Durch die Übergröße der Saturn V entstand der Plan, einen neuen, NASA-eigenen Startplatz zu erbauen, anstatt einen Startplatz auf der Cape Canaveral Air Force Station (CCAFS) zu modifizieren. Dazu wählte man ein Gebiet etwas nördlich der CCAFS, um weiterhin Gebäude dort mitnutzen zu können.
Der gesamte Komplex sollte ursprünglich fünf Startrampen haben, von denen drei gebaut und zwei in Reserve gehalten werden sollten. Die drei, die gebaut werden sollten, sollten von Norden nach Süden als LC-39A, LC-39B und LC-39C bezeichnet werden. Jedoch wurde LC-39A nie gebaut, sodass man LC-39C im Jahr 1963 in LC-39A umbenannte. Der einzige offen sichtbare Hinweis für die Planung weiterer Startrampen ist eine Abzweigung des Crawlerways, etwa 1,6 km westlich von LC-39A und 2,4 km südlich von LC-39B.
Die Startanlage an sich besteht aus Beton. Eine 250 m lange 5-%-Steigung führt zu dem 13 m hohen Feuerschacht. In diesem sogenannten „Clear Pad“ ist ein Raum, der die für den Start benötigte Computertechnik beherbergt. Hinzu kamen vier Blitzableiter, mehrere Ausrüstungsräume und die Stützen, auf denen die mobile Startplattform gelagert wird. Außerdem wurden die Tanks für die flüssigen Treibstoffe gebaut.
Das Hauptgebäude des damals Vertical Assembly Building (VAB) genannten Gebäudes wurde auf einer Fläche von 157,9 m × 134,7 m erbaut und war damals mit 160,3 m Höhe das größte Hallengebäude der Welt. In seinen vier „High Bays“ konnten bis zu drei Saturn V aufgebaut werden. Die verbleibende Zelle wurde für andere Zwecke freigehalten. Daran grenzt eine „Low Bay“ an. Sie ist 83,5 m lang, 134,7 m breit und 64 m hoch. In ihr wurden die Raketenteile angeliefert und überprüft.
Der Crawlerway verbindet die beiden Startanlagen mit dem VAB. Er besteht aus zwei 12,2 m breiten Fahrstreifen und einem 15,2 m breiten Mittelstreifen. Der Fahrbelag besteht aus vier Schichten, damit das Gewicht des Crawler-Transporters samt Startplattform und Raumfahrzeug getragen werden kann. Die oberste Schicht besteht aus Flusskies von 10 cm Dicke auf geraden Streckenabschnitten und 20 cm in Kurven. Danach folgen ein 30 cm Asphaltgemisch, 90 cm Kalkstein und 80 cm Füllstoffe. Die Fahrstrecke beträgt 5,5 km zum LC-39A und 6,8 km zum LC-39B.
Die zwei Crawler-Transporter sind die zweitgrößten Fortbewegungsmittel zu Lande weltweit,[3] dafür jedoch entsprechend langsam. Sie sind 40 m lang, 34,7 m breit und 6,1 m hoch. Ihre maximale Geschwindigkeit beträgt 3,2 km/h ohne und 1,6 km/h mit einem Raumfahrzeug. Jedes Fahrzeug hat zwei 2050-kW-Dieselmotoren, die wiederum vier 1000-kW-Generatoren antreiben. Die hierbei erzeugte Energie treibt die 16 Antriebsmotoren an. Außerdem werden die Überwachungsmonitore in beiden Fahrerkabinen von ihnen versorgt. Hinzu kommt die Hydraulik, die die mobile Startplattform samt Raumfahrzeug in einer vertikalen Position hält, während der Crawler die 5-%-Steigung in Angriff nimmt.
Zu den Gebäuden, die nicht direkt zum LC-39 gehören, aber für den Betrieb dort benötigt werden, gehört das zeitgleich erbaute Startkontrollzentrum. Es liegt etwas südlich vom VAB. Von dort werden die Startvorbereitungen während des Countdowns überwacht. Außerdem wird von hier der Start eingeleitet.
Ein weiteres Gebäude, das jedoch übernommen wurde, ist das Operations and Checkout Building am nördlichen Ende der Cape Caneveral Air Force Station. Dort wurden die Apollo-Raumschiffe zusammengesetzt und überprüft. Außerdem wohnten dort die Astronauten vor dem Start.
Während des Apollo-Programms starteten 17 Raketen von LC-39, wobei von LC-39A zwölf Saturn V starteten (zwei Testflüge, neun Apollo-Missionen und Skylab). Von LC-39B startete Apollo 10 als einzige Mission mit einer Saturn V. Skylab 2, 3 und 4 und das Apollo-Sojus-Test-Projekt starteten ebenfalls von LC-39B, allerdings mit einer Saturn IB, für die auf der mobilen Startplattform eine Verkürzung angebracht werden musste.