기남문화재연구원은 문화유적에 대한 조사 연구를 활성화하여 이를 통해 한민족의 정통성을 확립하기 위하여 2015년 6월 2일 설립된 문화체육관광부 소관의 재단법인으로 (재)기호문화재연구원의 재직자들을 기반으로 개원하였다.