Im Alter von drei Jahren stand Magdalena Egger erstmals, unter Anleitung ihres Vaters, welcher Skilehrer ist, auf Skiern. Nachdem sie bereits im Grundschulalter begann, mit dem Skiclub zu trainieren, folgten Schulwechsel an die Skimittelschule Schruns und im Jahr 2015 an das Skigymnasium Stams.[2][3]
Zu Beginn der Saison 2018/19 gewann sie ihr erstes FIS-Rennen im Slalom am Pass Thurn.[4] Ferner wurde sie Österreichische Jugendmeisterin im Riesenslalom und gewann beim Europäischen Olympischen Jugendfestival drei Medaillen.[5] Nach guten Ergebnissen in FIS-Rennen am Anfang der Saison 2019/20, wurde sie Ende November auch erstmals im Europacup eingesetzt und nachdem sie dort in allen Disziplinen bereits in die Punkte fahren konnte, debütierte Egger überraschend beim traditionsreichen Nachtslalom in Flachau auch im Weltcup.[6]
Die Saison und ihre bisherige Karriere krönte sie bei den Juniorenweltmeisterschaften 2020. Sie gewann zunächst in der Abfahrt, welche sie eigentlich nur aus Trainingsgründen mitfahren wollte, dann den Super-G und später die Kombination, jeweils vor ihrer Teamkollegin Lisa Grill.[7][8] Ihre ersten Punkte im Weltcup sammelte sie mit einem 19.Platz beim ersten Slalom der Saison 2020/21 in Levi. Bei den Juniorenweltmeisterschaften 2021 in Bansko gewann sie die Bronzemedaille im Super-G.
Nach einer längeren Durststrecke mit mäßigen Ergebnissen im Weltcup schaffte es Egger am 12. Dezember 2025 mit dem zweiten Platz in der Abfahrt von St. Moritz hinter der Siegerin Lindsey Vonn erstmals auf ein Weltcup-Podest.[11] Einen Monat später stürzte sie in der Abfahrt von Zauchensee schwer; sie erlitt einen Kreuzbandriss, einen Einriss des Seitenbandes sowie eine Quetschung des Außenmeniskus im rechten Knie, womit sie die Saison vorzeitig beenden musste und auch die Olympischen Spiele verpasste.[12]
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