User:Smallmiew/生分表

古菌域(Archaea)

泉古菌門(Crenarchaeota)

熱變形菌綱(Thermoprotei)

1. 暖球形菌目(Caldisphaerales)
   1. 暖球形菌科(Caldisphaeraceae)
2. 餐古菌目(Cenarchaeales)
   1. 餐古菌科(Cenarchaeaceae)
3. 除硫球菌目(Desulfurococcales)
   1. 除硫球菌科(Desulfurococcaceae)
   2. 熱網菌科(Pyrodictiaceae)
4. 亞硝化侏儒菌目(Nitrosopumilales)*
   1. 亞硝化侏儒菌科(Nitrosopumilaceae)*
      1. 亞硝化侏儒菌屬(Nitrosopumilus)*
5. 硫化葉菌目(Sulfolobales)
   1. 硫化葉菌科(Sulfolobaceae)
6. 熱變形菌目(Thermoproteales)
   1. 熱絲菌科(Thermofilaceae)
   2. 熱變形菌科(Thermoproteaceae)

廣古菌門(Euryarchaeota)

古丸菌綱(Archaeoglobi)

1. 古丸菌目(Archaeoglobales)
   1. 古丸菌科(Archaeoglobaceae)

鹽桿菌綱(Halobacteria)

1. 鹽桿菌目(Halobacteriales)
   1. 鹽桿菌科(Halobacteriaceae)

甲烷桿菌綱(Methanobacteria)

1. 甲烷桿菌目(Methanobacteriales)
   1. 甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)
   2. 甲烷熱菌科(Methanothermaceae)

甲烷球菌綱(Methanococci)

1. 甲烷球菌目(Methanococcales)
   1. 甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)
   2. 甲烷球菌科(Methanococcaceae)
2. 甲烷微菌目(Methanomirobiales)
   1. 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)
   2. 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)
   3. 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)
3. 甲烷八疊球菌目(Methanosarcinales)
   1. 甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)
   2. 甲烷八疊球菌科(Methanosarcinaceae)

甲烷火菌綱(Methanopyri)

1. 甲烷火菌目(Methanopyrales)
   1. 甲烷火菌科(Methanopyraceae)

熱球菌綱(Thermococci)

1. 熱球菌目(Thermococcales)
   1. 熱球菌科(Thermococcaceae)

熱原體綱(Thermoplasmata)

1. 熱原體目(Thermoplasmatales)
   1. 鐵原體科(Ferroplasmaceae)
   2. 嗜苦菌科(Picrophilaceae)
   3. 熱原體科(Thermoplasmataceae)

細菌域(Bacteria)

細菌界(Eubacteria)

酸桿菌門(Acidobacteria)

酸桿菌綱(Acidobacteria)

1. 酸桿菌目(Acidobacteriales)
   1. 酸桿菌科(Acidobacteriaceae)

放線菌門(Actinobacteria)（高G+C革蘭氏陽性菌）

放線菌綱(Actinobacteria)

1. 酸微菌亞綱(Acidimicrobidae)
   1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)
      1. 酸微菌亞目(Acidimicrobineae)
         1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
2. 放線菌亞綱(Actinobacteridae)
   1. 放線菌目(Actinomycetales)
      1. 放線菌亞目(Actinomycineae)
         1. 放線菌科(Actinomycetaceae)
      2. (Catenulisporineae)
         1. (Actinospicaceae)
         2. (Catenulisporaceae)
      3. 棒桿菌亞目(Corynebacterineae)
         1. 棒桿菌科(Corynebacteriaceae)
         2. (Dietziaceae)
         3. (Gordoniaceae)
         4. 分枝桿菌科(Mycobacteriaceae)
         5. 諾卡氏菌科(Nocardiaceae)
         6. (Segniliparaceae)
         7. (Tsukamurellaceae)
         8. (Williamsiaceae)
      4. 弗蘭克氏菌亞目(Frankineae)
         1. (Acidothermaceae)
         2. 弗蘭克氏菌科(Frankiaceae)
         3. (Geodermatophilaceae)
         4. (Kineosporiaceae)
         5. (Nakamurellaceae)
         6. (Sporichthyaceae)
      5. (Glycomycineae)
         1. (Glycomycetaceae)
      6. 微球菌亞目(Micrococcineae)
         1. (Beutenbergiaceae)
         2. (Bogoriellaceae)
         3. 短桿菌科(Brevibacteriaceae)
         4. (Cellulomonadaceae)
         5. (Dermabacteraceae)
         6. (Dermacoccaceae)
         7. (Dermatophilaceae)
         8. (Intrasporangiaceae)
         9. (Jonesiaceae)
         10. (Microbacteriaceae)
         11. 微球菌科(Micrococcaceae)
         12. (Promicromonosporaceae)
         13. (Rarobacteraceae)
         14. (Sanguibacteraceae)
         15. (Yaniaceae)
      7. 微單孢菌亞目(Micromonosporineae)
         1. 微單孢菌科(Micromonosporaceae)
      8. 丙酸桿菌亞目(Propionibacterineae)
         1. (Nocardioidaceae)
         2. 丙酸桿菌科(Propionibacteriaceae)
      9. (Pseudonocardineae)
         1. (Actinosynnemataceae)
         2. (Pseudonocardiaceae)
      10. 鏈黴菌亞目(Streptomycineae)
          1. 鏈黴菌科(Sterptomycetaceae)
      11. (Streptosporangineae)
          1. (Nocardiopsaceae)
          2. (Streptosporangiaceae)
          3. (Thermomonosporaceae)
   2. 雙歧桿菌目(Bifidobacteriales)
      1. 雙歧桿菌科(Bifidobacteriaceae)
         1. (Aeriscardovia)
         2. 雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)
         3. (Gardnerella)
         4. (Parascardovia)
         5. (Scardovia)
      2. 科未定
         1. (Turicella)
3. (Coriobacteridae)
   1. (Coriobacteriales)
      1. (Coriobacterineae)
         1. (Coriobacteriaceae)
4. 紅色桿菌亞綱(Rubrobacteridae)
   1. 紅色桿菌目(Rubrobacterales)
      1. 紅色桿菌亞目(Rubrobacterineae)
         1. (Conexibacteraceae)
         2. (Patulibacteraceae)
         3. 紅色桿菌科(Rubrobacteraceae)
         4. (Solirubrobacteraceae)
         5. (Thermoleophilaceae)
5. 球形桿菌亞綱(Sphaerobacteridae)
   1. 球形桿菌目(Sphaerobacterales)
      1. 球形桿菌亞目(Sphaerobacterineae)
         1. 球形桿菌科(Sphaerobacteraceae)

