Nach seiner Ausbildung war er Berater des Direktors am Materialforschungszentrum der französischen Forschungsorganisation Commissariat à l’énergie atomique (CEA) für das Projekt MEPHISTO, einen Ofen zur Benutzung im Weltraum, der später Teil mehrerer Space-Shuttle-Missionen war.[1]
Im September 1985 wurde Favier von der französischen Raumfahrtbehörde CNES als Astronautenanwärter ausgewählt. Später war Favier einer von 61 europäischen bzw. sechs französischen Kandidaten bei der ESA-Auswahl von 1991. Er wurde jedoch nicht ins Europäische Astronautenkorps aufgenommen. Favier war 1992 in der Ersatzmannschaft für die Space-Shuttle-Mission STS-65.
Favier startete am 20. Juni 1996 als Nutzlastspezialist mit der Raumfähre Columbia (STS-78) zu dem bis dahin längsten Flug eines Space Shuttles (16d 21h 48m). Aufgabe waren Schwerelosigkeits-Experimente im Life and Microgravity Spacelab (LMS), die als Grundlage für zukünftige Experimente auf der Internationalen Raumstation (ISS) benötigt wurden.
Jean-Jacques Favier hat mit seiner Frau Michèle vier Kinder.
Er starb am 19. März 2023 im Alter von 73 Jahren in Albi.[2][3] Zuletzt hatte er in Montastruc-la-Conseillère bei Toulouse gelebt. Er war der erste der bis dahin 10 französischen Weltraumfahrer, der verstarb.[1]