Die Gründung im Februar 1969 geht auf John Robert Beyster, einen Nuklearphysiker, vormals in Diensten von General Atomics, zurück.[1] Beyster gründete sein Unternehmen in La Jolla (Kalifornien) und erarbeitete einen Businessplan, nach dem Fachleute Ideen entwickelten und diese Ideen an Regierungsstellen verkaufen mussten.[1] 1970 öffnete das SAIC-Büro in Washington, D.C., wo bald mehr Beschäftigte arbeiteten als an irgendeinem anderen Standort.[1] Gleichzeitig warb Beyster hochrangige Militärangehörige, Diplomaten, Spione und Mitglieder des Kabinetts an, um die Führungsriege von SAIC zu formen.[1] Diese Riege sicherte ständigen Kontakt zu den Regierungsstellen, denen die Ideen der Experten verkauft werden sollten.[1] Unter den Mitarbeitern finden sich der spätere Verteidigungsminister der USA, Robert Gates[1], der ehemalige Staatssekretär im Verteidigungsministerium John M. Deutch[1], der Projektleiter in der Entwicklung der Polaris-U-Boote, Konteradmiral William Raborn[1], der NSA- und CIA-Chef Bobby Ray Inman[1], Melvin R. Laird[5] und William Perry[5]. Die Situation wird in der amerikanischen Presse als „Drehtür“ bezeichnet.[1][5] Nach 38 Jahren in der NSA wurde William B. Black 1997 Vizepräsident von SAIC, nur um 2000 wieder eine Position bei der NSA zu übernehmen.[1] Für erfolgreiche Angebote wurden Aktien als Bonus ausgegeben, wodurch auch Personen, die wieder in den Staatsdienst traten, weiterhin Erträge aus den Kontrakten für SAIC erhielten.[1]
Zwei Jahre nach Blacks Rückkehr zur NSA entwickelte SAIC im Auftrag der NSA das Computersystem Trailblazer, eine technische Infrastruktur, mit der die NSA die Telefongespräche, den E-Mail-Verkehr und andere elektronische Kommunikation verwalten sollte, die sie weltweit abhört.[1] Nach vier Jahren und über einer Milliarde US-Dollar wurde das Vorhaben 2005 schließlich aufgegeben[1][6], nachdem das Vorhaben in Folge der Veröffentlichungen des NSA-Whistleblowers Thomas Drake bekannt geworden war und in die Kritik geriet.[7] SAIC übernahm das kurz danach gestartete Nachfolgeprojekt ExecuteLocus, das anstelle von Trailblazer realisiert wurde.[1][7]
Virtual Case Files war ein Projekt von SAIC im Auftrag des FBI, mit dem das FBI beispielsweise Mitschriften von abgehörten Gesprächen, Finanztransaktionen und anderen Fahndungsakten verwalten wollte.[1] Das Projekt wurde nach drei Jahren als der „meist veröffentlichte Softwarefehler in der Geschichte“ abgebrochen.[1]
2003 erzwang der Aufsichtsrat den Rücktritt Beysters, und Kenneth Dahlberg, Topmanager von General Dynamics, übernahm die Leitung des Unternehmens.[1] Im Oktober 2006 ging SAIC schließlich an die Börse.[1]
In 2007 bezeichnen die amerikanischen Journalisten und Pulitzer-Preisträger Donald L. Barlett und James B. Steele SAIC als den größten und mächtigsten „Body Shop“.[1] Body Shop ist die Bezeichnung für Unternehmen, die Regierungsaufgaben übernehmen, die in einer stetig verkleinerten Verwaltung nicht mehr durch Beamte ausgeführt werden können.[1] Anders als private Sicherheits- und Militärunternehmen stellt SAIC aber nicht Kämpfer, sondern übernimmt die Denk- und Wissensaufgaben mit Wissen über Waffen, innere Sicherheit, Überwachung, Computersysteme, Informationsdominanz und Cyberkrieg.[1]
Im Februar 2013 kündigte der Chief Executive Officer, Ex-General John P. Jumper, eine Aufspaltung des Unternehmens an, wobei der Spin-off den Namen SAIC beibehalten solle und der größere Teil unter dem Namen Leidos operieren würde.[8] Der Name Leidos wurde nach Unternehmensangaben aus dem Wort Kaleidoskop herausgelöst, um die Unternehmensfähigkeit auszudrücken, „Lösungen aus verschiedenen Blickwinkeln zu vereinen“.[8] Am 27. September 2013 wurde ein Teil des Geschäfts mit dem Namen Science Applications International Corporation (New SAIC) abgetrennt und als separates Unternehmen am Aktienmarkt platziert.[2] Im Rahmen dieses Spin-offs wurde der Name von SAIC in Leidos geändert.[2] Der Spin-off wird damit begründet, dass Beschränkungen aufgrund der engen Zusammenarbeit mit Behörden diesen Teil des Geschäfts nachteilig beeinflussten.[2]
Ende 2013 bis Anfang 2014 kam es bei Leidos, möglicherweise ausgelöst durch schlechte Unternehmenskennzahlen, zu Rücktritten von Führungspersonal.[9][10] So trat der Leiter der Abteilung Gesundheitsleistungen, Joe Craver, zurück.[9][10] Seine Führungsrolle wurde vorübergehend vom CEO Jumper übernommen und bis zum April 2014 noch nicht neu vergeben.[10] Jumper selbst hatte mit Veröffentlichung des Jahresabschlusses 2013/14 seinen Rücktritt zum nächstmöglichen Zeitpunkt angekündigt.[2][10] Ein möglicher Nachfolger Jumpers, Chief Operating Officer K. Stuart („Stu“) Shea kündigte am 27. März 2014 ebenfalls seinen Rückzug zum 6. April 2014 an.[10]
Jumper wurde im Juli 2014 durch den vormaligen Boeing-Manager Roger Krone abgelöst.[11] Krone hielt sich als CEO bis in den Mai 2023, als er von Thomas Bell abgelöst wurde, der seinen vormaligen Posten als CEO von Rolls-Royce North America verließ.[3]