產水菌門(Aquificae)

產水菌綱(Aquificae)

1. 產水菌目(Aquificales)
   1. 產水菌科(Aquificaceae)
   2. 除硫桿菌科(Desulfurobacteriaceae)
   3. (Hydrogenothermaceae)

擬桿菌門(Bacteroidetes)

擬桿菌綱(Bacteroidetes)

1. 擬桿菌目(Bacteroidales)
   1. 擬桿菌科(Bacteroidaceae)
   2. 紫單胞菌科(Porphyromonadaceae)
   3. 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
   4. 理研菌科(Rikenellaceae)

黃桿菌綱(Flavobacteria)

1. 黃桿菌目(Flavobacteriales)
   1. 蟑螂桿狀體科(Blattabacteriaceae)
   2. (Cryomorphaceae)
   3. 黃桿菌科(Flavobacteriaceae)

鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)

1. 鞘脂桿菌目(Sphingobacteriales)
   1. 泉髮菌科(Crenotrichaceae)
   2. (Flammeovirgaceae)
   3. 屈撓桿菌科(Flexibacteraceae)
   4. 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
   5. 鞘脂桿菌科(Sphingobacteriaceae)

綱未定

1. (Prolixibacter)

衣原體門(Chlamydiae)

衣原體綱(Chlamydiae)

1. 衣原體目(Chlamydiales)
   1. 衣原體科(Chlamydiaceae)
   2. 副衣原體科(Parachlamydiaceae)
   3. 芯卡體科(Simkaniaceae)
   4. 華診體科(Waddliaceae)

綠菌門(Chlorobi)

綠菌綱(Chlorobia)

1. 綠菌目(Chlorobiales)
   1. 綠菌科(Chlorobiaceae)

綠彎菌門(Chloroflexi)

厭氧繩菌綱(Anaerolineae)

1. 厭氧繩菌目(Anaerolineales)
   1. 厭氧繩菌科(Anaerolineaceae)

暖繩菌綱(Caldilineae)

1. 暖繩菌目(Caldilineales)
   1. 暖繩菌科(Caldilineaceae)

綠彎菌綱(Chloroflexi)

1. 綠彎菌目(Chloroflexales)
   1. 綠彎菌科(Chloroflexaceae)
   2. 顫綠菌科(Oscillochloridaceae)
2. 爬管菌目(Herpetosiphonales)
   1. 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)

產金菌門(Chrysiogenetes)

產金菌綱(Chrysiogenetes)

1. 產金菌目(Chrysiogenales)
   1. 產金菌科(Chrysiogenaceae)

脫鐵桿菌門(Deferribacteres)

脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)

1. 脫鐵桿菌目(Deferribacterales)
   1. 脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae)

異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)

異常球菌綱(Deinococci)

1. 異常球菌目(Deinococcales)
   1. 異常球菌科(Deinococcaceae)
   2. 特呂珀菌科(Trueperaceae)
2. 棲熱菌目(Thermales)
   1. 棲熱菌科(Thermaceae)

網團菌門(Dictyoglomi)

網團菌綱(Dictyoglomi)

1. 網團菌目(Dictyoglomales)
   1. 網團菌科(Dictyoglomaceae)

纖維桿菌門(Fibrobacteres)

纖維桿菌綱(Fibrobacteres)

1. 纖維桿菌目(Fibrobacterales)
   1. 纖維桿菌科(Fibrobacteraceae)

厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌）

芽孢桿菌綱(Bacilli)

1. 芽孢桿菌目(Bacillales)
   1. (Alicyclobacillaceae)
   2. 芽孢桿菌科(Bacillaceae)
   3. (Caryophanaceae)
   4. 李斯特氏菌科(Listeriaceae)
   5. (Paenibacillaceae)
   6. (Planococcaceae)
   7. 芽孢乳桿菌科(Sporolactobacillaceae)
   8. 葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
   9. (Thermoactinomycetaceae)
   10. (Turicibacteraceae)
2. 乳桿菌目(Lactobacillales)
   1. 氣球菌科(Aerococcaceae)
   2. 肉桿菌科(Carnobacteriaceae)
   3. 腸球菌科(Enterococcaceae)
   4. 乳桿菌科(Lactobacillaceae)
   5. 明串珠菌科(Leuconostocaceae)
   6. 顫螺旋菌科(Oscillospiraceae)
   7. 鏈球菌科(Streptococcaceae)

梭菌綱(Clostridia)

1. 梭菌目(Clostridiales)
   1. 氨基酸球菌科(Acidaminococcaceae)
   2. 梭菌科(Clostridiaceae)
   3. 優桿菌科(Eubacteriaceae)
   4. 太陽桿菌科(Heliobacteriaceae)
   5. 毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
   6. 消化球菌科(Peptococcaceae)
   7. 消化鏈球菌科(Peptostreptococcaceae)
   8. 互營單胞菌科(Syntrophomonadaceae)
2. 鹽厭氧菌目(Halanaerobiales)
   1. 鹽厭氧菌科(Halanaerobiaceae)
   2. 鹽擬桿菌科(Halobacteroidaceae)
3. 熱厭氧桿菌目(Thermoanaerobacteriales)
   1. 熱厭氧桿菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
   2. 熱脫硫菌科(Thermodesulfobiaceae)

梭桿菌門(Fusobacteria)

梭桿菌綱(Fusobacteria)

1. 梭桿菌目(Fusobacteriales)
   1. 梭桿菌科(Fusobacteriaceae)
      1. 梭桿菌屬(Fusobacterium)
      2. (Ilyobacter)
      3. 纖毛菌屬(Leptotrichia)
      4. (Propionigenium)
      5. (Sebaldella)
      6. (Sneathia)
      7. (Streptobacillus)
   2. 科未定
      1. (Cetobacterium)

芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)

芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)

1. 芽單胞菌目(Gemmatimonadales)
   1. 芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae)
      1. 芽單胞菌屬(Gemmatimonas)

黏膠球形菌門(Lentisphaerae)

黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)

1. 黏膠球形菌目(Lentisphaerales)
   1. 黏膠球形菌科(Lentisphaeraceae)
      1. 黏膠球形菌屬(Lentisphaera)
2. 食物谷菌目(Victivallales)
   1. 食物谷菌科(Victivallaceae)
      1. 食物谷菌屬(Victivallis)

硝化螺旋菌門(Nitrospirae)

硝化螺旋菌綱(Nitrospira)

