Erste internationale Erfahrungen sammelte Esther Navarrete bei den Crosslauf-Europameisterschaften 2010 in Albufeira, bei denen sie nach 21:50min auf den 34. Platz im U23-Rennen gelangte. 2024 wurde sie bei den Europameisterschaften in Rom nach 1:11:08h 13. im Halbmarathon und sicherte sich in der Teamwertung die Bronzemedaille hinter den Teams aus dem Vereinigten Königreich und Deutschland. Anschließend wurde sie bei den Olympischen Sommerspielen in Paris in 3:32:07h 42. im Marathon. Bei den erstmals ausgetragenen Straßenlauf-Europameisterschaften 2025 in Löwen belegte sie nach 2:29:49h den siebten Platz über die Marathondistanz und sicherte sich in der Teamwertung die Goldmedaille.
2024 wurde Navarrete spanische Meisterin im Marathon.