Das Quellgebiet des Incomappleux River befindet sich an der Südwestflanke der Sir Donald Range in den Selkirk Mountains. Dort wird der Fluss vom Geikie-Gletscher auf einer Höhe von etwa 1600m gespeist. Der Incomappleux River strömt anfangs 10km in Richtung Westsüdwest, später in südlicher Richtung durch das Gebirge, bevor er in den 440m hoch gelegenen Stausee Upper Arrow Lake mündet. Die oberen 17km des Incomappleux River befinden sich innerhalb des Glacier-Nationalparks.
Seit der Fertigstellung des Hugh Keenleyside Dam 1968 am Columbia River und dessen Aufstau zu den Arrow Lakes mündet der Incomappleux River nicht mehr direkt in den Columbia River, sondern in den Beaton Arm, eine östliche Seitenbucht des Upper Arrow Lake. Durch den Aufstau verkürzte sich der Flusslauf um etwa 17km. Das Einzugsgebiet des Incomappleux River umfasst ein Areal von 1020km².[1] Der mittlere Abfluss 4,5km oberhalb der Mündung beträgt 55,8m³/s.[1] Die höchsten Abflüsse treten gewöhnlich zwischen Mai und August auf.[1]
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