Der Merkenfritzerbach entsteht durch den Zusammenfluss seiner Oberläufe Gänsbach und Mühlbach in Gedern. Manche lassen den Merkenfritzerbach auch schon an der Gänsbach-Quelle beginnen. Er mündet bei Hirzenhain in die Nidder.
Der Merkenfritzerbach ist ein silikatischer Mittelgebirgsbach. Sein Einzugsgebiet umfasst 26,5km², aus denen über ihn im Mittel 135l/s Wasser abfließen (MQ). Zwischen seiner Entstehung in Gedern aus Gänsbach und Mühlbach und seiner Mündung bei Hirzenhain fällt er um 67m. Er ist ein Gewässer III. Ordnung. Seine beiden Quellbäche entspringen beide südlich des Vogelsberges, sein linker (Gänsbach) auf einer Höhe von etwa 475mü.NN und sein rechter (Mühlbach) auf etwa 478mü.NN.