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Swiss Institute of Bioinformatics

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Swiss Institute of Bioinformatics
Logo
Rechtsform Stiftung
Gründung 1998
Geschäftsführung Christophe Dessimoz
Website https://sib.swiss/

Das Schweizerisches Institut für Bioinformatik (SIB) ist eine akademische gemeinnützige Stiftung, die sich den biologischen und biomedizinischen Datenwissenschaften widmet und die Bioinformatik-Aktivitäten in der ganzen Schweiz bündelt.[1]

Das Institut wurde 1998 gegründet und hat die Aufgabe, der nationalen und internationalen Forschungsgemeinschaft der Biowissenschaften in Bereichen wie Genomik, Proteomik und Systembiologie zentrale Bioinformatik-Ressourcen zur Verfügung zu stellen sowie den Bereich der Bioinformatik in der Schweiz zu vertreten und zu vereinen.[2] Insbesondere fördert es die Forschung, entwickelt offene Datenbanken und Software-Tools, ist an Lehr- und Dienstleistungsaktivitäten beteiligt und beteiligt sich am Aufbau und der Koordination von nationalen und internationalen Infrastrukturprojekten der Biowissenschaften.[3]

Es wird teilweise vom Bund (unter Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation) als Forschungsinfrastruktur von nationaler Bedeutung gemäß Artikel 15 des Bundesgesetzes über die Förderung von Forschung und Innovation mitfinanziert.[4]

Geschichte

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Das Institut wurde ursprünglich geschaffen, um einen Rahmen für eine stabile langfristige Finanzierung sowohl der Swiss-Prot-Datenbank als auch des Schweizer EMBnet-Knotens zu schaffen. Insbesondere Swiss-Prot geriet 1996 in eine schwere Finanzierungskrise, was die Leiter der fünf in der Bioinformatik tätigen Forschungsgruppen in Genf und Lausanne, Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel und Manuel Peitsch dazu veranlasste, die Gründung des SIB vorzuschlagen.[5][6]

Die Schweizer Regierung war damals bestrebt, transdisziplinäre Exzellenzzentren in wirtschaftlich bedeutsamen Zukunftsfeldern zu fördern und stellte die Anschubfinanzierung zur Verfügung.[7] Nach der Gründung als gemeinnützige Stiftung konnte das Institut dann Bundesmittel beantragen: Laut Gesetz durfte diese Förderung jedoch nur 50 % der Ausgaben betragen.[8] Der Rest musste aus anderen Quellen kommen, d. h. aus wettbewerbsorientierten Zuschüssen und ergänzenden Mitteln.[7]

Organisation

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Das Schweizerische Institut für Bioinformatik umfasst rund 200 Mitarbeitende, die über die ganze Schweiz verteilt sind (Genf, Lausanne, Basel, Zürich), sowie 700 angeschlossene Mitglieder in den wichtigsten akademischen Institutionen der Schweiz.[9] Dazu gehören die Universitäten Basel, Bern, Freiburg, Genf, Lausanne, Lugano und Zürich, die Eidgenössischen Technischen Hochschulen in Lausanne und Zürich, das Friedrich-Miescher-Institut für biomedizinische Forschung in Basel, Idiap in Martigny, EMPA in St. Gallen, das Institut für Onkologieforschung in Bellinzona und die Genfer Hochschule für Wirtschaft.[3][10]

Die 90 Gruppen des SIB sind in so unterschiedlichen Bereichen wie Umweltbioinformatik, Proteomik, Transkriptomik, Genomik, Systembiologie, strukturelle Bioinformatik, evolutionäre Bioinformatik, Modellierung, Bildgebung, Biophysik, Populationsgenetik und klinische Bioinformatik tätig.[11] Das SIB organisiert alle zwei Jahre eine internationale wissenschaftliche Tagung, die [BC]2 Basel Computational Biology Conference.[12]

Governance und Finanzierung

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Der erste Direktor des Instituts war Victor Jongeneel, gefolgt von Ernest Feytmans zwischen 2001 und September 2007.[13] Vom 1. Oktober 2007 bis Juli 2018 wurde das Institut von Ron Appel, einem seiner Gründungsmitglieder, geleitet.[14] Von Juli 2018 bis März 2022 wurde das Institut von Christine Durinx und Ron Appel als gemeinsame Exekutivdirektoren geleitet.[14] Ab dem 1. April 2022 löste Christophe Dessimoz Christine Durinx als gemeinsamen Exekutivdirektor ab und wurde nach dem Ausscheiden von Ron Appel im Oktober 2022 alleiniger Direktor an der Spitze des Instituts.[15]

