Die Quelle des Secklisbachs liegt am Bannalppass auf etwa 2070mü.M. Der Bach fliesst zunächst als Bannalpbach westlich durch Büelenboden, wo er auf 1960mü.M. einen kleinen Nebenbach von rechts aufnimmt, sowie weitere 100m darauf einen anderen von links auf 1940mü.M. Er fliesst dann weitere 500m talwärts zwischen Büelenboden und Rossboden. Vor Metzggaden nimmt er auf 1800mü.M. Zwei weitere Bäche von links sowie einen von rechts auf. Weitere 500m später erreicht er Urnerstaffel auf 1700mü.M., wo er kurz darauf nochmals einen Bach von links aufnimmt. Er fliesst dann weitere 500m und erreicht dann auf 1587mü.M. den Bannalpsee. Nach dem See fliesst der Bach etwa 700m durch waldides Gebiet talwärts in Richtung Nordwest und nimmt schliesslich auf 1140mü.M. den Firnhüttbach von links kommend auf. Nun fliesst der Bach weiter nordwärts, wo er nach etwa 600m sumpfiges Gebiet erreicht. Er nimmt dort innerhalb von 200m zwei Zuflüsse von links sowie den Sinsgäubach von rechts auf. Er ist nun bei Fellboden auf 880mü.M. Hier ändert der Bach seinen Namen und wird zum Secklisbach. Er fliesst fortan Richtung Nordwest, vorbei an den Weilern Unterfell,Fell und 600m später Oberrickenbach, wo er von links kommend aus weiterhin sumpfigem Gebiet zwei kleinere Bäche aufnimmt und von rechts kommend den Haldibach. Hier ist er nun auf 850mü.M. und folgt weiterhin dem sumpfigen Gebiet auf der linken Seite. Er nimmt auf den folgenden 800m zwei weitere Bäche von links kommend auf sowie von rechts kommend einen oberirdisch und einen unterirdisch. Bei Kappelistutz bildet er auf 794mü.M. einen kleinen Weiher. Danach verlässt er das sumpfige Gebiet und fliesst in den waldigen Schüpfentobel, wo er nach 400m einen kleinen Bach von rechts kommend auf 650mü.M. und 600mü.M. aufnimmt. Er fliesst dann weitere 500m durch einen waldigen Tobel und erreicht schliesslich die Ebene der Engelberger Aa auf 540mü.M. Hier fliesst er die letzten 500m durch Kulturland, um schliesslich bei Schwybogen517mü.M. von rechts in die Engelberger Aa zu münden.