1. 硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
   1. 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
      1. 鈎端螺菌屬(Leptospirillum)
      2. 硝化螺旋菌屬(Nitrospira)
      3. 磁桿菌屬(Magnetobacterium)*
      4. 熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)

浮黴菌門(Planctomycetes)

浮黴菌綱(Planctomycetacia)

1. 浮黴菌目(Planctomycetales)
   1. 浮黴菌科(Planctomycetaceae)
      1. (Blastopirellula)
      2. (Gemmata)
      3. (Isosphaera)
      4. 小梨形菌屬(Pirellula)
      5. 浮黴菌屬(Planctomycetes)
      6. 紅小梨形菌屬(Rhodopirellula)
   2. 科未定 （均未能分離培養，見厭氧氨氧化菌）
      1. (Brocadia)*
      2. (Kuenenia)*
      3. (Scalindua)*

變形菌門(Proteobacteria)

α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)

1. 柄桿菌目(Caulobacterales)
   1. 柄桿菌科(Caulobacteraceae)
      1. (Asticcacaulis)
      2. 短波單胞菌屬(Brevundimonas)
      3. 柄桿菌屬(Caulobacter)
      4. 苯基桿菌屬(Phenylobacterium)
2. (Kordiimonadales)
   1. (Kordiimonadaceae)
      1. (Kordiimonas)
3. 短小盒菌目(Parvularculales)
   1. 短小盒菌科(Parvularculaceae)
      1. 短小盒菌屬(Parvularcula)
4. 根瘤菌目(Rhizobiales)
   1. 橙單胞菌科(Aurantimonadaceae)
      1. 橙單胞菌屬(Aurantimonas)
      2. (Fulvimarina)
      3. (Martelella)
   2. 巴通體科(Bartonellaceae)
      1. 巴通體屬(Bartonella)
      2. (Grahamella)
      3. (Rochalimaea)
   3. 拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
      1. 拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)
      2. (Chelatococcus)
      3. (Methylocapsa)
      4. (Methylocella)
   4. 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
      1. 阿菲波菌屬(Afipia)
      2. 農單胞菌屬(Agromonas)
      3. (Balneimonas)
      4. 芽生桿菌屬(Blastobacter)
      5. (Bosea)
      6. 慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)
      7. 硝化桿菌屬(Nitrobacter)
      8. (Oligotropha)
      9. (Rhodoblastus)
      10. 紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)
   5. 布魯氏菌科(Brucellaceae)
      1. 布魯氏菌屬(Brucella)
      2. (Crabtreella)
      3. 支動菌屬(Mycoplana)
      4. 蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)
      5. (Pseudochrobactrum)
   6. 生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)
      1. (Ancalomicrobium)
      2. (Angulomicrobium)
      3. 水桿菌屬(Aquabacter)
      4. 芽綠菌屬(Blastochloris)
      5. (Devosia)
      6. (Dichotomicrobium)
      7. (Filomicrobium)
      8. (Gemmiger)
      9. 生絲微菌屬(Hyphomicrobium)
      10. (Methylorhabdus)
      11. 土微菌屬(Pedomicrobium)
      12. 突柄微菌屬(Prosthecomicrobium)
      13. 紅微菌屬(Rhodomicrobium)
      14. (Rhodoplanes)
      15. (Seliberia)
   7. 甲基桿菌科(Methylobacteriaceae)
      1. (Meganema)
      2. 甲基桿菌屬(Methylobacterium)
      3. (Microvirga)
      4. (Protomonas)
   8. 甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
      1. (Albibacter)
      2. 甲基孢囊菌屬(Methylocystis)
      3. (Methylopila)
      4. (Methylosinus)
      5. (Pleomorphomonas)
      6. (Terasakiella)
   9. 葉桿菌科(Phyllobacteriaceae)
      1. (Aminobacter)
      2. (Aquamicrobium)
      3. (Defluvibacter)
      4. (Hoeflea)
      5. (Liberibacter)*
      6. 中慢生根瘤菌屬(Mesorhizobium)
      7. (Nitratireductor)
      8. 葉桿菌屬(Phyllobacterium)
      9. (Pseudaminobacter)
   10. 根瘤菌科(Rhizobiaceae)
       1. 土壤桿菌屬(Agrobacterium)
       2. 異根瘤菌屬(Allorhizobium)
       3. 嗜碳菌屬(Carbophilus)
       4. 螯合桿菌屬(Chelatobacter)
       5. 劍菌屬(Ensifer)
       6. (Kaistia)
       7. 根瘤菌屬(Rhizobium)
       8. 中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)
   11. 紅菌科(Rhodobiaceae)
       1. (Parvibaculum)
       2. 紅菌屬(Rhodobium)
       3. 玫瑰螺菌屬(Roseospirillum)
   12. 黃色桿菌科(Xanthobacteraceae)
       1. (Ancylobacter)
       2. (Azorhizobium)
       3. (Labrys)
       4. (Pseudolabrys)
       5. (Starkeya)
       6. 黃色桿菌屬(Xanthobacter)
   13. 科未定
       1. (Sneathiella)
5. 紅桿菌目(Rhodobacterales)
   1. 生絲單胞菌科(Hyphomonadaceae)
      1. (Hirschia)
      2. 生絲單胞菌屬(Hyphomonas)
