Přeskočit na obsah

Klasifikace virů

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
(přesměrováno z Realm)

Klasifikace virů je vzhledem k rozmanitosti a proměnlivosti virů problematičtější než klasifikace buněčných organismů. Proto existuje více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z roku 1948. Aplikovala linnéovskou biologickou nomenklaturu a členila viry na fágy (napadají bakterie), fytofágy (napadají rostliny) a zoofágy (napadají živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidy apod. K takovým klasifikačním systémům patří například hierarchická klasifikace LHT z roku 1962, dnes již zastaralá a nepoužívaná.

Aktuální snahou tvůrců biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží podrobný, každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

V současnosti se stále používá také zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, takzvaná Baltimorova klasifikace z roku 1971. V některých aspektech je však již neslučitelná s moderní fylogenetickou klasifikací ICTV.

Vzhledem k tomu, že není známo příliš mnoho typů subvirových činitelů (viroidy, satelitní viry včetně virofágů, satelitní nukleové kyseliny včetně virusoidů, viriformy[pozn. 1]), dlouho pro ně neexistoval odpovídající systém a byly klasifikovány pouze podle nosiče genetické informace, případně její velikosti. Výjimkou byl klasifikační systém viroidů podle Florese (Ricardo Flores, 1947–2020) z roku 1998,[2] revidovaný Dienerem (Theodor Otto Diener, 1921–2023) v roce 2001,[3] používající čeledi a rody. Později byl včleněn do systému ICTV, do kterého jsou od roku 2015 zahrnuty i vybrané satelitní viry (včetně virofágů) a satelitní nukleové kyseliny, a od roku 2021 též explicitně uváděné viriformy (dříve klasifikované jako viry).[1]

Systém ICTV

[editovat | editovat zdroj]
Základní taxonomické úrovně pro klasifikaci virů dle Mezinárodního kódu pro klasifikaci a nomenklaturu virů (ICVCN)[1]

Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) klasifikuje jednotlivé druhy virů podobně jako buněčné organismy do říší, kmenů (případně i podkmenů), tříd, řádů (podřádů), čeledí (podčeledí) a rodů (podrodů). Nejvyšším taxonem, nadřazeným říším, je realm[pozn. 2]. Systém ICTV důsledně používá metagenomický přístup.[9][4] Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka.

Standardními příponami v taxonomii jsou:[1]

  • u virů (včetně satelitních virů a retrotranspozonů)
    • pro realm: -viria
    • pro říši: -virae
    • pro kmen: -viricota
    • pro podkmen: -virales
    • pro třídu: -viricetes
    • pro řád: -virales
    • pro podřád: -virineae
    • pro čeleď: -viridae
    • pro podčeleď: -virinae
    • pro rod a podrod: -virus;
  • u viroidů:
    • pro čeleď: -viroidae
    • pro rod: -viroid;
  • u viriforem:
    • pro čeleď: -viriformidae
    • pro rod: -viriform;
  • u satelitních nukleových kyselin:
    • pro čeleď: -satellitidae
    • pro podčeleď: -satellitinae
    • pro rod: -satellite.

Virologická nomenklatura dlouho neměla předepsáno binomiální názvosloví pro druhy. Diskuse o jeho potřebnosti s cílem odstranit nejednotný přístup (názvy virových druhů byly tvořeny mnoha různými způsoby, vedoucími k výsledným jednoslovným až šestislovným názvům)[10] vedly ke změně názvoslovného kódu, který od března 2021 pro nově navrhovaná druhová jména požaduje dvouslovné pojmenování s tím, že první jméno je totožné s pojmenováním rodu.[1] Postupné přejmenování bylo v taxonomuii ICTV dokončeno ve vydání z r. 2024.[11]

Podle názvoslovného kódu ICTV se názvy všech vyšších taxonů píší stejně jako jména druhů kurzívou s velkým počátečním písmenem.[1]

Aktuální klasifikace byla přijata v srpnu 2024 a ratifikována v březnu 2025. Viry (druhy uznané ICTV) jsou systematicky kategorizovány do 7 realmů; vedle nich jedna třída, 25 čeledí a dva rody zůstávají nezařazeny.[12][13][14]

Klasifikace virů dle ICTV zahrnuje také viroidy (nezařazené čeledi Avsunviroidae a Pospiviroidae), vybrané virofágy (třída Maveriviricetes realmu Varidnaviria) a jiné satelitní viry (např. v čeledi Parvoviridae realmu Monodnaviria, čeledích Tombusviridae a Virgaviridae a nezařazených rodech Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Virtovirus realmu Riboviria, nebo čeledi Kolmioviridae realmu Ribozyviria[pozn. 3]), retrotranspozony (čeledi Metaviridae a Pseudoviridae z řádu Ortervirales), viriformy (nezařazené čeledi Bartogtaviriformidae, Brachygtaviriformidae, Polydnaviriformidae, Rhodogtaviriformidae) a satelitní nukleové kyseliny (nezařazené čeledi Alphasatellitidae a Tolecusatellitidae). Z nově objevených (20. léta 21. století) viroidům podobných entit s kruhově uspořádaným genomem jsou v systému ICTV zařazeny na houbách hostující ambiviry[15][16] (kmen Ambiviricota realmu Riboviria), ale dosud není definován taxon pro zařazení ucelené fylogenetické skupiny tzv. obelisků (popsaných teprve v r. 2024).[pozn. 4]

V následujícím přehledu (do úrovně rodů) jsou navíc pro úplnost uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou „(neuznaný/á)“. Návrh plyne z uvedené reference (zpravidla vědeckého periodika nebo webové složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání[20]). Taxony stejné úrovně jsou v rámci jednoho „rodičovského“ taxonu řazeny v souladu s ICTV dle anglické abecedy.[pozn. 5]

Adnaviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Adnaviria

Duplodnaviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Duplodnaviria

Monodnaviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Monodnaviria

Riboviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Riboviria[pozn. 9]

Ribozyviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Ribozyviria

Singelaviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Singelaviria[pozn. 14]

Varidnaviria

[editovat | editovat zdroj]

Realm: Varidnaviria

Nezařazené do realmů

[editovat | editovat zdroj]

Baltimorova klasifikace

[editovat | editovat zdroj]
Baltimorova klasifikace virů je založena na způsobu syntézy virové mRNA podle virového genomu
Podrobnější informace naleznete v článku Baltimorova klasifikace.

Baltimorova klasifikace je systém klasifikace virů do sedmi skupin podle typu genetického materiálu, který je obsažen ve virových částicích, a způsobu jeho přepisu do virové mRNA. Klasifikaci poprvé navrhl v roce 1971 David Baltimore, pozdější nositel Nobelovy ceny za fyziologii nebo lékařství.[85] V jeho původním návrhu bylo šest skupin virů (I.–VI.), sedmá skupina byla vytvořena pro později objevenou skupinu hepadnavirů s unikátně stavěným genomem. Systém umožňuje zjednodušit si nesmírně komplikované a rozmanité typy forem a životních cyklů, jimiž viry oplývají,[86] ale protože není hierarchicky strukturovaný, na skutečnou systematiku tisíců známých virů již nestačí. Vzhledem k definici skupin nemůže přesně začlenit viroidy a jim podobné entity s kruhově uspořádaným genomem (ambiviry, obelisky), v tradičním pojetí nezahrnuje ani retrotranspozony a satelitní nukleové kyseliny (pojetí ICTV tyto tři skupiny mezi viry řadí a taxonomicky je klasifikuje).

