Der Verein wurde 1934 von einer gemischten Gruppe aus Frauen und Männern gegründet. Der Vereinsname, die zeitgenössische Schreibweise für das Wort misto („gemischt“) geht auf die vielfältigen Interessen der Mitgliedschaft – bspw. neben Sport auch Literatur – und ihrer Zusammensetzung zurück.
Mit 24 gewonnenen Meisterschaften ist der Verein der Rekordtitelträger in Mato Grosso, wenngleich Mixto seit Beginn der 1990er Jahre nurmehr zwei Titel erringen konnte. Am nationalen Meisterschaft Brasiliens hat der MEC zwischen 1976 und 1986 neunmal teilgenommen und konnte dabei 1985 einen ansprechenden 14. Platz erringen, ist danach aber in die unteren Spielklassen abgestiegen. Später, zuletzt 2013, konnte sich der Verein für die Eingangsstufe, d. h. Série C oder später Série D qualifizieren.
Bedeutendster Spieler der Vereinsgeschichte ist José Roque Paes „Traçaia“, der auch als der bedeutendste Spieler von Mato Grosso angesehen wird. Er war 1962 auch einer der beiden ersten Brasilianer die in Österreich spielten und wurde mit FK Austria Wien Vizemeister und Pokalsieger. Eine der Straßen um das Geviert der für die Weltmeisterschaft 2014 erbauten Arena Pantanal wurde nach ihm benannt.
Zu Beginn der Saison 2026 profitierte das Frauenteam von Mixto von der Suspendierung des Fortaleza EC, in dem es auf dessen Aufstiegsplatz der vergangenen zweiten Liga aufrückend doch in die erste brasilianische Liga aufsteigen konnte.[1][2]
