Transporter Classification Database

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo os canais iónicos. Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Clasificación

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canais/Poros

1.A Canais de tipo α

• 1.A.1 Superfamilia dos Canais iónicos regulados por voltaxe
• 1.A.2 Canal de K+ rectificador entrante animal
• 1.A.3 Canal de Ca2+ receptor de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
• 1.A.4 Canal de Ca2+ de potencial receptor transitorio
• 1.A.5 Canal de catións de policistina
• 1.A.6 Canal de Na+ epitelial
• 1.A.7 Canal de catións regulado por ATP
• 1.A.8 Proteína intrínseca maior
• 1.A.9 Canal iónico regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
• 1.A.10 Canal iónico regulado por glutamato de receptores de neurotransmisores
• 1.A.11 Canal de cloruro
• 1.A.12 Canal de cloruro organular
• 1.A.13 Canal de cloruro epitelial
• 1.A.14 Canal de catións non selectivo 1
• 1.A.15 Canal de catións non selectivo 2
• 1.A.16 Canal de Ca2+, selectivo de catións activado por estiramento de lévedos
• 1.A.17 Canal de solutos da membrana externa dos cloroplastos
• 1.A.18 Formador do canal de anións da membrana do cloroplasto
• 1.A.19 Canal da matriz 2 do virus da influenza
• 1.A.20 Canal de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
• 1.A.21 Regulador da apoptose
• 1.A.22 Canal iónico mecanosensible de gran condutancia
• 1.A.23 Canal iónico mecanosensible de pequena condutancia
• 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
• 1.A.27 Fosfolemman
• 1.A.28 Transportador de urea (canal)
• 1.A.29 Canal de urea/amida
• 1.A.30 Superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
• 1.A.31 Anexina
• 1.A.32 Canal NB do virus da influenza Tipo B
• 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canais de catións
• 1.A.34 Canal E1 do virus Envelope
• 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canal)
• 1.A.36 Canal de cloruro intracelular

1.I Canais unidos a membranas

• 1.I.1 Familia do complexo do poro nuclear, incluíndo a carioferinas
• 1.I.2 Familia dos plasmodesmos de plantas

Non agrupados

• Similares a canais iónicos regulados por voltaxe, incluíndo canais de potasio KcsA e KvAP, e canal iónico de potasio rectificador entrante Kirbac
• Large-conductance mechanosensitive channel, MscL
• Canal iónico mecanosensible de pequena condutancia (MscS)
• Transportadores de ións metálicos CorA
• Canal iónico regulado por ligando dos receptores de neurotransmisores (receptor de acetilcolina)
• Aquaporinas
• Canais de cloruros
• Proteína auxiliar da membrana externa (transportador de polisacáridos)
• Porinas a algunhas outras proteínas de barril beta das membranas externas

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico

Non agrupados

• proteína transportadora mitocondrial
• Superfsamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, Lactosa permease, e Transportador multidrogas EmrD)
• Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)
• Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)
• Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)
• Simportador de sodio de neurotransmisor
• Transportsadores de amonio
• Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)

3. Transportadores activos primarios

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P

• ATPase de calcio de tipo P (cinco conformacións diferentes)
• Reguladores da ATPase de calcio fosfolamban e sarcolipina
• Transportadores ABC: BtuCD, transportador multidrogas, e trnasportador de captación do molibdato
• Translocón da vía secretora (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)

3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución

• Proteínas similares ao citocromo b transmembrana: coencima Q - citocromo c redutase (citocromo bc1); complexo do citocromo b6f; formato deshidroxenase, nitrato redutase respiratoria; succinato-coencima Q redutase (fumarato redutase); e succinato deshidroxenase. Ver cadea de transporte de electróns.
• Citocromo c oxidases de bacterias e mitocondrias

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz

• Proteínas similares á bacteriorrodopsina incluíndo a rodopsina (ver tamén opsina)
• Centros de reacción fotosintéticos bacterianos e fotosistemas I e II
• Complexos colleitadores de luz de bacterias e cloroplastos

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados

• ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns

5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns

Non agrupados

• Proteína B de formación de enlace disulfuro (DsbB)

6. Non utilizados

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usados

Reservados para unha futura ampliación.

Exemplos

• Regulador da condutancia transmembrana da fibrose quística—3.A.1.202.1

Véxase tamén

Ligazóns externas

• Transporter Classification Database
• List en qmul.ac.uk

• Saier MH, Tran CV, Barabote RD (January 2006). "TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181–6. PMC 1334385. PMID 16381841. doi:10.1093/nar/gkj001. 

• Busch W, Saier MH (2002). "The transporter classification (TC) system, 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. PMID 12449427. doi:10.1080/10409230290771528.