Jedná se tak o jednoduché, jednoúrovňové, dosud běžně používané třídění, které dříve (do r. 2019, kdy byl vytvořen první realm – Riboviria, zahrnující skupiny III.–V.) bylo možno až na drobné výjimky nadřadit systému ICTV. To ale neznamená, že se u skupin Baltimorovy klasifikace jedná o fylogeneticky přirozené taxony;[pozn. 20] ani jejich vymezení podle genomu nemusí být úplně přesné vzhledem k podřazeným nižším taxonům ICTV.[pozn. 21][pozn. 22][pozn. 23] To je důvod, proč Baltimorova klasifikace postupně zastarává.

  • Skupina I.: dsDNA viry, tedy viry s dvouvláknovou DNA
    Patří sem:
    • realm: Adnaviria
    • realm: Duplodnaviria
    • realm: Singelaviria
    • realm: Varidnaviria
    • říše: Trapavirae (realm Monodnaviria), kromě kmene Saleviricota/čeleď Pleolipoviridae
    • třída: Papovaviricetes (realm Monodnaviria)
    • a dále:
      • nezařazená třída: Naldaviricetes
      • nezařazená čeleď: Ampullaviridae
      • nezařazená čeleď: Bartogtaviriformidae
      • nezařazená čeleď: Bicaudaviridae
      • nezařazená čeleď: Brachygtaviriformidae
      • nezařazená čeleď: Clavaviridae
      • nezařazená čeleď: Eurekaviridae
      • nezařazená čeleď: Fuselloviridae
      • nezařazená čeleď: Globuloviridae
      • nezařazená čeleď: Guttaviridae
      • nezařazená čeleď: Halspiviridae
      • nezařazená čeleď: Huangdiviridae
      • nezařazená čeleď: Itzamnaviridae
      • nezařazená čeleď: Nipumfusiviridae
      • nezařazená čeleď: Ovaliviridae
      • nezařazená čeleď: Plasmaviridae
      • nezařazená čeleď: Polydnaviriformidae
      • nezařazená čeleď: Portogloboviridae
      • nezařazená čeleď: Rhodogtaviriformidae
      • nezařazená čeleď: Thaspiviridae
      • nezařazené rody: Dinodnavirus, Rhizidiovirus
  • Skupina II.: ssDNA viry, tedy viry s jednovláknovou DNA přepisovanou do mRNA totožné polarity
    Patří sem:
    • většina realmu Monodnaviria, jmenovitě:
      • říše: Loebvirae
      • říše: Sangervirae
      • říše: Shotokuvirae kromě třídy Papovaviricetes
      • kmen Saleviricota/čeleď Pleolipoviridae[pozn. 21]
    • a dále:
      • čeleď: Polymycoviridae (realm Riboviria)
      • nezařazená čeleď: Obscuriviridae
      • nezařazená čeleď: Spiraviridae
      • nezařazený rod: Tornovirus (neuznaný)
    Ačkoli oficiální Baltimorova klasifikace nezahrnuje satelitní nukleové kyseliny, z hlediska genomu by se ke skupině II. mohly přiřadit i
  • nezařazená čeleď: Alphasatellitidae a
  • nezařazená čeleď: Tolecusatellitidae.
  • Skupina III.: dsRNA viry, tedy viry s dvouvláknovou RNA
    Patří sem následující taxony z realmu Riboviria:
    • kmen: Duplornaviricota
    • čeleď: Amalgaviridae
    • čeleď: Birnaviridae
    • čeleď: Curvulaviridae
    • čeleď: Partitiviridae
    • čeleď: Picobirnaviridae
    • čeleď: Polymycoviridae
    • rod: Botybirnavirus
  • Skupina IV.: ssRNA viry s pozitivní polaritou, tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA totožné polarity
    Patří sem následující taxony z realmu Riboviria:
    • kmen: Kitrinoviricota
    • kmen: Lenarviricota
    • třída: Pisoniviricetes
    • třída: Stelpaviricetes
    • řád: Yadokarivirales
    • čeleď: Fusariviridae[pozn. 24]
    • čeleď: Hadakaviridae
    • čeleď: Hypoviridae[pozn. 24]
    • čeleď: Permutotetraviridae
    • čeleď: Sarthroviridae
    • rody: Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Virtovirus
  • Skupina VI.: ssRNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s jednovláknovou RNA reverzně přepisovanou do DNA
    Patří sem:
    • část kmene Artverviricota (realm Riboviria), jmenovitě:
      • čeleď Belpaoviridae
      • čeleď Caulimoviridae
    Ačkoli oficiální Baltimorova klasifikace nezahrnuje retrotranspozony, z hlediska genomu by se ke skupině VI. mohly přiřadit i:
    • čeleď: Metaviridae
    • čeleď: Retroviridae
  • Skupina VII.: dsDNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s dvouvláknovou (částečně i jednovláknovou) DNA nejprve přepisovanou do RNA a následně reverzně přepisovanou do DNA
    Patří sem:
    • druhá část kmene Artverviricota (realm Riboviria), jmenovitě:
      • čeleď Hepadnaviridae
      • čeleď Caulimoviridae
  • Mimo skupiny (viry s kruhovou RNA)
    Patří sem:
    • realm: Ribozyviria
    • kmen: Ambiviricota (realm Riboviria)
    • a dále viroidy a viroidům podobné subvirové částice
      • nezařazená čeleď Avsunviroidae
      • nezařazená čeleď Pospiviroidae
      • a dosud v systému ICTV neklasifikované obelisky, retroviroidy a retrozymy.

Systém LHT

[editovat | editovat zdroj]
Na tuto kapitolu je přesměrováno heslo LHT.

Systém navrhli v roce 1962 André Lwoff, R. W. Horne a P. Tournier. K zařazení druhů využili standardní taxony kmen, podkmen, třída, řád, podřád, čeleď, podčeleď a rod. Kritériem sdružování byly společně sdílené vlastnosti, nikoli napadané organismy. Pět hlavních charakteristik používaných ke klasifikaci bylo:

  • druh nukleové kyseliny genomu (DNA, RNA)
  • symetrie kapsidy (šroubovice, dvacetistěn, složitý tvar)
  • přítomnost či nepřítomnost obálky
  • rozměry virionu a kapsidy
  • počet kapsomer.

Ve stejném roce byla klasifikace schválena Prozatímním výborem pro nomenklaturu virů (Provisional Committee on Nomenclature of Virus – PNVC) Mezinárodní asociace mikrobiologických společností (International Association of Microbiological Societies – IAMS).

V dnešní době se již systém LHT nepoužívá, ale názvy některých taxonů přetrvávají v systému ICTV. Do úrovně čeledí vypadal následovně:[91]

  • Kmen Vira (rozdělen na 2 podkmeny)
    • Podkmen Deoxyvira (DNA viry)
      • Třída Deoxybinala (duální symetrie)
        • Řád Urovirales
          • Čeleď Phagoviridae
      • Třída Deoxyhelica (helikální symetrie – šroubovice)
        • Řád Chitovirales
          • Čeleď Poxviridae
      • Třída Deoxycubica (kubická symetrie – mnohostěn)
        • Řád Peplovirales
          • Čeleď Herpesviridae (162 kapsomer)
        • Řád Haplovirales (bez obálky)
          • Čeleď Iridoviridae (812 kapsomer)
          • Čeleď Adenoviridae (252 kapsomer)
          • Čeleď Papiloviridae (72 kapsomer)
          • Čeleď Paroviridae (32 kapsomer)
          • Čeleď Microviridae (12 kapsomer)
    • Podkmen Ribovira (RNA viry)
      • Třída Ribocubica (kubická symetrie – mnohostěn)
        • Řád Togovirales
          • Čeleď Arboviridae
        • Řád Lymovirales
          • Čeleď Napoviridae
          • Čeleď Reoviridae
      • Třída Ribohelica (helikální symetrie – šroubovice)
        • Řád Sagovirales
          • Čeleď Stomataviridae
          • Čeleď Paramyxoviridae
          • Čeleď Myxoviridae
        • Řád Rhabdovirales
          • Podřád Flexiviridales
            • Čeleď Mesoviridae
            • Čeleď Peptoviridae
          • Podřád Rigidovirales
            • Čeleď Pachyviridae
            • Čeleď Protoviridae
            • Čeleď Polichoviridae

