Helios Airways wurde als erste private Fluggesellschaft der Republik Zypern 1999 gegründet. Das Unternehmen wurde von Georgios Mouskos geleitet, Vizepräsident war Kyriakos Christofidis.
Seit 2001 bediente die Gesellschaft nicht nur den Charter-, sondern auch den Linienflugverkehr. So wurden von Paphos und Larnaka aus die Ziele Aberdeen, Amsterdam, Basel, Belfast, Billund, Birmingham, Bristol, Budapest, Dublin, Edinburgh, Frankfurt, Glasgow, Kopenhagen, Liverpool, London (Luton, Gatwick), Madrid, Mailand, Manchester, Newcastle, Palma, Prag, Sofia, Warschau und Zürich angeflogen. Die Auslastung der Maschinen lag bei etwa 75%.
Im März 2006 bestätigte der Reiseveranstalter Libra Holidays, seit 2004 Besitzer der Helios Airways, dass man schon im Januar eine neue Airline namens Ajet gegründet habe, die den Flugbetrieb der Helios Airways übernehmen werde. Künftig würden nur noch Charterdienste angeboten. Helios werde nur noch bis zum Abschluss der Unfalluntersuchungen (siehe unten) in der Libra-Gruppe existieren, aber keine Flugdienste mehr anbieten.
Im Oktober 2006 kündigte auch die Nachfolgegesellschaft AJet an, den Flugbetrieb bis Ende des Jahres 2006 komplett einzustellen.
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