      3. (Maricaulis)
      4. (Oceanicaulis)
   2. 紅桿菌科(Rhodobacteraceae)
      1. (Ahrensia)
      2. (Albidovulum)
      3. (Amaricoccus)
      4. (Antarctobacter)
      5. (Catellibacterium)
      6. (Citreicella)
      7. (Citreimonas)
      8. (Dinoroseobacter)
      9. (Donghicola)
      10. (Gemmobacter)
      11. (Jannaschia)
      12. (Ketogulonicigenium)
      13. (Leisingera)
      14. (Loktanella)
      15. (Maribius)
      16. (Marinovum)
      17. (Methylarcula)
      18. 小水手菌属(Nautella)
      19. (Nereida)
      20. (Nesiotobacter)
      21. (Oceanibulbus)
      22. (Oceanicola)
      23. (Octadecabacter)
      24. (Palleronia)
      25. (Pannonibacter)
      26. 副球菌屬(Paracoccus)
      27. (Pelagibaca)
      28. (Phaeobacter)
      29. 假紅桿菌屬(Pseudorhodobacter)
      30. (Pseudovibrio)
      31. (Rhodobaca)
      32. 紅桿菌屬(Rhodobacter)
      33. (Rhodothalassium)
      34. 小紅卵菌屬(Rhodovulum)
      35. (Roseibacterium)
      36. (Roseibium)
      37. (Roseicyclus)
      38. (Roseinatronobacter)
      39. (Roseisalinus)
      40. (Roseivivax)
      41. 玫瑰桿菌屬(Roseobacter)
      42. (Roseovarius)
      43. (Rubellimicrobium)
      44. (Rubrimonas)
      45. (Ruegeria)
      46. (Sagittula)
      47. (Salipiger)
      48. (Shimia)
      49. (Silicibacter)
      50. (Staleya)
      51. (Stappia)
      52. (Sulfitobacter)
      53. (Thalassobacter)
      54. (Thalassobius)
      55. (Thioclava)
      56. 硫球形菌屬(Thiosphaera)
      57. 木洞菌屬(Woodsholea)
      58. 楊氏菌屬(Yangia)
6. 紅螺菌目(Rhodospirillales)
   1. 醋桿菌科(Acetobacteraceae)
      1. 醋桿菌屬(Acetobacter)
      2. (Acidicaldus)
      3. 嗜酸菌屬(Acidiphilium)
      4. 酸球形菌屬(Acidisphaera)
      5. 酸胞菌屬(Acidocella)
      6. 酸單胞菌屬(Acidomonas)
      7. (Asaia)
      8. (Belnapia)
      9. 脆弱球菌屬(Craurococcus)
      10. 葡糖醋桿菌屬(Gluconacetobacter)
      11. 葡糖桿菌屬(Gluconobacter)
      12. (Granulibacter)
      13. (Kozakia)
      14. 鼠球菌屬(Muricoccus)
      15. (Neoasaia)
      16. (Paracraurococcus)
      17. 紅球狀菌屬(Rhodopila)
      18. (Rhodovarius)
      19. 玫瑰球菌屬(Roseococcus)
      20. 玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)
      21. (Rubritepida)
      22. (Saccharibacter)
      23. (Stella)
      24. (Swaminathania)
      25. (Teichococcus)
      26. (Zavarzinia)
   2. 紅螺菌科(Rhodospirillaceae)
      1. 固氮螺菌屬(Azospirillum)
      2. (Conglomeromonas)
      3. (Defluviicoccus)
      4. (Inquilinus)
      5. 磁螺菌屬(Magnetospirillum)
      6. (Phaeospirillum)
      7. (Rhodocista)
      8. 紅螺旋菌屬(Rhodospira)
      9. 紅螺菌屬(Rhodospirillum)
      10. 紅弧菌屬(Rhodovibrio)
      11. 玫瑰螺旋菌屬(Roseospira)
      12. (Skermanella)
      13. (Thalassospira)
      14. (Tistrella)
7. 立克次體目(Rickettsiales)
   1. 無形體科(Anaplasmataceae)
      1. (Aegyptianella)
      2. 無形體屬(Anaplasma)
      3. (Cowdria)
      4. 埃里希體屬(Ehrlichia)
      5. 新立克次體屬(Neorickettsia)
      6. 沃巴赫體屬(Wolbachia)
      7. (Xenohaliotis)*
   2. 全孢菌科(Holosporaceae)
      1. 全孢菌屬(Holospora)
   3. 立克次體科(Rickettsiaceae)
      1. (Orientia)
      2. 立克次體屬(Rickettsia)
   4. SAR 11群*
      1. 遠洋桿菌屬(Pelagibacter)*
   5. 科未定
      1. (Caedibacter)
      2. (Lyticum)
      3. (Odyssella)*
      4. (Pseudocaedibacter)
      5. (Symbiotes)
      6. (Tectibacter)
8. 鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales)
   1. 赤桿菌科(Erythrobacteraceae)
      1. 赤桿菌屬(Erythrobacter)
      2. 赤微菌屬(Erythromicrobium)
      3. 紫桿菌屬(Porphyrobacter)
   2. 鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae)
      1. 芽單胞菌屬(Blastomonas)
      2. 檸檬酸微菌屬(Citromicrobium)*
      3. 赤單胞菌屬(Erythromonas)
      4. 新鞘脂菌屬(Novosphingobium)
      5. (Sandaracinobacter)
      6. (Sandaracinorhabdus）
      7. 鞘脂菌屬(Sphingobium)
      8. 鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas)
      9. (Sphingopyxis)
      10. (Sphingosinicella)
      11. 發酵單胞菌屬(Zymomonas)