Poznámky

[editovat | editovat zdroj]
  1. ↑ Viriformy jsou operativně definovány jako typ přenosných genetických prvků (MGE, z angl. mobile genetic element) odvozených z viru, které byly jejich organickými (buněčnými) hostiteli exapovány, aby plnily funkce důležité pro životní cyklus hostitele, včetně těch přenosných genetických elementů, které jsou v průběhu evoluce od takových entit odvozeny.[1]
  2. ↑ Český ekvivalent anglického realm není dosud ustálen. Někdy se překládá jako doména[4], tou je však zpravidla míněn taxon, anglicky zvaný domain. Takto míněná doména je však ve vztahu k virům používána výjimečně a nemá jednoznačné vymezení: buď zahrnuje všechny viry, nebo se používá jen na skupinu velkých jaderně-cytoplazmatických DNA virů (NCLDV), pro které jedna z hypotéz předpokládá, že jsou reliktem samostatné linie, tzv. čtvrté domény buněčných organismů, které svou stavbou připomínají a jejichž redukcí vznikly.[5][6][7] Vzájemné vztahy NCLDV a buněčných organismů jsou však komplexnější.[8] I sám ICTV ve svém „Prohlášení o shodě“ na hierarchii nových úrovních taxonomie virů[9] uvádí, že nejvyšší taxon je pojmenován realm, na rozdíl od domény v jiných taxonomiích, aby byl reflektován komplexní vzájemný vztah taxonomie virů vzhledem k jejich protějškům u buněčných organismů.
  3. ↑ Zvláštní realm Ribozyviria byl vzhledem k odlišnosti stavby virionu i virovému genomu vytvořen pro dlouho známý rod Deltavirus s kruhovou ssRNA, tradičně pojmenovaný a klasifikovaný jako virus, i když jde o satelitní virus a tedy v některých systémech řazený jako subvirová částice, a jemu podobné nově popsané rody satelitních virů
  4. ↑ Jako obelisky se označují viroidům podobné entity kolonizujících bakterie lidského zažívacího traktu, představující neobalené genomy s kruhovou RNA, která je větší a na rozdíl od viroidů obsahuje i sekvence kódující proteiny dosud neznámé rodiny („obliny“), některé z nich i se signaturou ribozymů replikačního mechanismu podobného viroidům, nikoli však proteiny pro virový obal.[17][18][19]
  5. ↑ tedy nikoli dle české abecedy (jména začínající ch jsou řazena mezi jmény začínajícími c mezi cg a ci) ani dle alfabety (např. jména začínající gamma nenásledují po beta, ale jsou řazena až po delta, epsilon a eta)
  6. ↑ Většina nezařazených podčeledí a rodů byla dříve řazena do řádu Caudovirales, čeledí Myoviridae, Podoviridae a Siphoviridae, dnes již zrušených.[21]
  7. ↑ Do třídy Caudoviricetes pravděpodobně náleží i nově objevené nekultivované archeální viry (dosud neuznané jako rody) Fenrir a Sköll (infikují Lokiarchaeota), Ratatoskr a Nidhogg (infikují Helarchaeota) a Vedfolnir (infikuje Thorarchaeota).[22]
  8. ↑ Dříve navrhováno zařazení do řádu Geplafuvirales, neuznané čeledi Naminiviridae[25]
  9. ↑ Metagenomické analýzy odhalily mnoho nových fylogeneticky odlišných linií, které neodpovídají stávajícím klasifikačním schématům; lze proto očekávat vytváření nejen nových taxonů na úrovni čeledí a rodů, ale i možné hlubší změny v obsahu vyšších taxonů a topologii jejich fylogenetických stromů[27][28][29]
  10. ↑ Předpokládaná významnost zastoupení v oceánech byla významně snížena, což může vyústit v ponížení taxonomické úrovně a zrušení navrhovaného kmene.[32]
  11. ↑ Vzhledem k výraznější odlišnosti, představující mezipolohu mezi říšemi Orthornavirae and Pararnavirae, může tento kmen představovat skupinu nové, dosud nepopsané samostatné říše RNA virů.[29]
  12. ↑ Průkaznost je zatím nedostatečná pro uznání jako nového kmene; možná bude začleněno jako součást nového kmene společného i pro neuznaný kmen Wamoviricota, nebo jako součást rozšířeného kmene Kitrinoviricota.[32]
  13. ↑ Průkaznost je zatím nedostatečná pro uznání jako nového kmene. Většina spadá do Duplornaviricota; zbytek možná bude začleněn jako součást nového kmene společného i pro neuznaný kmen Paraxenoviricota, nebo jako součást rozšířeného kmene Kitrinoviricota.[32]
  14. ↑ Vznikl pro zařazení říše Helvetiavirae po jejím vyčlenění z realmu Varidnaviria kvůli rozdílnému evolučnímu původu.[39]
  15. ↑ Dříve používané názvy pro skupinu téhož vymezení: „NCLDV group“, „Megavirales“ (před zavedením taxonů vyšších než řád, proto s příponou řádu)[7][49][50][51]
  16. ↑ Metagenomické analýzy odhalily mnoho nových kladů na úrovni podčeledí či rodů, dosud neuznaných jako samostatné taxony[52]
  17. ↑ Dříve používaný název pro skupinu téhož vymezení: „superklad MAPI“[8]
  18. ↑ Metagenomické analýzy odhalily mnoho nových kladů na úrovni rodů, dosud neuznaných jako samostatné taxony[82]
  19. ↑ a b Čeleď Polydnaviriformidae, dříve nazývaná Polydnaviridae, a čeledi třídy Naldaviricetes (Baculoviridae, Hytrosaviridae, Nimoviridae a Nudiviridae) sdílejí část genů s viry kmene Nucleocytoviricota (realm Varidnaviria), což může naznačovat jejich společnou příslušnost k vyššímu, dosud nezavedenému taxonu.[83] [84]
  20. ↑ Např. III. skupina (dsRNA viry) je považována za polyfyletickou, k ní patřící čeleď Amalgaviridae dokonce s velkou pravděpodobností vznikla rekombinací RNA virů dvou různých skupin Baltimorovy klasifikace.[87]
  21. ↑ a b Viry z čeleď Pleolipoviridae, řazené tradičně do skupiny II, tedy ssDNA virů, mohou mít ve skutečnosti genom různého druhu; Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1 (HHPV-1) typu má např. kruhovou dsDNA, His2 virus lineární dsDNA, Halorunbrum pleomorphic virus 3 (HRPV-3) a Halogeometricum pleomorphic virus 1 (HGPV-1) mají v dsDNA úseky ssDNA.[88]
  22. ↑ a b Viry z rodů Coguvirus, Entovirus, Lentinuvirus, Orthotospovirus, Reptarenavirus, jakož i některé viry z rodu Antennavirus, Bandavirus, Hartmanivirus, Mammarenavirus, Phlebovirus, Rubodvirus, Tenuivirus a Uukuvirus obsahují ve svém genomu vedle ssRNA s negativní polaritou i ssRNA s pozitivní polaritou, ale tradičně i podle fylogenetické příbuznosti se řadí do Baltimorovy skupiny V.[90][13]
  23. ↑ Do řádu Ortervilales spadá vedle Baltimorovy skupiny VI. i čeleď Caulimoviridae ze skupiny VII.
  24. ↑ a b Viry z čeledí Fusariviridae a Hypoviridae vytvářejí ve svém životním cyklu i dsRNA a nejsou tak typickými představiteli skupiny IV. Baltimorovy klasifikace. Označují se jako „ssRNA viry s životním stylem dsRNA“[89]