Das SIB erhält öffentliche Mittel zur Unterstützung der Entwicklung von Open-Data-Datenbanken und der langfristigen Bewahrung wissenschaftlicher Daten, insbesondere vom Schweizer Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation, das jährlich rund 6,5 Millionen Franken beisteuert.[3][16] Die Entwicklung mehrerer vom SIB gehosteter Datenbanken wird auch durch öffentliche Mittel aus den Vereinigten Staaten unterstützt.[17]

Tätigkeitsbereiche

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Bioinformatik-Ressourcen

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Das SIB betreibt das Bioinformatik-Ressourcenportal Expasy, das etwa 160 Datenbanken und Software-Tools umfasst, die von seinen Teams und Mitgliedern entwickelt wurden.[18][19] Aus diesen wählt das Institut ein Portfolio von frei zugänglichen Ressourcen aus, um den Bedarf von Forschern, Lehrern, Studenten, Klinikern und anderen Experten zu decken.[19][20] Zu diesen SIB-Ressourcen gehören:

  • ASAP (kollaboratives Portal für Einzelzellanalysen)[3][21]
  • Bgee (Datenbank zum Auffinden und Vergleichen von Genexpressionsmustern zwischen Tierarten)[16][22]
  • Cellosaurus (Wissensdatenbank über Zelllinien).[22]
  • Glyco@Expasy (Portal mit Datenbanken und Software-Tools für die Glycoinformatik)[21]
  • mOTUs (mikrobieller taxonomischer Profiler und Genomdatenbank)[23]
  • Nextstrain (Software-Tool zur Verfolgung der Entwicklung von Krankheitserregern in Echtzeit)[21]
  • OrthoDB (hierarchischer Katalog der eukaryotischen Orthologe)[16][22]
  • Rhea (von Experten kuratierte Datenbank für biochemische Reaktionen)[22]
  • STRING (Protein-Interaktionsnetzwerke und Anreicherungsanalyse)[16][22]
  • SwissDrugDesign (computergestütztes Wirkstoffdesign)[16]
  • SwissLipids (Wissensdatenbank über Lipide)[22]
  • SWISS-MODEL (Suite von Software-Tools und Datenbanken für die Homologiemodellierung von Proteinstrukturen)[16]
  • SwissOrthology – mit OMA (Orthology Matrix)[16][22]
  • Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) (One Health Plattform für den Echtzeit-Austausch von Erreger-Sequenzierungsdaten)[24]
  • Swiss-Prot/UniProtKB (von Experten kuratierte Proteinsequenzdatenbank mit einem hohen Maß an Annotation)[16][22]
  • SwissRegulon (Werkzeuge und Daten für die regulatorische Genomik)[16]
  • V-pipe (Softwaretool für die virale Genomik)[3]

Bioinformatik-Dienstleistungen

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Das SIB bietet Dienstleistungen in den Bereichen Bioinformatik und Datenwissenschaft für eine Reihe von Partnern aus dem öffentlichen und privaten Sektor an.[3] Die Arbeit des SIB umfasst die Harmonisierung, Integration und Analyse komplexer biologischer Daten aus verschiedenen experimentellen Technologien sowie die Entwicklung kundenspezifischer Softwareplattformen und die Bereitstellung von Tools zur Unterstützung wissenschaftlicher Arbeitsabläufe, wie z. B. Melanie (2D-Gel-Analyseplattform).[25]

Das SIB arbeitet auf nationaler und internationaler Ebene im Rahmen von öffentlich-privaten Partnerschaften, Forschungsstipendien und Innovationsförderungsprogrammen zusammen, wie sie beispielsweise Innosuisse unterstützt.[3] Zu den Partnern gehören Universitäten, Klinken, Biotechnologieunternehmen, Bundesbehörden und Pharmaunternehmen.[3][21]

Koordinierung

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Das Schweizerische Institut für Bioinformatik (SIB) spielt eine koordinierende und führende Rolle in mehreren nationalen und internationalen Initiativen im Bereich der Bioinformatik und der biowissenschaftlichen Dateninfrastruktur, die sich auf Bereiche wie Medizin, Epidemievorsorge und Biodiversität erstrecken.[11]