β-變形菌綱(Betaproteobacteria)

1. 伯克氏菌目(Burkholderiales)
   1. 產鹼菌科(Alcaligenaceae)
      1. 無色桿菌屬(Achromobacter)
      2. (Advenella)
      3. 產鹼菌屬(Alcaligenes)
      4. (Azohydromonas)
      5. 博德氏菌屬(Bordetella)
      6. (Brackiella)
      7. (Castellaniela)
      8. 德克斯氏菌屬(Derxia)
      9. (Kerstersia)
      10. (Oligella)
      11. (Pelistega)
      12. (Pigmentiphaga)
      13. (Pusillimonas)
      14. (Sutterella)
      15. (Taylorella)
      16. (Tetrathiobacter)
   2. 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
      1. 伯克氏菌屬(Burkholderia)
      2. (Chitinimonas)
      3. (Cupriavidus)
      4. (Lautropia)
      5. (Limnobacter)
      6. (Pandoraea)
      7. (Paucimonas)
      8. (Polynucleobacter)
      9. 青枯菌屬(Ralstonia)
      10. (Thermothrix)
      11. 沃特氏菌屬(Wautersia)
   3. 叢毛單胞菌科(Comamonadaceae)
      1. 食酸菌屬(Acidovorax)
      2. (Alcyclophilus)
      3. (Brachymonas)
      4. (Caenibacterium)
      5. (Caldimonas)
      6. 叢毛單胞菌屬(Comamonas)
      7. (Curvibacter)
      8. 代爾夫特菌屬(Delftia)
      9. (Diaphorobacter)
      10. (Giesbergeria)
      11. 噬氫菌屬(Hydrogenophaga)
      12. (Hylemonella)
      13. (Lampropedia)
      14. (Macromonas)
      15. (Malikia)
      16. (Ottowia)
      17. (Pelomonas)
      18. (Polaromonas)
      19. (Ramlibacter)
      20. 紅育菌屬(Rhodoferax)
      21. (Schlegelella)
      22. (Simplicispira)
      23. 貪食菌屬(Variovorax)
      24. (Xenophilus)
   4. 草酸桿菌科(Oxalobacteraceae)
      1. (Collimonas)
      2. (Duganella)
      3. (Herbaspirillum)
      4. (Herminiimonas)
      5. (Janthinobacterium)
      6. (Massilia)
      7. (Naxibacter)
      8. (Oxalicibacterium)
      9. 草酸桿菌屬(Oxalobacter)
      10. (Telluria)
   5. 科未定
      1. (Aquabacterium)
      2. (Ideonella)
      3. 纖髮菌屬(Leptothrix)
      4. (Methylibium)
      5. (Mitsuaria)
      6. (Paucibacter)
      7. (Roseateles)
      8. 紅長命菌屬(Rubrivivax)
      9. (Sphaerotilus)
      10. (Tepidicella)
      11. (Tepidimonas)
      12. (Thiobacter)
      13. 硫單胞菌屬(Thiomonas)
      14. (Xylophilus)
2. 嗜氫菌目(Hydrogenophilales)
   1. 嗜氫菌科(Hydrogenophilaceae)
      1. 嗜氫菌屬(Hydrogenophilus)
      2. (Petrobacter)
      3. (Tepidiphilus)
      4. 硫桿狀菌屬(Thiobacillus)
3. 嗜甲基菌目(Methylophilales)
   1. 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
      1. (Methylobacillus)
      2. 嗜甲基菌屬(Methylophilus)
      3. (Methylotenera)
      4. (Methylovorus)
4. 奈瑟菌目(Neisseriales)
   1. 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
      1. (Alysiella)
      2. 水螺菌屬(Aquaspirillum)
      3. (Aquitalea)
      4. (Bergeriella)
      5. (Chitinibacter)
      6. 色桿菌屬(Chromobacterium)
      7. (Conchiformibius)
      8. (Deefgea)
      9. 艾肯氏菌屬(Eikenella)
      10. (Formivibrio)
      11. (Iodobacter)
      12. 金氏菌屬(Kingella)
      13. 鷗桿菌屬(Laribacter)
      14. (Microvirgula)
      15. (Morococcus)
      16. 奈瑟菌屬(Neisseria)
      17. (Prolinoborus)
      18. (Silvimonas)
      19. (Simonsiella)
      20. (Uruburuella)
      21. (Vitreoscilla)
      22. (Vogesella)
5. 亞硝化單胞菌目(Nitrosomonadales)
   1. 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
      1. 嘉利翁氏菌屬(Gallionella)
   2. 亞硝化單胞菌科(Nitrosomonadaceae)
      1. 1. (Nitrosolobus)
   3. 亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)
      1. 亞硝化螺旋菌屬(Nitrosospira)
   4. 螺菌科(Spirillaceae)
      1. 螺菌屬(Spirillum)
6. 普羅卡桿菌目(Procabacteriales)*
   1. 普羅卡桿菌科(Procabacteriaceae)*
      1. 普羅卡桿菌屬(Procabacter)*
7. 紅環菌目(Rhodocyclales)
   1. 紅環菌科(Rhodocyclaceae)
      1. 固氮弓菌屬(Azoarcus)
      2. (Azonexus)
      3. (Azospira)
      4. (Azovibrio)
      5. (Dechloromonas)
      6. (Dechlorosoma)
      7. (Denitratisoma)
      8. (Ferribacterium)
      9. (Methyloversatilis)
      10. 丙酸桿菌屬(Propionibacter)
      11. (Propionivibrio)
      12. (Quatrionicoccus)
      13. 紅環菌屬(Rhodocyclus)
      14. (Shinella)
      15. (Sterolibacterium)
      16. 陶厄氏菌屬(Thauera)
      17. 動膠菌屬(Zoogloea)

δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)

1. 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
   1. (Bacteriovoracaceae)
      1. (Bacteriovorax)
      2. (Peredibacter)
   2. 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
      1. 蛭弧菌屬(Bdellovibrio)
      2. (Micavibrio)
      3. (Vampirovibrio)
2. 脫硫盒菌目(Desulfarculales)
   1. 脫硫盒菌科(Desulfarculaceae)
      1. 脫硫盒菌屬(Desulfarculus)
3. 脫硫桿菌目(Desulfobacterales)
   1. 脫硫桿菌科(Desulfobacteraceae)
      1. (Desulfatibacillum)
      2. 脫硫桿菌屬(Desulfobacter)
      3. (Desulfobacterium)
      4. (Desulfobacula)
      5. (Desulfobotulus)*
      6. (Desulfocella)
      7. (Desulfococcus)
      8. (Desulfofaba)
      9. (Desulfofrigus)
      10. (Desulfomusa)
      11. (Desulfonema)
      12. (Desulforegula)
      13. (Desulfosarcina)
      14. (Desulfospira)
      15. (Desulfotignum)
   2. (Desulfobulbaceae)
      1. (Desulfobulbus)
      2. (Desulfocapsa)
      3. (Desulfofustis)
      4. (Desulfopila)
      5. (Desulforhopalus)
      6. (Desulfotalea)
   3. (Nitrospinaceae)
      1. (Nitrospina)
4. 脫硫弧菌目(Desulfovibrionales)
   1. (Desulfohalobiaceae)
      1. (Desulfohalobium)
      2. (Desulfonatronovibrio)
      3. (Desulfonauticus)
      4. (Desulfothermus)
   2. (Desulfomicrobiaceae)
      1. (Desulfomicrobium)
   3. (Desulfonatronaceae)
      1. (Desulfonatronum)
   4. 脫硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
      1. (Bilophila)
      2. (Desulfomonas)
      3. 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)
      4. (Lawsonia)
5. 硫還原菌目(Desulfurellales)
   1. 硫還原菌科(Desulfurellaceae)
      1. 硫還原菌屬(Desulfurella)
      2. (Hippea)
6. 除硫單胞菌目(Desulfuromonadales)
   1. 除硫單胞菌科(Desulfuromonadaceae)
      1. 除硫單胞菌屬(Desulfuromonas)
      2. (Desulfuromusa)
      3. (Malonomonas)
      4. (Pelobacter)
   2. 地桿菌科(Geobacteraceae)
      1. 地桿菌屬(Geobacter)
      2. (Geopsychrobacter)
      3. (Geothermobacter)
      4. (Trichlorobacter)
7. 黏球菌目(Myxococcales)
   1. 孢囊桿菌亞目(Cystobacterineae)
      1. 孢囊桿菌科(Cystobacteraceae)
         1. (Anaeromyxobacter)
         2. (Angiococcus)
         3. (Archangium)
         4. 孢囊桿菌屬(Cystobacter)
         5. (Hyalangium)*
         6. (Melittangium)
         7. (Stigmatella)
      2. 黏球菌科(Myxococcaceae)
         1. 黏球菌屬(Myxococcus)
         2. (Corallococcus)
         3. (Pyxicoccus)
   2. 侏囊菌亞目(Nannocystineae)
      1. (Haliangiaceae)
         1. (Haliangium)
      2. (Kofleriaceae)*
         1. (Kofleria)*
      3. 侏囊菌科(Nannocystaceae)
         1. (Enhygromyxa)
         2. 侏囊菌屬(Nannocystis)
         3. (Plesiocystis)
   3. 堆囊菌亞目(Sorangineae)
      1. 多囊菌科(Polyangiaceae)
         1. (Byssovorax)
         2. (Chondromyces)
         3. (Haploangium)*
         4. (Jahnia)*
         5. 多囊菌屬(Polyangium)
         6. 堆囊菌屬(Sorangium)*
8. 互營桿菌目(Syntrophobacterales)
   1. 互營菌科(Syntrophaceae)
      1. (Desulfobacca)
      2. (Desulfomonile)
      3. (Smithella)
      4. 互營菌屬(Syntrophus)
   2. 互營桿菌科(Syntrophobacteraceae)
      1. (Desulfacinum)
      2. (Desulfoglaeba)
      3. (Desulforhabdus)
      4. (Desulfovirga)
      5. 互營桿菌屬(Syntrophobacter)
      6. (Thermodesulforhabdus)

ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)

1. 彎曲菌目(Campylobacterales)
   1. 彎曲菌科(Campylobacteraceae)
      1. (Arcobacter)
      2. 彎曲菌屬(Campylobacter)
      3. (Dehalospirillum)
      4. 硫磺單胞菌屬(Sulfurospirillum)
   2. 螺桿菌科(Helicobacteraceae)
      1. 螺桿菌屬(Helicobacter)
      2. (Sulfuricurvum)
      3. (Sulfurimonas)
      4. (Sulfurovum)
      5. (Thiovulum)
      6. 沃林氏菌屬(Wolinella)
   3. 氫單胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
      1. 氫單胞菌屬(Hydrogenimonas)
2. (Nautiliales)
   1. (Nautiliaceae)
      1. (Caminibacter)
      2. (Lebetimonas)
      3. (Nautilia)
      4. (Nitratifractor)
      5. (Nitratiruptor)
      6. (Thioreductor)

γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)

1. 酸硫桿狀菌目(Acidithiobacillales)
   1. 酸硫桿狀菌科(Acidithiobacillaceae)
      1. 酸硫桿狀菌屬(Acidithiobacillus)
   2. 熱硫桿狀菌科(Thermithiobacillaceae)
      1. 熱硫桿狀菌屬(Thermithiobacillus)
2. 氣單胞菌目(Aeromonadales)
   1. 氣單胞菌科(Aeromonadaceae)
      1. 氣單胞菌屬(Aeromonas)
      2. (Oceanimonas)
      3. (Oceanisphaera)
      4. (Tolumonas)
      5. (Zobellella)
   2. 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
      1. 厭氧螺菌屬(Anaerobiospirillum)
      2. 反芻桿菌屬(Ruminobacter)
      3. 琥珀酸單胞菌屬(Succinimonas)
      4. 琥珀酸弧菌屬(Succinivibrio)
3. 交替單胞菌目(Alteromonadales)
   1. 交替單胞菌科(Alteromonadaceae)
      1. (Aestuariibacter)
      2. (Agarivorans)
      3. (Alishewanella)
      4. 交替單胞菌屬(Alteromonas)
      5. (Glaciecola)
      6. (Marinimicrobium)
      7. 海桿菌屬(Marinobacter)
      8. 海細菌屬(Marinobacterium)
      9. 產微球莖菌屬(Microbulbifer)
      10. (Saccharophagus)
      11. (Salinimonas)
   2. (Colwelliaceae)
      1. (Colwellia)
      2. (Thalassomonas)
   3. (Ferrimonadaceae)
      1. (Ferrimonas)
   4. (Idiomarinaceae)
      1. (Idiomarina)
      2. (Pseudidiomarina)
   5. (Moritellaceae)
      1. (Moritella)
   6. 假交替單胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
      1. (Algicola)
      2. 假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)
   7. 冷單胞菌科(Psychromonadaceae)
      1. 冷單胞菌屬(Psychromonas)
   8. 希萬氏菌科(Shewanellaceae)
      1. 希萬氏菌屬(Shewanella)
   9. 科未定
      1. (Teredinibacter)
      2. (Endobugula)*
4. 心桿菌目(Cardiobacteriales)
   1. 心桿菌科(Cardiobacteriaceae)
      1. 心桿菌屬(Cardiobacterium)
      2. (Dichelobacter)
      3. (Suttonella)
5. 着色菌目(Chromatiales)
   1. 着色菌科(Chromatiaceae)
      1. (Allochromatium)
      2. (Amoebobacter)
      3. 着色菌屬(Chromatium)
      4. 鹽着色菌屬(Halochromatium)
      5. (Isochromatium)
      6. (Lamprobacter)
      7. (Lamprocystis)
      8. (Marichromatium)
      9. 亞硝化球菌屬(Nitrosococcus)
      10. 芬尼氏菌屬(Pfennigia)
      11. 棍着色菌屬(Rhabdochromatium)
      12. 莱茵海默氏菌属(Rheinheimera)
      13. 熱着色菌屬(Thermochromatium)
      14. 硫鹼球菌屬(Thioalkalicoccus)
      15. 硫橄欖菌屬(Thiobaca)
      16. 硫匣菌屬(Thiocapsa)
      17. 硫球菌屬(Thiococcus)
      18. 硫囊菌屬(Thiocystis)
      19. 硫網菌屬(Thiodictyon)
      20. 硫黃球菌屬(Thioflavicoccus)
      21. 硫鹽匣菌屬(Thiohalocapsa)
      22. (Thiolamprovum)
      23. (Thiopedia)
      24. 硫紅球菌屬(Thiorhodococcus)
      25. 硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)
      26. 硫螺菌屬(Thiospirillum)
   2. 外硫紅螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
      1. 鹼湖生菌屬(Alkalilimnicola)
      2. 鹼螺菌屬(Alkalispirillum)
      3. (Arhodomonas)
      4. 外硫紅螺旋菌屬(Ectothiorhodospira)
      5. 鹽紅螺旋菌屬(Halorhodospira)
      6. 硝化球菌屬(Nitrococcus)
      7. 硫鹼螺旋菌屬(Thioalkalispira)
      8. 硫鹼弧菌屬(Thialkalivibrio)
      9. 硫紅螺旋菌屬(Thiorhodospira)
   3. 鹽硫桿狀菌科(Halothiobacillaceae)
      1. 鹽硫桿狀菌屬(Halothiobacillus)
      2. (Thiovirga)
6. 腸桿菌目(Enterobacteriales)
   1. 腸桿菌科(Enterobacteriaceae)
      1. (Arsenophonus)
      2. (Brenneria)
      3. 布赫納氏菌屬(Buchnera)
      4. (Budvicia)
      5. 布丘氏菌屬(Buttiauxella)
      6. (Calymmatobacterium)
      7. 西地西菌屬(Cedecea)
      8. 檸檬酸桿菌屬(Citrobacter)
      9. 愛德華氏菌屬(Edwardsiella)
      10. 腸桿菌屬(Enterobacter)
      11. 歐文氏菌屬(Erwinia)
      12. 埃希氏菌屬(Escherichia) （包含大腸桿菌）
      13. (Ewingella)
      14. 哈夫尼菌屬(Hafnia)
      15. 克雷伯氏菌屬(Klebsiella)
      16. 克呂沃氏菌屬(Kluyvera)
      17. (Leclercia)
      18. (Leminorella)
      19. (Levinea)
      20. (Moellerella)
      21. (Morganella)
      22. (Obesumbacterium)
      23. 泛菌屬(Pantoea)
      24. (Pectobacterium)
      25. (Phlomobacter)*
      26. (Photorhabdus)
      27. 鄰單胞菌屬(Plesiomonas)
      28. (Pragia)
      29. 變形桿菌屬(Proteus) （註：或譯作“變形菌屬”，此處把“變形菌”一詞留給Proteobacteria）
      30. 普羅維登斯菌屬(Providencia)
      31. (Rahnella)
      32. (Raoultella)