Odkazy

[editovat | editovat zdroj]

Reference

[editovat | editovat zdroj]
  1. ↑ a b c d e f The International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN). Odstavce 3.2, 3.3, 3.22, 3.24, 3.25, 3.26. ICTV, březen 2025. Dostupné online (anglicky)
  2. ↑ FLORES, R.; RANDLES, J. W.; BAR-JOSEPH, M., DIENER, T. O. A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. S. 623–629. Arch Virol. [online]. 1998. Svazek 143, s. 623–629. (anglicky) 
  3. ↑ DIENER, T. O. The viroid: biological oddity or evolutionary fossil?. S. 137–184. Adv Virus Res. [online]. 2001. Svazek 57, s. 137–184. (anglicky) 
  4. ↑ a b FORSTOVÁ, Jitka; FRAIBERK, Martin. Diverzita virů. S. 212–215. Živa [online]. Academia, 17. říjen 2019. Roč. 2019, čís. 5, s. 212–215. Dostupné online. ISSN 0044-4812. 
  5. ↑ BOYER, Mickaël; MADOUI, Mohammed-Amine; GIMENEZ, Gregory, Bernard La Scola, Didier Raoult. Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses. E15530. PLoS One [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2011-05-03]. Svazek 5, čís. 12. Dostupné online. PDF [1]. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0015530. (anglicky) 
  6. ↑ COLSON, Philippe; GIMENEZ, Gregory; BOYER, Mickaël, Ghislain Fournous, Didier Raoult. The Giant Cafeteria roenbergensis Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life. E18935. PLoS One [online]. 29. duben 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 4. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0018935. (anglicky) 
  7. ↑ a b COLSON, Philippe; LAMBALLERIE, Xavier de; FOURNOUS, Ghislain; RAOULT, Didier. Reclassification of Giant Viruses Composing a Fourth Domain of Life in the New Order Megavirales. S. 321–332. Intervirology [online]. S. Karger AG, 14. duben 2012. Svazek 55, čís. 5, s. 321–332. Dostupné online. ISSN 1423-0100. doi:10.1159/000336562. PMID 22508375. (anglicky) 
  8. ↑ a b GUGLIELMINI, Julien; WOO, Anthony C.; KRUPOVIC, Mart; FORTERRE, Patrick; GAIA, Morgan. Diversification of giant and large eukaryotic dsDNA viruses predated the origin of modern eukaryotes. S. 19 585 – 19 592. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. National Academy of Sciences, 10. září 2019. Svazek 116, čís. 39, s. 19 585 – 19 592. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. preprint [4]. ISSN 1091-6490. doi:10.1073/pnas.1912006116. PMID 31506349. (anglicky) 
  9. ↑ a b GORBALENYA, Alexander E.; KRUPOVIC, Mart; MUSHEGIAN, Arcady, et al . (International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee). The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks. S. 668–674. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 27. duben 2020. Svazek 5, čís. 5, s. 668–674. Dostupné online. Dostupné také na: [5]. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/s41564-020-0709-x. (anglicky) 
  10. ↑ SIDDELL, Stuart G.; WALKER, Peter J.; LEFKOWITZ, Elliot J., et al . Binomial nomenclature for virus species: a consultation. S. 519–525. Archives of Virology [online]. Springer Nature Switzerland AG, 3. prosinec 2019. Svazek 165, čís. 2, s. 519–525. Dostupné online. Dostupné také na: [6]. ISSN 1432-8798. doi:10.1007/s00705-019-04477-6. PMID 31797129. (anglicky) 
  11. ↑ ICTV Master Species List 2024 (MSL40.v1). Verze 1, 3. březen 2025. Dostupné online (anglicky)
  12. ↑ International Committee on Taxonomy of Viruses, Virus Taxonomy: 2024 Release. Dostupné online (anglicky)
  13. ↑ a b ICTV Master Species List 2024 (MSL40). Verze 2, 19. srpen 2025. Dostupné online (anglicky)
  14. ↑ MAYNE, Richard; SIMMONDS, Peter; SMITH, Donald B.; ADRIAENSSENS, Evelien M.; LEFKOWITZ, Elliot J.; OKSANEN, Hanna M.; ZERBINI, Francisco Murilo. Virus taxonomy proposal summaries: a searchable and citable resource to disseminate virus taxonomy advances: This article is part of the ICTV Virus Taxonomy Summaries collection. . Journal of General Virology [online]. Microbiology Society, 2025-07-25. Roč. 106, čís. 7. ISSN 1465-2099. doi:10.1099/jgv.0.002079. PMID 40711816. (anglicky) 
  15. ↑ SUTELA, Suvi; FORGIA, Marco; VAINIO, Eeva J; CHIAPELLO, Marco; DAGHINO, Stefania; VALLINO, Marta; MARTINO, Elena. The virome from a collection of endomycorrhizal fungi reveals new viral taxa with unprecedented genome organization. Virus Evolution [online]. 2020-07-01 [cit. 2024-05-02]. Roč. 6, čís. 2. Dostupné online. doi:10.1093/ve/veaa076. PMID 33324490. (anglicky) 
  16. ↑ CHONG, Li Chuin; LAUBER, Chris. Viroid-like RNA-dependent RNA polymerase-encoding ambiviruses are abundant in complex fungi. Frontiers in Microbiology [online]. 2023-05-12 [cit. 2024-05-02]. Roč. 14. Dostupné online. doi:10.3389/fmicb.2023.1144003. PMID 37275138. (anglicky) 
  17. ↑ ZHELUDEV, Ivan N.; EDGAR, Robert C.; LOPEZ-GALIANO, Maria Jose; DE LA PEÑA, Marcos; BABAIAN, Artem; BHATT, Ami S.; FIRE, Andrew Z. Viroid-like colonists of human microbiomes. S. 6521–6536.e18. Cell [online]. Cell Press, 2024-10-30 [cit. 2024-01-29]. Svazek 187, čís. 23, s. 6521–6536.e18. Dostupné online. preprint v1 (bioRχiv) [7]. ISSN 1097-4172. doi:10.1016/j.cell.2024.09.033. PMID 39481381. (anglicky) 
  18. ↑ PENNISI, Elizabeth. ‘It’s insane’: New viruslike entities found in human gut microbes. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 2024-01-26 [cit. 2024-01-29]. Online před tiskem. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.znxt3dk. (anglicky) 
  19. ↑ MIHULKA, Stanislav. Podivuhodné RNA obelisky představují novou úroveň organismů. O.S.E.L. [online]. 2024-01-28 [cit. 2024-01-29]. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  20. ↑ International Committee on Taxonomy of Viruses, Pending Proposals Dostupné online (anglicky)
  21. ↑ Adriaenssens E. M. et al.: Taxonomy Proposal 2021.001B.R.abolish_Caudovirales, říjen 2020. Dostupné online Archivováno 28. 3. 2022 na Wayback Machine. v souboru ICTV Approved Proposals: Bacterial Viruses Archivováno 28. 3. 2022 na Wayback Machine.
