Lee studierte Koreanisch und Literatur an der Kyungpook-Universität. Nach Abschluss des Studiums 1980 arbeitete er für kurze Zeit als Koreanisch-Lehrer an einem Gymnasium. Ab 1983 machte er sich einen Namen als Schriftsteller. Im Alter von über 40 Jahren wechselte er ins Filmgeschäft. Nach Erfahrungen am Theater etablierte er sich mit den sozialkritischen Drehbüchern zu To the Starry Island (1993) und Ein einziger Funke (1996), die beide von Park Kwang-su verfilmt wurden, in der koreanischen Filmszene.
Sein Regiedebüt veröffentlichte er 1997 mit Green Fish, der unerwartet erfolgreich bei Publikum und Kritikern war. Peppermint Candy (2000), sein zweiter Spielfilm, brachte ihm bereits Auszeichnungen bei Filmfestivals ein. Der internationale Durchbruch kam 2002 mit Oasis, das bei den Filmfestspielen von Venedig preisgekrönt wurde. Die Schauspieler Moon So-ri und Sol Kyung-gu erlangten durch ihre Mitarbeit an Peppermint Candy und Oasis Bekanntheit.
Anmerkung: Bei diesem Artikel wird der Familienname vor den Vornamen der Person gesetzt. Dies ist die übliche Reihenfolge im Koreanischen. Lee ist hier somit der Familienname, Chang-dong ist der Vorname.