Das Polysaccharid Amylopektin ist ein Biopolymer mit einer hohen molaren Masse von 10.000.000 bis 200.000.000 g·mol−1.[3][4] Die D-Glucose-Monomere sind dabei α-1,4-glycosidisch miteinander verbunden. Etwa alle 15–30 Monomere ist eine Seitenkette α-1,6-glycosidisch verknüpft, wodurch eine baumartige Verzweigung entsteht. Diese Seitenketten können kurz (mit 12 bis 20 Glucoseeinheiten), lang (30–45 Einheiten) und sehr lang mit durchschnittlich 60 Glucoseeinheiten sein.[5]
Aufgrund dieses Unterschiedes in der Struktur bildet Amylopektin auf molekularer Ebene Knäuel- bzw. verzweigte Strukturen aus; die Verzweigungspunkte liegen hauptsächlich am C6-Atom.[6]
Amylose mit ca. 100–200fach geringerer Molekülgröße formt hingegen überwiegend lineare Ketten.