  22. ↑ RAMBO, Ian M.; LANGWIG, Marguerite V.; LEÃO, Pedro; ANDA, Valerie de; BAKER, Brett J. Genomes of six viruses that infect Asgard archaea from deep-sea sediments. S. 953–961. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 27. červen 2022 [cit. 2022-07-01]. Svazek 7, čís. 7, s. 953–961. Dostupné online. preprint [8]. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/s41564-022-01150-8. PMID 35760837. (anglicky) 
  23. ↑ ADRIAENSSENS, Evelien M.; EDWARDS, Rob; NASH, John H. E., MAHADEVAN, Padmanabhan; SETO, Donald; ACKERMANN, Hans-Wolfgang; LAVIGNE, Rob; KROPINSKI, Andrew M. Integration of genomic and proteomic analyses in the classification of the Siphoviridae family. S. 144–154. Virology [online]. 14. listopad 2014. Svazek 477, s. 144–154. Dostupné online. ISSN 0042-6822. doi:10.1016/j.virol.2014.10.016. PMID 25466308. (anglicky) 
  24. ↑ NG, Terry Fei Fan; MANIRE, Charles; BORROWMAN, Kelly, LANGER, Tammy; EHRHART, Llewellyn; BREITBART, Mya. Discovery of a Novel Single-Stranded DNA Virus from a Sea Turtle Fibropapilloma by Using Viral Metagenomics. S. 2500–2509. Journal of Virology [online]. 30. prosinec 2008 [cit. 2020-05-11]. Svazek 83, čís. 6, s. 2500–2509. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-06-23. Dostupné také na: [9]. Dále dostupné na: [10]. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/JVI.01946-08. PMID 19116258. (anglicky) 
  25. ↑ GRONENBORN, Bruno; RANDLES, John W.; KNIERIM, Dennis; BARRIÈRE, Quentin; VETTEN, H. Josef; WARTHMANN, Norman; CORNU, David. Scientific Reports [online]. Macmillan Publishers Limited, 9. duben 2018. Svazek 8: 5698. Dostupné online. ISSN 2045-2322. doi:10.1038/s41598-018-23739-y. (anglicky) 
  26. ↑ POOJARI, Sudarsana; ALABI, Olufemi J.; FOFANOV, Viacheslav Y., NAIDU, Rayapati A. A Leafhopper-Transmissible DNA Virus with Novel Evolutionary Lineage in the Family Geminiviridae Implicated in Grapevine Redleaf Disease by Next-Generation Sequencing. S. 1–17. PLoS ONE [online]. 5. červen 2013. Svazek 8, čís. 6: e64194, s. 1–17. Dostupné online. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0064194. (anglicky) 
  27. ↑ SHI, Mang; LIN, Xian-Dan; TIAN, Jun-Hua; CHEN, Liang-Jun; CHEN, Xiao; LI, Ci-Xiu; QIN, Xin-Cheng, LI, Jun; CAO, Jian-Ping; EDEN, John-Sebastian; BUCHMANN, Jan; WANG, Wen; XU, Jianguo; HOLMES, Edward C.; ZHANG, Yong-Zhen. Redefining the invertebrate RNA virosphere. Nature [online]. 23. listopad 2016 [cit. 2016-12-07]. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/nature20167. PMID 27880757. (anglicky) 
  28. ↑ a b c d ZAYED, Ahmed A.; SULLIVAN, Matthew, et al. (Tara Oceans Consortium). Cryptic and abundant marine viruses at the evolutionary origins of Earth's RNA virome. S. 156–162. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 2022-04-7 [cit. 2022-04-11]. Svazek 376, čís. 6589, s. 156–162. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.abm5847. PMID 35389782. (anglicky) 
  29. ↑ a b c URAYAMA, Syun-ichi; FUKUDOME, Akihito; HIRAI, Miho; OKUMURA, Tomoyo; NISHIMURA, Yosuke; TAKAKI, Yoshihiro; KUROSAWA, Norio. Double-stranded RNA sequencing reveals distinct riboviruses associated with thermoacidophilic bacteria from hot springs in Japan. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 2024-01-17 [cit. 2024-01-29]. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/s41564-023-01579-5. (anglicky) 
  30. ↑ a b c RETTNER, Rachael. Thousands of new viruses discovered in the ocean. Live Science [online]. Future US Inc., 2022-04-10 [cit. 2022-04-11]. Dostupné online. (anglicky) 
  31. ↑ a b c KARLÍK, Tomáš. Vědci našli v oceánech přes pět tisíc druhů neznámých virů. Některé obsahují prastaré geny. Věda – ČT24 [online]. Česká televize, 2022-04-11 [cit. 2022-04-11]. Dostupné online. 
  32. ↑ a b c EDGAR, Robert. Known phyla dominate the Tara Oceans RNA virome. Virus Evolution [online]. Oxford University Press, 2023-11-15 [cit. 2024-08-13]. Roč. 9, čís. 2. Dostupné online. ISSN 2057-1577. doi:10.1093/ve/vead063. PMID 38028147. (anglicky) 
  33. ↑ University of Tsukuba. Discovery of a third RNA virus lineage in extreme environments. Phys.Org [online]. 2024-01-26 [cit. 2024-01-29]. Dostupné online. (anglicky) 
  34. ↑ SABANADZOVIC, Sead; ABOUGHANEM-SABANADZOVIC, Nina; TURINA, Massimo; SUZUKI, Nobuhiro; KRUPOVIC, Mart. “Tobaliviridae”, a new family of filamentous mycoviruses in the order Martellivirales. Archives of Virology [online]. Springer Nature, 2026-02. Roč. 171, čís. 2: 50. ISSN 1432-8798. doi:10.1007/s00705-025-06500-5. PMID 41518554. (anglicky) 
  35. ↑ GRYBCHUK, Danyil; AKOPYANTS, Natalia S.; KOSTYGOV, Alexei Y.; KONOVALOVAS, Aleksandras; LYE, Lon-Fye; DOBSON, Deborah E.; ZANGGER, Haroun, FASEL, Nicolas; BUTENKO, Anzhelika; FROLOV, Alexander O.; VOTÝPKA, Jan; d’AVILA-LEVY, Claudia M.; KULICH, Pavel; MORAVCOVÁ, Jana; PLEVKA, Pavel; ROGOZIN, Igor B.; SERVA, Saulius; LUKEŠ, Julius; BEVERLEY, Stephen M.; YURCHENKO, Vyacheslav. Viral discovery and diversity in trypanosomatid protozoa with a focus on relatives of the human parasite Leishmania. S. E506-E515. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 28. prosinec 2017. Svazek 115, čís. 3, s. E506-E515. Dostupné online. PDF [11]. Dále dostupné na: [12]. ISSN 1091-6490. doi:10.1073/pnas.1717806115. PMID 29284754. (anglicky) 
  36. ↑ kar (ČTK). Ostrava má svůj virus. Podle vědců se OstraVirus nepodobá žádnému jinému na Zemi. Kapitola Všda. ČT24.cz [online]. Česká televize, 4. duben 2018. Dostupné online. 
  37. ↑ a b LAUBER, Chris; SEITZ, Stefan; MATTEI, Simone; SUH, Alexander; BECK, Jürgen; HERSTEIN, Jennifer; BÖROLD, Jacob, SALZBURGER, Walter; KADERALI, Lars; BARTENSCHLAGER, Ralf; BRIGGS, John A. G. Deciphering the Origin and Evolution of Hepatitis B Viruses by Means of a Family of Non-enveloped Fish Viruses. S. 387–399.e6. Cell Host & Microbe [online]. Cell Press, Elsevier Inc., 31. srpen 2017. Svazek 22, čís. 3, s. 387–399.e6. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN 1931-3128. doi:10.1016/j.chom.2017.07.019. PMID 28867387. (anglicky) 
  38. ↑ BUIGUES, Jaime; VIÑALS, Adrià; MARTÍNEZ-RECIO, Raquel; MONRÓS, Juan S.; CUEVAS, José M.; SANJUÁN, Rafael. A new clade of pararetroviruses distantly related to hepadnaviruses and nackednaviruses. bioRχiv [online]. 2024-08-04 [cit. 2025-03-20]. Preprint, verze1. Dostupné online. doi:10.1101/2024.08.02.606351. (anglicky) 
