Pautzfeld, ein durch die Landwirtschaft geprägter Ort, gehörte seit dem 14. Jahrhundert zum Herrschaftsbereich des Bischofs von Bamberg. Dies wird durch den geminderten Bamberger Löwen im Wappen deutlich. Ein Hinweis auf die Landwirtschaft ist die Egge in der unteren Schildhälfte. Zur Darstellung der bereits seit 1370 nachgewiesenen Pfarrei mit dem Marienpatrozinium wurden die beiden Sterne als Mariensinnbilder gewählt.
Der Gemeindeteil Pautzfeld liegt im südöstlichen Teil der Großgemeinde Hallerndorf am Rhein-Main-Donau-Kanal. Erstmals urkundlich erwähnt wurde es 1129 als „Butesfeld“.
Einst stand in Pautzfeld ein Schloss, das die Ritter von Stiebar erbaut hatten. Dieses wurde im Bauernkrieg 1525 zerstört, der genaue Standort kann nicht mehr bestimmt werden. Der Dreißigjährige Krieg setzte auch Pautzfeld schwer zu. Ein Chronist schrieb, dass in Franken 1631/1632 die Schweden wie die Raubtiere hausten. Dem Krieg folgte 1634 die Pest, die zahllose Opfer forderte. Um die landwirtschaftlichen Flächen in den Jahren danach bestellen zu können, mussten sich zehn und mehr Männer vor den Pflug spannen, da es an Vieh fehlte. Dann begannen die Einwohner mit dem Wiederaufbau.
Bei der Ersterwähnung 1129 gehörte die Ortschaft zur Pfarrei St. Martin Forchheim. Am 2. September 1370 wurde Pautzfeld durch Stiftung einer Messpfründe zur selbständigen Pfarrei erhoben und blieb dies bis zum Dreißigjährigen Krieg (1618–1648). Von da an wurde die Pfarrei bis 1751 von Seußling aus betreut. In diese Zeit fiel auch die Neugestaltung der Kirche.
Am 25. Januar 1657 zerstörte eine riesige Feuersbrunst Pautzfeld. Erst als die Pfarrkirche in der heutigen Form vollendet war, wurde die Pfarrstelle neu besetzt.
Die kleine gotische Wehrkirche wurde 1710/1711 nach Westen vergrößert und barockisiert. Der gotische Chorraum stammt aus dem 14. Jahrhundert und ist der älteste Teil der Kirche.
Im Zweiten Weltkrieg wurden die Glocken aus dem 17. Jahrhundert zum Einschmelzen eingesammelt und in ein Sammellager nach Hamburg gebracht. Am 26. Juli 1947 konnten sie ohne Beschädigungen zurückgeführt werden. Am Tag nach der Rückführung läuteten sie die heimkehrenden Pilger aus Gößweinstein ein.