Der Flappach entspringt den Flappachquellen nahe Kemmerlang. Kurz danach fließt er durch den Flappachweiher und von dort aus weiter durch Ittenbeuren an Knollengraben vorbei durch das Flappachtal in die Mühlenvorstadt von Ravensburg. Dort fließt er als Stadtbach, teilweise offengelegt, durch die Innenstadt. Beim früheren Gerber- und Färberviertel Pfannenstiel mündet er in die Schussen.
Der Flappachweiher, ursprünglich als künstlicher Stauweiher angelegt, ist heute ein idyllisches Naturfreibad. Der Weiher mit einer Wasserfläche von 5,7ha wird über einen Zulauf im Süden sowie über die Flappachquellen im Hangwald im Osten gespeist.[4]
Am 29. September 1843 gründeten 20 Triebwerksbesitzer am Flappach die Wasserwerksgesellschaft Ravensburg, um einen Stausee anzulegen. Der Stausee sollte nicht zu Bade- oder Fischereizwecken, sondern zur gleichmäßigen Wasserversorgung der Triebwerke dienen. Zu diesem Zweck erwarb die Gesellschaft zwischen 1843 und 1846 am Kemmerlanger Moos Grund und Boden und ließ den Stausee anlegen. Zwischen 1903 und 1904 legte man zusätzlich in Ittenbeuren den Steinweiher an. Die damalige Wasserwerksgesellschaft trägt heute den Namen Wasserverband Ravensburg und ist nach wie vor Eigentümerin der beiden Stauweiher.
Das Gewässersystem Flappach liegt im FFH-GebietSchussen und Schmalegger Tobel mit der Gebietsnummer DE8323341. welches auch als Natura-2000-Gebiet gilt. Bis zum Flappachweiher fließt der Flappach durch das LandschaftsschutzgebietFlattbach (LfU-Nummer LSG 4.36.058)[7] und das NaturschutzgebietKemmerlanger Moos (NSG 4.139).[8]
Die Quellen sind durch die WasserschutzgebieteFlappachquellen (WSG 436072) und Mostbrunnen (WSG 436114) geschützt.[9]
Nach dem Flappachweiher fließt der Flappach am flächenhaften NaturdenkmalStreuwiesen am Flappach (Schutzgebiets-Nr.: FND084360640224) vorbei.[10]