Die Insel liegt im Zentrum der Inselgruppe, rund 70km nördlich von Chichi-jima in der benachbarten Gruppe der Chichijima-Inseln. Muko-jima hat eine Fläche von 2,56km²[1] und erreicht im Daisen (大山‚großer Berg‘) eine Höhe von rund 88m über dem Meer.[2] Mukō-jima war bis zum Zweiten Weltkrieg bewohnt und hatte 46 Einwohner. Auf der Insel herrscht ein subtropisches Klima.