  39. ↑ ICTV Taxonomy Proposal 2024.010D.Varidnaviria_reorg, ratifikovaný v únoru 2025. Dostupné online
  40. ↑ a b MEDVEDEVA, Sofia; SUN, Jiarui; YUTIN, Natalya; KOONIN, Eugene V.; NUNOURA, Takuro; RINKE, Christian; KRUPOVIC, Mart. S. 962–973. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 27. červen 2022 [cit. 2022-07-01]. Svazek 7, čís. 7, s. 962–973. Dostupné online. náhled [14]. preprint [15]. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/s41564-022-01144-6. PMID 35760839. (anglicky) 
  41. ↑ KAUFFMAN, Kathryn M.; HUSSAIN, Fatima A.; YANG, Joy; AREVALO, Philip; BROWN, Julia M.; CHANG, William K.; VANINSBERGHE, David, ELSHERBINI, Joseph; SHARMA, Radhey S.; CUTLER, Michael B.; KELLY, Libusha; POLZ, Martin F. A major lineage of non-tailed dsDNA viruses as unrecognized killers of marine bacteria. Kapitola Letters. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, 24. leden 2018. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/nature25474. (anglicky) 
  42. ↑ IGNACIO-ESPINOZA, Julio Cesar; FUHRMAN, Jed A. A non-tailed twist in the viral tale. S. 38–39. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, 24. leden 2018. Svazek 554, čís. 7690, s. 38–39. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. Dále dostupné na: [17]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/d41586-018-00923-8. PMID 29388959. (anglicky) 
  43. ↑ MIHULKA, Stanislav. Nově objevené viry jsou lstiví zabijáci bakterií. OSEL.cz [online]. 27. leden 2018. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  44. ↑ ERAZO-GARCIA, Maria P.; SHEYN, Uri; BARTH, Zachary K.; CRAIG, Rory J.; WESSMAN, Petronella; JIVAJI, Abdeali M.; RAY, W. Keith. Cryptic infection of a giant virus in a unicellular green alga. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 2025-05-15 [cit. 2025-06-10]. Roč. 388, čís. 6748. Dostupné online. ISSN 1095-9203. doi:10.1126/science.ads6303. PMID 40208960. (anglicky) 
  45. ↑ a b GAÏA, Morgan; MENG, Lingjie; PELLETIER, Eric; FORTERRE, Patrick; VANNI, Chiara; FERNANDEZ-GUERRA, Antonio; JAILLON, Olivier. Mirusviruses link herpesviruses to giant viruses. S. 783–789. Nature [online]. 2023-04-27 [cit. 2023-06-13]. Roč. 616, čís. 7958, s. 783–789. Dostupné online. Dostupné také na: [18]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-023-05962-4. PMID 37076623. (anglicky) 
  46. ↑ a b YIRKA, Bob. New types of viruses discovered that infect plankton in the world's oceans. Phys.Org [online]. Science X Network, 2023-04-21 [cit. 2023-06-13]. Dostupné online. (anglicky) 
  47. ↑ a b CNRS. New viruses related to both giant viruses and herpesviruses. CNRS Press Area [online]. 2023-04-19 [cit. 2023-06-13]. Dostupné online. (anglicky) 
  48. ↑ a b GAÏA, Morgan; MENG, Lingjie; PELLETIER, Eric; FORTERRE, Patrick; VANNI, Chiara; FERNANDEZ-GUERRA, Antonio; JAILLON, Olivier. Plankton-infecting relatives of herpesviruses clarify the evolutionary trajectory of giant viruses. bioRχiv [online]. 2022-10-29 [cit. 2025-03-20]. Preprint, verze 3. Dostupné online. doi:10.1101/2021.12.27.474232. (anglicky) 
  49. ↑ COLSON, Philippe, a kol. “Megavirales”, a proposed new order for eukaryotic nucleocytoplasmic large DNA viruses. S. 2517–2521. Archives of Virology [online]. 29. červen 2013. Svazek 158, čís. 12, s. 2517–2521. Dostupné online. ISSN 1432-8798. doi:10.1007/s00705-013-1768-6. PMID 23812617. (anglicky) 
  50. ↑ FISCHER, Matthias G. Giant viruses come of age. S. 50–57. Current Opinion in Microbiology [online]. 19. březen 2016. Svazek 31, s. 50–57. Dostupné online. ISSN 1369-5274. doi:10.1016/j.mib.2016.03.001. (anglicky) 
  51. ↑ HALARY, S.; TEMMAM, S.; RAOULT, D.; DESNUES, C. Viral metagenomics: are we missing the giants?. S. 34–43. Current Opinion in Microbiology [online]. 19. březen 2016. Svazek 31, s. 34–43. Dostupné online. ISSN 1369-5274. doi:10.1016/j.mib.2016.01.005. (anglicky) 
  52. ↑ SCHULZ, Frederik; ROUX, Simon; PAEZ-ESPINO, David, et al . Giant virus diversity and host interactions through global metagenomics. S. 432–436. Nature [online]. Springer Nature Limited, 22. leden 2020. Svazek 578, čís. 7795, s. 432–436. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/s41586-020-1957-x. (anglicky) 
  53. ↑ ROLLAND, Clara; ANDREANI, Julien; SAHMI-BOUNSIAR, Dehia; KRUPOVIC, Mart; LA SCOLA, Bernard; LEVASSEUR, Anthony. Clandestinovirus: A Giant Virus With Chromatin Proteins and a Potential to Manipulate the Cell Cycle of Its Host Vermamoeba vermiformis. Frontiers in Microbiology [online]. Frontiers Research Foundation, 2021-08-10 [cit. 2026-01-19]. Roč. 12: 715608. Dostupné online. ISSN 1664-302X. doi:10.3389/fmicb.2021.715608. PMID 34447361. (anglicky) 
  54. ↑ BAE, Jiwan; HATORI, Narumi; BURTON-SMITH, Raymond N.; MURATA, Kazuyoshi; TAKEMURA, Masaharu. A newly isolated giant virus, ushikuvirus, is closely related to clandestinovirus and shows a unique capsid surface structure and host cell interactions. Journal of Virology [online]. American Society for Microbiology in ASM Journals, 2025-12-23 [cit. 2026-01-19]. Roč. 99, čís. 12. Dostupné online. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/jvi.01206-25. PMID 41277844. (anglicky) 
  55. ↑ a b YOSHIKAWA, Genki; BLANC-MATHIEU, Romain; SONG, Chihong; KAYAMA, Yoko; MOCHIZUKI, Tomohiro; MURATA, Kazuyoshi; OGATA, Hiroyuki, TAKEMURA, Masaharu. Medusavirus, a novel large DNA virus discovered from hot spring water. Journal of Virology [online]. American Society for Microbiology, 6. únor 2019 [cit. 2019-02-26]. Svazek 93, čís. 8: e02130-18. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2019-02-27. Dostupné také na: [20]. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/JVI.02130-18. PMID 30728258. (anglicky) 
