Da bei natürlich vorkommenden Wagneriten geringe Anteile des Magnesiums durch zweifach positiv geladene Eisenionen bzw. Fluor- durch Hydroxidionen vertreten (substituiert) sein können, wird die Formel in verschiedenen Quellen gelegentlich mit (Mg,Fe2+)2(PO4)F[7] oder Mg2(PO4)(F,OH)[9] angegeben.
Das Mineral entwickelt meist kurz- bis langprismatische, längsgestreifte Kristalle, kommt aber auch in Form körniger oder derber bzw. massiger Mineral-Aggregate vor.
In reiner Form sind Wagneritkristalle farblos und durchsichtig mit glasähnlichem Glanz auf den Oberflächen.[10] Durch vielfache Lichtbrechung aufgrund von Gitterbaufehlern oder polykristalliner Ausbildung kann er aber auch weiß bis hellgrau erscheinen[11] und durch Fremdbeimengungen eine wein- bis honiggelbe, orange bis fleischrote, gelblichbraune oder hellgrüne Farbe annehmen, wobei die Transparenz entsprechend abnimmt.
Bereits in der veralteten 8. Auflage der Mineralsystematik nach Strunz gehörte der Wagnerit zur Mineralklasse der „Phosphate, Arsenate und Vanadate“ und dort zur Abteilung „Wasserfreie Phosphate, Arsenate und Vanadate mit fremden Anionen“, wo er zusammen mit Triplit und Zwieselit die „Triplit-Reihe“ mit der System-Nr. VII/B.03a bildete.
Die von der International Mineralogical Association (IMA) zuletzt 2009 aktualisierte[14]9. Auflage der Strunz’schen Mineralsystematik ordnet den Wagnerit ebenfalls in die Abteilung der „Phosphate usw. mit zusätzlichen Anionen; ohne H2O“ ein. Diese ist allerdings weiter unterteilt nach der relativen Größe der beteiligten Kationen und dem Stoffmengenverhältnis der zusätzlichen Anionen (OH etc.) zum Phosphat-, Arsenat- bzw. Vanadatkomplex (RO4), so dass das Mineral entsprechend seiner Zusammensetzung in der Unterabteilung „Mit ausschließlich mittelgroßen Kationen; (OH usw.):RO4≤1:1“ zu finden ist, wo es zusammen mit Joosteit, Sarkinit, Staněkit, Triploidit und Wolfeit die „Triploiditgruppe“ mit der System-Nr. 8.BB.15 bildet.
Auch die vorwiegend im englischen Sprachraum gebräuchliche Systematik der Minerale nach Dana ordnet den Wagnerit in die Klasse der „Phosphate, Arsenate und Vanadate“ und dort in die Abteilung der „Wasserfreie Phosphate etc., mit Hydroxyl oder Halogen“ ein. Hier ist er nur zusammen mit Hydroxylwagnerit in der nach ihm benannten „Wagneritgruppe“ mit der System-Nr. 41.06.02 innerhalb der Unterabteilung „Wasserfreie Phosphate etc., mit Hydroxyl oder Halogen mit (A)2(XO4)Zq“ zu finden.
Als seltene Mineralbildung konnte Wagnerit nur an wenigen Fundorten nachgewiesen werden, wobei bisher rund 70 Fundorte dokumentiert sind (Stand 2023).[15] Neben seiner Typlokalität Höllgraben bei Imlau sowie in dem ebenfalls in der Gemeinde Werfen gelegenen Rettenbachgraben und Wengergraben fand man das Mineral in Österreich noch im Steinbruch Haagen bei Rigaus (Gemeinde Abtenau), am Graulahnerkopf (Graulahnerkogel) im Amerbachtal (einem Teil des Felbertals), an zwei Stellen im Fritztal (Fritzbachtal) und am Klemmgraben am Eiskogel in Salzburg sowie in Gesteinsproben, die beim Bau des Bosrucktunnels für die Pyhrn Autobahn in Oberösterreich entnommen wurden. Seine Typlokalität Höllgraben ist zudem als herausragender Fundort für besonders große und meist mit Lazulith vergesellschaftete Wagneritkristalle mit bis zu drei Zentimetern Durchmesser bekannt.[9]
Joh. Nep. Fuchs:Ueber den Wagnerit. In: Journal für Chemie und Physik. Band33, 1821, S.269–277 (englisch, rruff.info[PDF; 343kB; abgerufen am 9.Februar 2023]).
Alessandro Coda, Giuseppe Giuseppetti, Carla Tadini, Socio G. Carobbi:The crystal structure of wagnerite. In: Atti della Accademia Nazionale dei Lincei. Band43, 1967, S.212–224 (englisch, bdim.eu[PDF; 1,3MB; abgerufen am 9.Februar 2023]).
K. Auh, F. A. Hummel:Solid solution in the wagnerite structure. In: The Canadian Mineralogist. Band12, 1974, S.346–351 (englisch, rruff.info[PDF; 509kB; abgerufen am 9.Februar 2023]).
Wagnerite search results.In:rruff.info.Database of Raman spectroscopy, X-ray diffraction and chemistry of minerals (RRUFF);abgerufen am 9.Februar 2023(englisch).
123456Hugo Strunz, Ernest H. Nickel:Strunz Mineralogical Tables. Chemical-structural Mineral Classification System. 9. Auflage. E. Schweizerbart’sche Verlagsbuchhandlung (Nägele u. Obermiller), Stuttgart 2001, ISBN 3-510-65188-X, S.442 (englisch).
12Stefan Weiß:Das große Lapis Mineralienverzeichnis. Alle Mineralien von A – Z und ihre Eigenschaften. Stand 03/2018. 7., vollkommen neu bearbeitete und ergänzte Auflage. Weise, München 2018, ISBN 978-3-921656-83-9.
↑David Barthelmy:Wagnerite Mineral Data.In:webmineral.com.Abgerufen am 9.Februar 2023(englisch).
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Wagnerite. In: John W. Anthony, Richard A. Bideaux, Kenneth W. Bladh, Monte C. Nichols (Hrsg.): Handbook of Mineralogy, Mineralogical Society of America. 2001 (englisch, handbookofmineralogy.org[PDF; 53kB; abgerufen am 9.Februar 2023]).
12345Wagnerite.In:mindat.org.Hudson Institute of Mineralogy,abgerufen am 9.Februar 2023(englisch).
123Petr Korbel, Milan Novák:Mineralien-Enzyklopädie (=Dörfler Natur). Edition Dörfler im Nebel-Verlag, Eggolsheim 2002, ISBN 978-3-89555-076-8, S.159.