Dazu gehören europaweite öffentlich-private Partnerschaften zu Krebs, Adipositas, Herz-Kreislauf-Erkrankungen usw., wie das von der Innovative Medicines Initiative finanzierte Projekt SOPHIA oder IMMUcan, das Präzisionsonkologie durch Immunprofilierung fördert.[26]

Über sein 2024 gegründetes Zentrum für Pathogen-Bioinformatik, das die Epidemievorsorge durch Pathogengenomik und Datenintegration[27] unterstützt, koordiniert das SIB das Pathogen Data Network, eine von den US-amerikanischen National Institutes of Health (NIH) finanzierte globale Initiative, die darauf abzielt, ein vernetztes Ökosystem von Daten und Instrumenten für die Reaktion auf Epidemien und die Erforschung von Infektionskrankheiten aufzubauen.[28]

In der Schweiz untersteht das Swiss Personalized Health Network (SPHN), eine nationale Dateninfrastruktur, die Gesundheitsdaten interoperabel und für die Forschung nutzbar macht, der Verantwortung der Schweizerischen Akademie der Medizinischen Wissenschaften (SAMW) in Zusammenarbeit mit dem SIB.[29] Das Institut koordiniert auch BioMedIT, eine nationale sichere IT-Infrastruktur für den Austausch und die Analyse von sensiblen biomedizinischen Daten.[30]

Das SIB fördert die Erstellung und Verbreitung von biowissenschaftlichen Daten, die den FAIR-Prinzipien (Findable, Accessible, Interoperable und Reusable) entsprechen.[22][31] Das SIB fördert somit die offene Wissenschaft und die Datenverwaltung, um sicherzustellen, dass datengestützte Forschung und künstliche Intelligenz in den Biowissenschaften auf ethischen und transparenten Grundlagen entwickelt werden.[32]

Bildung und Ausbildung

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Im Rahmen seiner Aufgabe fördert und koordiniert das SIB die Bioinformatikausbildung in Zusammenarbeit mit den Schweizer Hochschulen und als Ergänzung zu deren akademischer Lehre. SIB-Mitglieder sind oft direkt oder indirekt an einer Reihe von Bioinformatik-Kursen auf allen Bildungsstufen beteiligt – von der Grundausbildung bis zur Promotion – sowie an der spezialisierten Ausbildung für Biowissenschaftler.[20] Das SIB fördert auch ein PhD Training Network in Bioinformatik, das Doktoranden an Schweizer Hochschulen offensteht.[20]

Populärwissenschaft

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Das SIB ist auch daran beteiligt, Bioinformatik dem Laien näher zu bringen. Seit dem Jahr 2000 nimmt das SIB regelmäßig an zahlreichen Wissenschaftsmessen teil, um das öffentliche Bewusstsein zu schärfen. 2018 brachte es ein Handyspiel (Genome Jumper) auf den Markt,[33] entwickelte interaktive Websites zur Erforschung des Genoms,[34] der Präzisionsmedizin[35] und der Evolution (In the Light of Evolution, Gewinner des Optimus Agora Preises des Schweizerischen Nationalfonds im Jahr 2021).[36] Das SIB hat auch zwei Online-Magazine, Protein Spotlight und Prolune,[37][38] erstellt.

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Commons: Swiss Institute of Bioinformatics – Sammlung von Bildern

