Transporter Classification Database

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo os canais iónicos. Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Clasificación

Velaquí o nivelsuperior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canais/Poros

1.A Canais de tipo α

• 1.A.1 Superfamilia dos Canais iónicos regulados por voltaxe
• 1.A.2 Canal de K+ rectificador entrante animal
• 1.A.3 Canal de Ca2+ receptor de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
• 1.A.4 Canal de Ca2+ de potencial receptor transitorio
• 1.A.5 Canal de catións de policistina
• 1.A.6 Canal de Na+ epitelial
• 1.A.7 Canal de catións regulado por ATP
• 1.A.8 Proteín a intrínseca maior
• 1.A.9 Canal iónico regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
• 1.A.10 Canal iónico regulado por glutmato de receptores de neurotransmisores
• 1.A.11 Canal de cloruro
• 1.A.12 Canal de cloruro organular
• 1.A.13 Canal de cloruro epitelial
• 1.A.14 canal de catións non selectivo 1
• 1.A.15 Canal de catións non selectivo 2
• 1.A.16 Canal de Ca2+, selectivo de catións activado por estiramento de lévedos
• 1.A.17 Canal de solutos da membrana externa dos cloroplastos
• 1.A.18 Formador do canal de anións da membrana do cloroplasto
• 1.A.19 canal da matriz 2 do virus da influenza
• 1.A.20 canal de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
• 1.A.21 Regulador da apoptose
• 1.A.22 Canal iónico mecanosensible de gran condutancia
• 1.A.23 Canal iónico mecanosensible de pequena condutancia
• 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
• 1.A.27 Fosfolemman
• 1.A.28 Transportador de urea (canal)
• 1.A.29 Canal de urea/amida
• 1.A.30 superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
• 1.A.31 Anexina
• 1.A.32 Canal NB do virus da influenza Tipo B
• 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canais de catións
• 1.A.34 Canal E1 do virus Envelope
• 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canal)
• 1.A.36 Canal de cloruro intracelular

1.I Membrane-bound channels

• 1.I.1 Nuclear pore complex family, including karyopherins
• 1.I.2 Plant plasmodesmata family

Ungrouped

• Voltage-gated ion channel like, including potassium channels KcsA and KvAP, and inward-rectifier potassium ion channel Kirbac
• Large-conductance mechanosensitive channel, MscL
• Small-conductance mechanosensitive ion channel (MscS)
• CorA metal ion transporters
• Ligand-gated ion channel of neurotransmitter receptors (acetylcholine receptor)
• Aquaporins
• Chloride channels
• Outer membrane auxiliary proteins (polysaccharide transporter)
• Porins and some other beta barrel proteins of outer membranes

2. Electrochemical Potential-driven Transporters

Ungrouped

• Mitochondrial carrier proteins
• Major Facilitator Superfamily (Glycerol-3-phosphate transporter, Lactose permease, and Multidrug transporter EmrD)
• Resistance-nodulation-cell division (multidrug efflux transporter AcrB, see multidrug resistance)
• Dicarboxylate/amino acid:cation symporter (proton glutamate symporter)
• Monovalent cation/proton antiporter (Sodium/proton antiporter 1 NhaA)
• Neurotransmitter sodium symporter
• Ammonia transporters
• Drug/Metabolite Transporter (small multidrug resistance transporter EmrE - the structures are retracted as erroneous)

3. Primary Active Transporters

3.A. P-P-bond hydrolysis-driven transporters

• P-type calcium ATPase (five different conformations)
• Calcium ATPase regulators phospholamban and sarcolipin
• ABC transporters: BtuCD, multidrug transporter, and molybdate uptake transporter
• General secretory pathway (Sec) translocon (preprotein translocase SecY)

3.D. Oxidoreduction-driven transporters

• Transmembrane cytochrome b-like proteins: coenzyme Q - cytochrome c reductase (cytochrome bc1 ); cytochrome b6f complex; formate dehydrogenase, respiratory nitrate reductase; succinate - coenzyme Q reductase (fumarate reductase); and succinate dehydrogenase. See electron transport chain.
• Cytochrome c oxidases from bacteria and mitochondria

3.E. Light absorption-driven transporters

• Bacteriorhodopsin-like proteins including rhodopsin (see also opsin)
• Bacterial photosynthetic reaction centres and photosystems I and II
• Light harvesting complexes from bacteria and chloroplasts

Ungrouped Electrochemical potential-driven transporters

• Proton or sodium translocating F-type and V-type ATPases

5. Transport Electron Carriers

Non agrupados

• Disulfide bond formation protein B (DsbB)

6. Unused

Reserved for future expansion

7. Non usados

Reserved for future expansion

Exemplos

• Regulador da condutancia transmembrana da fibrose quística—3.A.1.202.1

Véxase tamén

Ligazóns externas

• Transporter Classification Database
• List en qmul.ac.uk

• Saier MH, Tran CV, Barabote RD (January 2006). "TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181–6. PMC 1334385. PMID 16381841. doi:10.1093/nar/gkj001. 

• Busch W, Saier MH (2002). "The transporter classification (TC) system, 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. PMID 12449427. doi:10.1080/10409230290771528.