Lodes, Scott Monsma, Tijana Glavina Del Rio, Thomas W. Schoenfeld, Emiley A. Eloe-Fadrosh, David A. Mead: Diversity and Distribution of a Novel Genus of Hyperthermophilic Aquificae Viruses Encoding a Proof-Reading Family-A DNA Polymerase. In: Frontiers in Microbiology: Sec. Extreme Microbiology, Extremophiles: Microbial Genomics and Taxogenomics, Band 11, 12. November 2020, Nr. 583361 (eCollection 2020); doi:10.3389/fmicb.2020.583361, PMID 33281778, PMC 7689252 (freier Volltext), ResearchGate. Siehe insbesondere on image to zoom&p=PMC3&id=7689252_fmicb-11-583361-g001.jpg Fig. 1 und Supplement Data Sheet 1 (PDF).
  50. ↑ Rafael R. de la Haba, André Antunes, Brian P. Hedlund: Editorial: Extremophiles: Microbial genomics and taxogenomics. In: Frontiers in Microbiology: Sec. Extreme Microbiology, Extremophiles: Microbial Genomics and Taxogenomics, Band 13, 2. August 2022; doi:10.3389/fmicb.2022.984632, PMID 35983330, PMC 9379316 (freier Volltext) (englisch).
  51. ↑ Luke J. McKay, Olivia D. Nigro, Mensur Dlakić, Karen M. Luttrell, Douglas B. Rusch, Matthew W. Fields, William P. Inskeep: Sulfur cycling and host-virus interactions in Aquificales-dominated biofilms from Yellowstone’s hottest ecosystems. In: Nature: The ISME Journal, Band 16, 14. Oktober 2021, S. 842–855; doi:10.1038/s41396-021-01132-4.
  52. ↑ Octopus Spring. Auf: Mapcarta (de).
  53. ↑ Sarah Bordenstein: Octopus Spring. Auf: Microbial Life, SERC Carleton. Stand: 2. März 2023.
  54. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Thermocrinis Great Boiling Spring virus (species), sowie TPA_asm: Thermocrinis Great Boiling Spring virus strain TGBSV GBS41 clone GBS41,…. Anmerkung: NCBI klassifiziert diese Spezies als unclassified archaeal viruses, Thermocrinis ist aber eine Bakteriangattung der Aquificae.
  55. ↑ Great Boiling Spring. Auf: Black Rock Desert Nevada wiki. Stand: 28. Dezember 2021.
  56. ↑ Yellowstone NP – Joseph’s Coat Spring (4B1). Auf: Ultimate Campgrounds.
  57. ↑ Josephs Coat Springs (Quellen) und Joseph’s Coat Spring (Zeltplatz). Auf: Mapcarta (de).
  58. ↑ Calcite Springs Overlook in Yellowstone National Park. Auf: ProArtInc.
  59. ↑ Calcite Springs. Auf: Mapcarta (de).
  60. ↑ Shoshone Geyser Basin, North Group – page 2. Auf: Volcanic Springs.
  61. ↑ NCBI Taxonomy: Solivirus (genus).
  62. ↑ Jean-Gerard Tiraby, E. Tiraby, M. S. Fox: Pneumococcal bacteriophages. In: Virology Band 68, Dezember 1975, S. 566–569, doi:10.1016/0042-6822(75)90300-1, PMID 844.
  63. ↑ Rubens López, Ernesto García: Recent trends on the molecular biology of pneumococcal capsules, lytic enzymes, and bacteriophage. In: Oxford Academic FEMS Microbiology Reviews, Band 28, Nr. 5, 1. November 2004, S. 554–580; doi:10.1016/j.femsre.2004.05.002 (englisch).
  64. ↑ Rubens López: ​Streptococcus pneumoniae and its bacteriophages: one long argument. In: International Microbiology: Clinical Infectious Diseses, Band 7, Nr. 3, September/Oktober 2004, S. 163–171; doi:10.1093/clinids/3.2.212, PMID 15492930, ResearchGate:8223977, PDF (PDF, Memento im Web-Archiv, 9. August 2017) – (englisch).
  65. ↑ Renata Filipa Cruz de Matos: Enterococcus faecalis V583 prophages: Dynamic interactions and contribution to bacterial pathogenic traits (PDF; 10 MB) Dissertation, Universidade Nova de Lisboa (UNL), Juli 2013 (englisch).
  66. ↑ NCBI: Phage P4 satellite (no rank)
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