Einzelnachweise

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  1. ↑ Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). In: EOSC Association. Abgerufen am 6. Januar 2026 (britisches Englisch).
  2. ↑ Pierre Léderrey: L'Institut de bioinformatique participe à une relecture du vivant. In: 24 heures. 1. Dezember 1998, abgerufen am 6. Januar 2026 (französisch).
  3. ↑ a b c d e f g h Chiara Gabella, Severine Duvaud, Christine Durinx: Managing the life cycle of a portfolio of open data resources at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics. In: Briefings in Bioinformatics. Band 23, Nr. 1, 17. Januar 2022, ISSN 1467-5463, doi:10.1093/bib/bbab478, PMID 34850820, PMC 8769900 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  4. ↑ Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung. In: admin.ch. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  5. ↑ SWISS-PROT funding crisis of 1996. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  6. ↑ Amos Bairoch: Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times! In: Bioinformatics. Band 16, Nr. 1, 1. Januar 2000, ISSN 1367-4811, S. 48–64, doi:10.1093/bioinformatics/16.1.48 (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  7. ↑ a b Mahmood Mahdavi: Bioinformatics: Trends and Methodologies. IntechOpen, Rijeka 2011, ISBN 978-953-515-549-2, S. 24–25.
  8. ↑ Appréciation des requêtes 2017‒2020 au titre de l’art. 15 LERI. (PDF) Abgerufen am 6. Januar 2025.
  9. ↑ «Cette expertise en bioinformatique est une spécialité de la Suisse». 6. Januar 2026, abgerufen am 6. Januar 2026 (französisch).
  10. ↑ The Swiss Institute of Bioinformatics and Idiap start a partnership. Abgerufen am 6. Januar 2026 (englisch).
  11. ↑ a b The SIB Swiss Institute of Bioinformatics’ resources: focus on curated databases. In: Nucleic Acids Research. Band 44, D1, 4. Januar 2016, ISSN 0305-1048, S. D27–D37, doi:10.1093/nar/gkv1310, PMID 26615188, PMC 4702916 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  12. ↑ [BC]2 Basel Computational Biology Conference. In: Swiss Biotech. Abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  13. ↑ C. Victor Jongeneel | Carl R. Woese Institute for Genomic Biology. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  14. ↑ a b Sandra Ansanay-Alex: Ron Appel, SIB's president, retires. In: BioAlps. 11. Oktober 2022, abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  15. ↑ Congratulations to C. Dessimoz on his new role as joint executive Director of SIB. | CIG – NEWS. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  16. ↑ a b c d e f g h i Heinz Stockinger, Adrian M. Altenhoff, Konstantin Arnold, Amos Bairoch, Frederic Bastian, Sven Bergmann, Lydie Bougueleret, Philipp Bucher, Mauro Delorenzi, Lydie Lane, Philippe Le Mercier, Frédérique Lisacek, Olivier Michielin, Patricia M. Palagi, Jacques Rougemont, Torsten Schwede, Christian von Mering, Erik van Nimwegen, Daniel Walther, Ioannis Xenarios, Mihaela Zavolan, Evgeny M. Zdobnov, Vincent Zoete, Ron D. Appel: Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support. In: Nucleic Acids Research. Band 42, W1, 1. Juli 2014, ISSN 1362-4962, S. W436–W441, doi:10.1093/nar/gku380, PMID 24792157, PMC 4086091 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  17. ↑ «C’est une réelle menace pour les progrès de la science»: à la suite des coupes américaines, les chercheurs suisses craignent pour leurs données. In: Le Temps. 29. Juni 2025, ISSN 1423-3967 (letemps.ch [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  18. ↑ P. Artimo, M. Jonnalagedda, K. Arnold, D. Baratin, G. Csardi, E. de Castro, S. Duvaud, V. Flegel, A. Fortier, E. Gasteiger, A. Grosdidier, C. Hernandez, V. Ioannidis, D. Kuznetsov, R. Liechti, S. Moretti, K. Mostaguir, N. Redaschi, G. Rossier, I. Xenarios, H. Stockinger: ExPASy: SIB bioinformatics resource portal. In: Nucleic Acids Research. Band 40, W1, 1. Juli 2012, ISSN 0305-1048, S. W597–W603, doi:10.1093/nar/gks400, PMID 22661580, PMC 3394269 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  19. ↑ a b P. Artimo, M. Jonnalagedda, K. Arnold, D. Baratin, G. Csardi, E. de Castro, S. Duvaud, V. Flegel, A. Fortier, E. Gasteiger, A. Grosdidier, C. Hernandez, V. Ioannidis, D. Kuznetsov, R. Liechti, S. Moretti, K. Mostaguir, N. Redaschi, G. Rossier, I. Xenarios, H. Stockinger: ExPASy: SIB bioinformatics resource portal. In: Nucleic Acids Research. Band 40, W1, 1. Juli 2012, ISSN 0305-1048, S. W597–W603, doi:10.1093/nar/gks400 (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  20. ↑ a b c Vivienne Baillie Gerritsen, Patricia M Palagi, Christine Durinx: Bioinformatics on a national scale: an example from Switzerland. In: Briefings in Bioinformatics. Band 20, Nr. 2, 25. März 2019, ISSN 1477-4054, S. 361–369, doi:10.1093/bib/bbx073, PMID 29106442, PMC 6433736 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  21. ↑ a b c d Lucie Sammicheli: SIB presents new resources in their portfolio • Biopôle • Switzerland. In: Biopôle. 