855 schenkten Appo und seine Gemahlin dem Kloster Fulda ihr Eigentum in „Rodahusun“ im Gau Grabfeld. Der Ortsname bedeutet „bei den Häusern auf der Rodung“. 1181 übergaben die Brüder Hermann und Wicker von Rothausen „villam Rodenhusen“ in den Besitz des Klosters Bildhausen. Bischof Heinrich trennte 1194 den Ort von der Pfarrei Mellrichstadt und erhob ihn zur Pfarrei.
1594/99 erhielten durch einen Rezess die sächsischen Herzöge die peinliche Gerichtsbarkeit in Rothausen, während die Vogtei-Gerichtsbarkeit dem Kloster Bildhausen vorbehalten blieb. Das Hochstift Würzburg wiederum erhielt das Recht, Steuern zu erheben. Noch heute erinnert eine sehenswerte Gerichtslinde auf dem Dorfplatz an diese vergangenen Zeiten.
Seit 1633 gehörte Rothausen wieder zu Sachsen-Coburg-Eisenach. 1628 sollte die Gegenreformation gewaltsam durchgeführt werden. Ein bischöflicher Kommissar rückte mit 50 Reitern und 1300 Mann Fußvolk an. Nach nur wenigen Jahren setzte sich aber die evangelische Konfession wieder durch.
Ab 1640 gehörte Rothausen zu Sachsen-Altenburg. 1656 wurde dem Haus Sachsen nach langem Rechtsstreit mit dem Kloster Bildhausen das Patronatsrecht in Rothausen zugestanden. Nachdem das Haus Sachsen-Altenburg ausgestorben war, gehörte Rothausen ab 1672 zu Sachsen-Gotha-Altenburg und ab 1680 zu Sachsen-Römhild. Nach dem Tod des Herzogs von Sachsen-Römhild wurde das Amt Römhild im Jahr 1710 aufgeteilt unter Sachsen-Coburg-Saalfeld (1⁄3) und Sachsen-Meiningen (2⁄3).
Der Ort war seit 1194 Sitz einer katholischen Pfarrei.
1560 wurde die Reformation eingeführt und Gollmuthhausen der Pfarrei angegliedert. Andreas May war 1560 der erste evangelische Pfarrer in der Gemeinde. Er wurde vom Herzog von Sachsen eingesetzt. Die 1628 erfolgte gewaltsame Gegenreformation setzte sich in den Folgejahren nicht durch. 1658 wurde eine neue Kirche errichtet, Turm und Chor sind dagegen spätmittelalterlich, vermutlich aus dem 15. Jahrhundert.
Rothausen wurde 1845 Sitz eines protestantischen Dekanats, welcher 1947 nach Bad Neustadt an der Saale verlegt wurde. Die evangelische Gemeinde im Ort gehört heute zur Pfarrei Irmelshausen.
Die Katholiken des Ortes gehören zur Pfarrei Heilig Kreuz im neun Kilometer entfernten Herbstadt.[5] Deren Filialkirche St. Laurentius befindet sich in Ottelmannshausen, siebeneinhalb Kilometer von Rothausen entfernt.[6]