      33. 糖桿菌屬(Saccharobacter)
      34. 沙門氏菌屬(Salmonella)
      35. (Samsonia)
      36. 沙雷氏菌屬(Serratia)
      37. 志賀氏菌屬(Shigella)
      38. (Sodalis)
      39. (Tatumella)
      40. (Thorsellia)
      41. (Trabulsiella)
      42. (Wigglesworthia)
      43. 致病桿菌屬(Xenorhabdus)
      44. 耶爾辛氏菌屬(Yersinia) （包含鼠疫桿菌）
      45. (Yokenella)
7. 軍團菌目(Legionellales)
   1. 柯克斯體科(Coxiellaceae)
      1. (Aquicella)
      2. 柯克斯體屬(Coxiella)
      3. 立克次小體屬(Rickettsiella)
   2. 軍團菌科(Legionellaceae)
      1. (Fluoribacter)
      2. 軍團菌屬(Legionella)
      3. (Sarcobium)
      4. (Tatlockia)
8. 甲基球菌目(Methylococcales)
   1. 甲基球菌科(Methylococcaceae)
      1. 甲基桿菌屬(Methylobacter)
      2. 甲基暖菌屬(Methylocaldum)
      3. 甲基球菌屬(Methylococcus)
      4. 甲基鹽菌屬(Methylohalobius)
      5. 甲基微菌屬(Methylomicrobium)
      6. 甲基單胞菌屬(Methylomonas)
      7. 甲基八疊球菌屬(Methylosarcina)
      8. 甲基球形菌屬(Methylosphaera)
      9. 甲基熱菌屬(Methylothermus)
9. 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
   1. 食烷菌科(Alcanivoracaceae)
      1. 食烷菌屬(Alcanivorax)
      2. (Fundibacter)
      3. 姜氏菌属(Kangiella)
   2. 河氏菌科(Hahellaceae)
      1. 河氏菌屬(Hahella)
      2. (Halospina)
      3. (Zooshikella)
   3. 鹽單胞菌科(Halomonadaceae)
      1. (Carnimonas)
      2. 色鹽桿菌屬(Chromohalobacter)
      3. (Cobetia)
      4. (Deleya)
      5. 鹽單胞菌屬(Halomonas)
      6. (Halovibrio)
      7. (Salicola)
      8. (Volcaniella)
      9. 發酵桿菌屬(Zymobacter)
   4. 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
      1. 巴氏髮菌屬(Balneatrix)
      2. 海單胞菌屬(Marinomonas)
      3. 海螺菌屬(Marinospirillum)
      4. (Neptunomonas)
      5. (Nitrincola)
      6. 海洋桿菌屬(Oceanobacter)
      7. 海洋螺菌屬(Oceanospirillum)
      8. 油螺旋菌屬(Oleispira)
      9. 假螺菌屬(Pseudospirillum)
      10. (Reinekea)
      11. (Thalassolituus)
   5. 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
      1. 嗜油菌屬(Oleiphilus)
   6. 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
      1. 糖螺菌屬(Saccharospirillum)
10. 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
    1. 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
       1. 放線桿菌屬(Actinobacillus)
       2. (Aggregatibacter)
       3. (Avibacterium)
       4. (Bibersteinia)
       5. (Gallibacterium)
       6. 嗜血菌屬(Haemophilus)
       7. (Histophilus)
       8. (Lonepinella)
       9. (Mannheimia)
       10. (Nicoletella)
       11. 巴斯德氏菌屬(Pasteurella)
       12. (Phocoenobacter)
       13. (Volucribacter)
11. 假單胞菌目(Pseudomonadales)
    1. 莫拉菌科(Moraxellaceae)
       1. 不動桿菌屬(Acinetobacter)
       2. (Alkanindiges)
       3. 布蘭漢氏菌(Branhamella)
       4. (Enhydrobacter)
       5. 莫拉菌屬(Moraxella)
       6. 冷桿菌屬(Psychrobacter)
    2. 假單胞菌科(Pseudomonadaceae)
       1. (Azomonas)
       2. (Azomonotrichon)
       3. (Azotobacter)
       4. 纖維弧菌屬(Cellvibrio)
       5. (Chryseomonas)
       6. (Flavimonas)
       7. (Mesophilobacter)
       8. 假單胞菌屬(Pseudomonas)
       9. 根瘤桿菌屬(Rhizobacter)
       10. 皺紋單胞菌屬(Rugamonas)
       11. 蛇形菌屬(Serpens)
12. 鹹水球形菌目(Salinisphaerales)
    1. 鹹水球形菌科(Salinisphaeraceae)
       1. 鹹水球形菌屬(Salinisphaera)
13. 硫髮菌目(Thiotrichales)
    1. (Francisellaceae)
       1. (Francisella)
    2. 魚立克次體科(Piscirickettsiaceae)
       1. (Cycloclasticus)
       2. (Hydrogenovibrio)
       3. (Methylophaga)
       4. 魚立克次體屬(Piscirickettsia)
       5. (Sulfurivirga)
       6. (Thioalkalimicrobium)
       7. (Thiomicrospira)
    3. 硫髮菌科(Thiotrichaceae)
       1. 無色菌屬(Achromatium)
       2. 貝扎托菌屬(Beggiatoa)
       3. 亮髮菌屬(Leucothrix)
       4. 硫桿菌屬(Thiobacterium)
       5. 硫珠菌屬(Thiomargarita)
       6. 硫辮菌屬(Thioploca)
       7. 硫螺旋菌屬(Thiospira)
       8. 硫髮菌屬(Thiothrix)
14. 弧菌目(Vibrionales)
    1. 弧菌科(Vibrionaceae)
       1. 異單胞菌屬(Allomonas)
       2. (Beneckea)
       3. 鏈狀球菌屬(Catenococcus)
       4. 腸弧菌屬(Enterovibrio)
       5. (Grimontia)
       6. (Listonella)
       7. (Lucibacterium)
       8. 發光桿菌屬(Photobacterium)
       9. (Salinivibrio)
       10. 弧菌屬(Vibrio)
15. 黃色單胞菌目(Xanthomonadales)
    1. 黃色單胞菌科(Xanthomonadaceae)
       1. 水單胞菌屬(Aquimonas)
       2. (Dokdonella)
       3. (Dyella)
       4. (Frateuria)
       5. (Fulvimonas)
       6. (Hydrocarboniphaga)
       7. (Ignatzschineria)
       8. (Luteimonas)
       9. (Lysobacter)
       10. (Nevskia)
       11. 假黃色單胞菌屬(Pseudoxanthomonas)
       12. (Rhodanobacter)
       13. (Stenotrophomonas)
       14. 熱單胞菌屬(Thermomonas)
       15. 黃色單胞菌屬(Xanthomonas)
       16. (Xylella)
16. 目未定
    1. 鹼單胞菌屬(Alkalimonas)
    2. (Bowmanella)
    3. 聚集桿菌屬(Congregibacter)*
    4. (Sedimenticola)