13. Januar 2022, abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  22. ↑ a b c d e f g h i SIB Swiss Institute of Bioinformatics RDF Group Members, Adrian Altenhoff, Amos Bairoch, Parit Bansal, Delphine Baratin, Frederic Bastian, Jerven Bolleman*, Alan Bridge, Frédéric Burdet, Katrin Crameri, Jérôme Dauvillier, Christophe Dessimoz, Sebastien Gehant, Natasha Glover, Kristin Gnodtke, Catherine Hayes, Mark Ibberson, Evgenia Kriventseva, Dmitry Kuznetsov, Lisacek Frédérique, Florence Mehl, Tarcisio Mendes de Farias*, Pierre-André Michel, Sébastien Moretti, Anne Morgat, Sabine Österle, Marco Pagni, Nicole Redaschi, Marc Robinson-Rechavi, Kasun Samarasinghe, Ana-Claudia Sima, Damian Szklarczyk, Orlin Topalov, Vasundra Touré, Deepak Unni, Christian von Mering, Julien Wollbrett, Monique Zahn-Zabal*, Evgeny Zdobnov: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics Semantic Web of data. In: Nucleic Acids Research. Band 52, D1, 5. Januar 2024, ISSN 0305-1048, S. D44–D51, doi:10.1093/nar/gkad902, PMID 37878411, PMC 10767860 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  23. ↑ Evelyne Schmid Osborne: mOTUS joins Swiss Institute of Bioinformatics. In: NCCR. 16. Januar 2025, abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  24. ↑ Federal Office of Public Health Infectious Diseases Dashboard (IDD). Abgerufen am 6. Januar 2026 (englisch).
  25. ↑ Sonja Voordik, Maheen Sayeed: Robust HCP Coverage Analysis with Dedicated Melanie Software. Mai 2017, abgerufen am 6. Januar 2026.
  26. ↑ Henoch S. Hong, Robin Liechti, Christoph Reinhard, Marie M. Morfouace, IMMUcan consortium: Abstract 1699: IMMUcan: Broad cellular and molecular profiling of the human tumor microenvironment. In: Cancer Research. Band 80, 16_Supplement, 15. August 2020, ISSN 0008-5472, S. 1699–1699, doi:10.1158/1538-7445.AM2020-1699 (aacrjournals.org [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  27. ↑ Pierre-Yves Oehrli: SIB launches the Centre for Pathogen Bioinformatics | GGBa. In: Greater Geneva Bern area. 28. Oktober 2024, abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  28. ↑ Jessica Davis Plüss, Pauline Turuban: So betreffen Trumps Kürzungen die Schweizer Wissenschaft. In: SWI swissinfo.ch. 23. März 2025, abgerufen am 6. Januar 2026.
  29. ↑ Datenkoordinationszentrum des Swiss Personalized Health Network. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  30. ↑ BioMedIT Project. In: SPHN. Abgerufen am 6. Januar 2026 (britisches Englisch).
  31. ↑ Vasundra Touré, Philip Krauss, Kristin Gnodtke, Jascha Buchhorn, Deepak Unni, Petar Horki, Jean Louis Raisaro, Katie Kalt, Daniel Teixeira, Katrin Crameri, Sabine Österle: FAIRification of health-related data using semantic web technologies in the Swiss Personalized Health Network. In: Scientific Data. Band 10, Nr. 1, 10. März 2023, ISSN 2052-4463, S. 127, doi:10.1038/s41597-023-02028-y, PMID 36899064, PMC 10006404 (freier Volltext) – (nature.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  32. ↑ EXPLaiN Project | Institute for Biomedical Ethics | University of Basel. Abgerufen am 6. Januar 2026 (englisch).
  33. ↑ Un jeu lausannois pour découvrir la génétique - Le Temps. 11. Juni 2018, ISSN 1423-3967 (letemps.ch [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  34. ↑ Chromosome walk - Department of Genetics & Evolution - University of Geneva. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  35. ↑ About Precision Medicine. In: Precision Medicine - SIB. Abgerufen am 6. Januar 2026 (amerikanisches Englisch).
  36. ↑ Marie-Claude Blatter, Monique Zahn-Zabal, Samuel Moix, Béatrice Pichon, Christophe Dessimoz, Natasha Glover: Bringing science to the public in the light of evolution. In: Biology Methods and Protocols. Band 8, Nr. 1, 10. Januar 2023, ISSN 2396-8923, doi:10.1093/biomethods/bpad040, PMID 38152108, PMC 10752581 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 6. Januar 2026]).
  37. ↑ More about Protein Spotlight. Abgerufen am 6. Januar 2026.
  38. ↑ Protéines à la Une. Abgerufen am 6. Januar 2026.


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