Der Dessoubre selbst entspringt der Hauptquelle Source du Dessoubre, der rechte Quellbach Lançot den teils intermittierenden QuellenSource Noire, Source du Tabourot und Source du Lançot. In Consolation-Maisonnettes mündet der etwa einen Kilometer lange Lançot in den etwas kürzeren Dessoubre. Die Dessoubre-Hauptquelle befindet sich oberhalb eines Hotels, wo das Quellwasser aus einem Spalt in einer hohen Felswand entspringt und danach einen kleinen Wasserfall herabstürzt.
Von dort verläuft der Dessoubre mit vielen Windungen durch ein rund 300 Meter tief in den Jura eingeschnittenes Tal, überwindet dabei zahlreiche Wasserfälle und nimmt im zu Plaimbois-du-Miroir gehörenden Ort Gigot seinen größten Nebenfluss, die Reverotte auf. In Saint-Hippolyte mündet der Dessoubre als linker Zufluss in den Doubs.
12 Die Angaben zur Flusslänge beruhen auf den Informationen über die Dessoubre bei SANDRE (französisch), abgerufen am 13. Oktober 2010, gerundet auf volle Kilometer.