螺旋體門(Spirochaetes)

螺旋體綱(Spirochaetes)

1. 螺旋體目(Spirochaetales)
   1. 短螺旋體科(Brachyspiraceae)
      1. 小蛇菌屬(Serpulina)
      2. 短螺旋體屬(Brachyspira)
   2. 鈎端螺旋體科(Leptospiraceae)
      1. 纖線菌屬(Leptonema)
      2. 鈎端螺旋體屬(Leptospira)
      3. (Turneriella)
   3. 螺旋體科(Spirochaetaceae)
      1. 疏螺旋體屬(Borrelia)
      2. (Brevinema)
      3. (Clevelandina)
      4. (Cristispira)
      5. (Diplocalyx)
      6. (Hollandina)
      7. (Pillotina)
      8. 螺旋體屬(Spirochaeta)
      9. 密螺旋體屬(Treponema)

柔膜菌門(Tenericutes)

柔膜菌綱(Mollicutes)

1. 無膽甾原體目(Acholeplasmatales)
   1. 無膽甾原體科(Acholeplasmataceae)
      1. 無膽甾原體屬(Acholeplasma)
      2. 植原體屬(Phytoplasma)*
2. 厭氧原體目(Anaeroplasmatales)
   1. 厭氧原體科(Anaeroplasmataceae)
      1. 厭氧原體屬(Anaeroplasma)
      2. 無甾醇原體屬(Asteroleplasma)
3. 蟲原體目(Entomoplasmatales)
   1. 蟲原體科(Entomoplasmataceae)
      1. 蟲原體屬(Entomoplasma)
      2. 中間原體屬(Mesoplasma)
   2. 螺原體科(Spiroplasmataceae)
      1. 螺原體屬(Spiroplasma)
4. 支原體目(Mycoplasmatales)
   1. 支原體科(Mycoplasmataceae)
      1. (Allobaculum)
      2. (Eperythrozoon)
      3. (Haemobartonella)
      4. 支原體屬(Mycoplasma)
      5. 脲原體屬(Ureaplasma)
5. 目未定
   1. 丹毒絲菌科(Erysipelothrichaceae)
      1. (Bulleidia)
      2. 丹毒絲菌屬(Erysipelothrix)
      3. (Holdemania)
      4. (Solobacterium)

熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)

熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)

1. 熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales)
   1. 熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
      1. (Thermodesulfatator)
      2. 熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)

熱微菌門(Thermomicrobia)

熱微菌綱(Thermomicrobia)

1. 熱微菌目(Thermomicrobiales)
   1. 熱微菌科(Thermomicrobiaceae)
      1. 熱微菌屬(Thermomicrobium)

熱袍菌門(Thermotogae)

熱袍菌綱(Thermotogae)

1. 熱袍菌目(Thermotogales)
   1. 熱袍菌科(Thermotogaceae)
      1. (Fervidobacterium)
      2. (Geotoga)
      3. (Marinitoga)
      4. (Petrotoga)
      5. (Thermosipho)
      6. 熱袍菌屬(Thermotoga)

疣微菌門(Verrucomicrobia)

豐祐菌綱(Opitutae)

（註：正確形式似應爲Opituti）

1. 豐祐菌目(Opitutales)
   1. 豐祐菌科(Opitutaceae)
      1. 豐祐菌屬(Opitutus)
      2. 交替球菌屬(Alterococcus)
2. 紫紅球菌目(Puniceicoccales)
   1. 紫紅球菌科(Puniceicoccaceae)
      1. 紫紅球菌屬(Puniceicoccus)

疣微菌綱(Verrucomicrobiae)

1. 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
   1. 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
      1. (Akkermansia)
      2. 突柄桿菌屬(Prosthecobacter)
      3. (Rubritalea)
      4. 疣微菌屬(Verrucomicrobium)
   2. (Xiphinematobacteraceae)*
      1. (Xiphinematobacter)*

門未定

纖線桿菌綱(Ktedonobacteria)

1. 纖線桿菌目(Ktedonobacterales)
   1. 纖線桿菌科(Ktedonobacteraceae)
      1. 纖線桿菌屬(Ktedonobacter)