  56. ↑ MIHULKA, Stanislav. Veliký Medusavirus promění bezbranné améby v kámen. OSEL.cz [online]. 25. únor 2019. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  57. ↑ LEGENDRE, Matthieu; LARTIGUE, Audrey; BERTAUX, Lionel; JEUDY, Sandra; BARTOLI, Julia; LESCOT, Magali; ALEMPIC, Jean-Marie, RAMUS, Claire; BRULEY, Christophe; LABADIE, Karine; SHMAKOVA, Lyubov; RIVKINA, Elizaveta; COUTÉ, Yohann; ABERGEL, Chantal; CLAVERIE, Jean-Michel. In-depth study of Mollivirus sibericum, a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba. S. E5327–E5335. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 8. září 2015. Svazek 112, čís. 38, s. E5327–E5335. Dostupné online. ISSN 1091-6490. doi:10.1073/pnas.1510795112. PMID 26351664. (anglicky) 
  58. ↑ a b YUTIN, Natalya; KOONIN, Eugene V. Pandoraviruses are highly derived phycodnaviruses. S. 1–8. Biology Direct [online]. 23. říjen 2013. Svazek 8, čís. 25, s. 1–8. Dostupné online. PDF [21]. doi:10.1186/1745-6150-8-25. (anglicky) 
  59. ↑ a b PHILIPPE, Nadège, et al. Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes. S. 281–286. Science [online]. 19. červenec 2013. Svazek 341, čís. 6143, s. 281–286. Dostupné online. ISSN 1095-9203. doi:10.1126/science.1239181. (anglicky) 
  60. ↑ a b MIHULKA, Stanislav: Mimiviry jsou out, teď vládnou pandoraviry! O.S.E.L., 20. červenec 2013. Dostupné online
  61. ↑ VIEIRA, Helena H; BULZU, Paul-Adrian; KASALICKÝ, Vojtěch; HABER, Markus; ZNACHOR, Petr; PIWOSZ, Kasia; GHAI, Rohit. Isolation of a widespread giant virus implicated in cryptophyte bloom collapse. The ISME Journal [online]. Oxford University Press, 2024-01-08 [cit. 2024-12-02]. Roč. 18, čís. 1: :wrae029. Dostupné online. ISSN 1751-7370. doi:10.1093/ismejo/wrae029. PMID 38401169. (anglicky) 
  62. ↑ Biologické centrum AV ČR. Českobudějovičtí vědci objevili nový obří virus v římovské nádrži. Napadá sladkovodní řasy a dostal jméno Budvirus. Novinky [online]. 2024-11-20 [cit. 2024-12-02]. Dostupné online. 
  63. ↑ a b c d e SCHULZ, Frederik; YUTIN, Natalya; IVANOVA, Natalia N.; ORTEGA, Davi R.; LEE, Tae Kwon; VIERHEILIG, Julia; DAIMS, Holger, HORN, Matthias; WAGNER, Michael; JENSEN, Grant J.; KYRPIDES, Nikos C.; KOONIN, Eugene V.; WOYKE, Tanja. Giant viruses with an expanded complement of translation system components. S. 82–85. Science [online]. 7. duben 2017. Svazek 356, čís. 6333, s. 82–85. Dostupné online. ISSN 1095-9203. doi:10.1126/science.aal4657. PMID 28386012. (anglicky) 
  64. ↑ ARTHOFER, Patrick; PANHÖLZL, Florian; DELAFONT, Vincent; HAY, Alban; REIPERT, Siegfried; CYRAN, Norbert; WIENKOOP, Stefanie. A giant virus infecting the amoeboflagellate Naegleria. Nature Communications [online]. 2024-04-24. Roč. 15, čís. 1. Dostupné online. Dostupné také na: [22]. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-024-47308-2. PMID 38658525. (anglicky) 
  65. ↑ ARSLAN, Defne, et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. S. 17486–17491. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 18. říjen 2011. Svazek 108, čís. 42, s. 17486–17491. Dostupné online. ISSN 1091-6490. doi:10.1073/pnas.1110889108. (anglicky) 
  66. ↑ DESNUES, Christelle; LA SCOLA, Bernard; YUTIN, Natalya, FOURNOUS, Ghislain; ROBERT, Catherine; AZZA, Saïd; JARDOT, Priscilla; MONTEIL, Sonia; CAMPOCASSO, Angélique; KOONIN, Eugene V.; RAOULT, Didier. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 15. říjen 2012. Online před tiskem. Dostupné online. doi:10.1073/pnas.1208835109. (anglicky) 
  67. ↑ a b RODRIGUES, Rodrigo Araújo Lima; MOUGARI, Said; COLSON, Phillipe; LA SCOLA, Bernard; ABRAHÃO, Jônatas Santos. “ Tupanvirus”, a new genus in the family Mimiviridae. S. 325–331. Archives of Virology [online]. Springer Nature Switzerland AG, 5. říjen 2018. Svazek 164, čís. 1, s. 325–331. Dostupné online. Dostupné také na: [23]. ISSN 1432-8798. doi:10.1007/s00705-018-4067-4. PMID 30291500. (anglicky) 
  68. ↑ YOOSUF, Niyaz, et al. Related Giant Viruses in Distant Locations and Different Habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage. S. 1324–1330. Genome Biol. Evol. [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 4, čís. 12, s. 1324–1330. Dostupné online. ISSN 1759-6653. doi:10.1093/gbe/evs109. (anglicky) 
  69. ↑ ABRAHÃO, Jônatas; SILVA, Lorena; SANTOS SILVA, Ludmila; KHALIL, Jacques Yaacoub Bou; RODRIGUES, Rodrigo; ARANTES, Thalita; ASSIS, Felipe, BORATTO, Paulo; ANDRADE, Miguel; GEESSIEN KROON, Erna; RIBEIRO, Bergmann; BERGIER, Ivan; SELIGMANN, Herve; GHIGO, Eric; COLSON, Philippe; LEVASSEUR, Anthony KROEMER, ; Guido; RAOULT, Didier; La SCOLA, Bernard. Tailed giant Tupanvirus possesses the most complete translational apparatus of the known virosphere. Nature Communications [online]. Macmillan Publishers Limited, 27. únor 2018. Svazek 9: 749. Dostupné online. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-018-03168-1. (anglicky) 
  70. ↑ ALMEIDA, Gabriel Magno de Freitas; ARRIAGA, Iker; DE AZEVEDO, Bruna Luiza; LEPPÄNEN, Miika; ABRAHÃO, Jonatas S; ANDREANI, Julien; ZABEO, Davide. Genomic and structural insights into Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland. eLife [online]. 2025-03-25 [cit. 2025-04-23]. Roč. 13. Dostupné online. doi:10.7554/eLife.103492.3. (anglicky) 
  71. ↑ ANDREANI, Julien; KHALIL, Jacques Y. B.; BAPTISTE, Emeline; HASNI, Issam; MICHELLE, Caroline; RAOULT, Didier; LEVASSEUR, Anthony. Orpheovirus IHUMI-LCC2: A New Virus among the Giant Viruses. Frontiers in Microbiology [online]. Frontiers Media SA, 22. leden 2018. Roč. 8: 2643. Dostupné online. Dostupné také na: [24]. Dále dostupné na: [25]. ISSN 1664-302X. doi:10.3389/fmicb.2017.02643. PMID 29403444. (anglicky) 
  72. ↑ a b LEGENDRE, Matthieu; BARTOLI, Julia; SHMAKOVA, Lyubov, JEUDY, Sandra; LABADIE, Karine; ADRAIT, Annie; LESCOT, Magali; POIROT, Olivier; BERTAUX, Lionel; BRULEY, Christophe; COUTÉ, Yohann; RIVKINA, Elizaveta; ABERGEL, Chantal; CLAVERIE, Jean-Michel. Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 3. březen 2014. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 1091-6490. doi:10.1073/pnas.1320670111. (anglicky) 
  73. ↑ YONG, Ed. Giant virus resurrected from 30,000-year-old ice. Nature News [online]. 3. březen 2014. Dostupné online. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/nature.2014.14801. (anglicky) 
  74. ↑ Vědci oživili 30 tisíc let starý virus z ledu. Týden [online]. 4. březen 2014. Dostupné online. 
  75. ↑ ANDREANI, Julien; AHERFI, Sarah; KHALIL, Jacques Yaacoub Bou; DI PINTO, Fabrizio; BITAM, Idir; RAOULT, Didier; COLSON, Philippe, La SCOLA, Bernard. Cedratvirus, a Double-Cork Structured Giant Virus, is a Distant Relative of Pithoviruses. S. 1–11. Viruses [online]. MDPI AG, 3. listopad 2016. Svazek 8, čís. 11: 300, s. 1–11. Dostupné online. Dostupné také na: [26]. ISSN 1999-4915. doi:10.3390/v8110300. PMID 27827884. (anglicky) 
  76. ↑ BORATTO, Paulo V. M.; OLIVEIRA, Graziele P.; MACHADO, Talita B.; ANDRADE, Ana Cláudia S. P.; BAUDOIN, Jean-Pierre; KLOSE, Thomas; SCHULZ, Frederik, CHABRIÈRE, Eric; COLSON, Philippe; LEVASSEUR, Anthony; La SCOLA, Bernard; ABRAHÃO, Jônatas S. A mysterious 80 nm amoeba virus with a near-complete “ORFan genome” challenges the classification of DNA viruses. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 28. leden 2020. Preprint. Dostupné online. Dostupné také na: [27]. doi:10.1101/2020.01.28.923185. (anglicky) 
  77. ↑ a b c d e MENDONÇA-SANTOS, Thiago; ABRAHÃO, Jônatas; DEL-BEM, Luiz-Eduardo. Integrative genomic analyses support the division of the extended Asfarviridae clade into multiple viral families. Journal of Virology [online]. American Society For Microbiology, 2025-12-23 [cit. 2026-01-05]. Roč. 99, čís. 12. Dostupné online. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/jvi.01337-25. PMID 41231018. (anglicky) 
  78. ↑ RETENO, Dorine Gaëlle I.; BENAMAR, Samia; KHALIL, Jacques Bou; ANDREANI, Julien; ARMSTRONG, Nicholas; KLOSE, Thomas; ROSSMANN, Michael, COLSON, Philippe; RAOULT, Didier; La SCOLA, Bernard. Faustovirus, an Asfarvirus-Related New Lineage of Giant Viruses Infecting Amoebae. S. 6585–6594. Journal of Virology [online]. 15. duben 2015 [cit. 2016-12-01]. Svazek 89, čís. 13, s. 6585–6594. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2016-03-20. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/JVI.00115-15. (anglicky) 
  79. ↑ BENAMAR, Samia; RETENO, Dorine Gaëlle I.; BANDALY, Victor; LABAS, Noémie; RAOULT, Didier; LA SCOLA, Bernard. Faustoviruses: Comparative Genomics of New Megavirales Family Members. S. 1–9. Frontiers in Microbiology [online]. 5. únor 2016. Svazek 7, čís. 3, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [28]. doi:10.3389/fmicb.2016.00003. (anglicky) 
  80. ↑ BAJRAI, Leena H.; BENAMAR, Samia; AZHAR, Esam I.; ROBERT, Catherine; LEVASSEUR, Anthony; RAOULT, Didier; LA SCOLA, Bernard. Kaumoebavirus, a New Virus That Clusters with Faustoviruses and Asfarviridae. S. 1–10. Viruses [online]. MDPI AG, 28. říjen 2016. Svazek 8, čís. 11: 278, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [29]. ISSN 1999-4915. doi:10.3390/v8110278. PMID 27801826. (anglicky) 
  81. ↑ ANDREANI, Julien; KHALIL, Jacques Yaacoub Bou; SEVVANA, Madhumati; BENAMAR, Samia; DI PINTO, Fabrizio; BITAM, Idir; COLSON, Philippe, KLOSE, Thomas; ROSSMANN, Michael G.; RAOULT, Didier; La SCOLA, Bernard. Pacmanvirus, a new giant icosahedral virus at the crossroads between Asfarviridae and faustoviruses. S. 1–11. Journal of Virology [online]. American Society for Microbiology, 26. červen 2017 [cit. 2019-02-26]. Svazek 91, čís. 14: e00212-17, s. 1–11. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2019-02-27. Dostupné také na: [30]. ISSN 1098-5514. doi:10.1128/JVI.00212-17. PMID 28446673. (anglicky) 
  82. ↑ PAEZ-ESPINO, David; ZHOU, Jinglie; ROUX, Simon, et al . Diversity, evolution, and classification of virophages uncovered through global metagenomics. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, 10. prosinec 2019. Svazek 7, čís. 1: 157. Dostupné online. Dostupné také na: [31]. ISSN 2049-2618. doi:10.1186/s40168-019-0768-5. PMID 31823797. (anglicky) 
  83. ↑ KOONIN, Eugene V.; YUTIN, Natalya. Chapter Five - Evolution of the Large Nucleocytoplasmic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism. S. 167–202. Advances in Virus Research [online]. Elsevier Inc., 2018-11-10. Svazek 103, s. 167–202. Dostupné online. ISSN 0065-3527. doi:10.1016/bs.aivir.2018.09.002. (anglicky) 
  84. ↑ KOONIN, Eugene V.; DOLJA, Valerian V.; KRUPOVIC, Mart. Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity. S. 2–25. Virology [online]. Elsevier Inc., 2015-03-12. Svazek 479–480, s. 2–25. Dostupné online. ISSN 0042-6822. doi:10.1016/j.virol.2015.02.039. (anglicky) 
  85. ↑ BALTIMORE, D. Expression of animal virus genomes. Bacteriol Rev.. 1971, roč. 35, čís. 3, s. 235–41. Dostupné online. ISSN 0005-3678. 
  86. ↑ RACANIELLO, Vincent. Simplifying virus classification: The Baltimore system [online]. Virology Blog, 2009. Dostupné online. 
  87. ↑ KRUPOVIC, Mart; DOLJA, Valerian V.; KOONIN, Eugene V. Plant viruses of the Amalgaviridae family evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes. S. 1–7. Biology Direct [online]. 29. březen 2015. Svazek 10, čís. 12, s. 1–7. Dostupné online. PDF [32]. doi:10.1186/s13062-015-0047-8. (anglicky) 
  88. ↑ BAMFORD, Dennis H.; PIETILÄ, Maija K.; ROINE, Elina; ATANASOVA, Nina S.; DIENSTBIER, Ana; OKSANEN, Hanna M., a ICTV Report Consortium. The Online (10th) Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses [online]. 10. vyd. 2017-09-20, rev. 2017-09-21. Kapitola Pleolipoviridae. (anglicky) 
  89. ↑ Turina M. et al.: Taxonomy Proposal 2021.001F.R.Fusariviridae_1newfam, říjen 2020. Dostupné online Archivováno 28. 3. 2022 na Wayback Machine. v souboru ICTV Approved Proposals: Fungal and Protist Viruses
  90. ↑ Bunyaviridae Study Group: Create a new order, Bunyavirales, to accommodate nine families (eight new, one renamed) comprising thirteen genera. Proposal to ICTV, Nr. 2016.030a-vM, 2016. Dostupné online Archivováno 2. 12. 2016 na Wayback Machine. (anglicky)
  91. ↑ LWOFF, André; HORNE, R. W.; TOURNIER, P. A system of viruses. S. 51–55. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. [online]. 1962. Svazek 27, s. 51–55. PMID 13931895. (anglicky) 

Literatura

[editovat | editovat zdroj]

Související články

[editovat | editovat zdroj]

Externí odkazy

[editovat | editovat zdroj]
Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Klasifikace_virů&oldid=25606067#realm“