Conserved Domain Database

A Conserved Domain Database ou CDD (Base de datos de Dominios Conservados) é unha base de datos de modelos de aliñamentos de secuencias múltiples ben anotados e modelos de busca de bases de datos derivadas, de dominios proteicos antigos evolutivamente e proteínas completas. Entre os contidos do CDD están os modelos de dominios curados manualmente do NCBI e modelos de dominios importados de varias bases de datos de fontes externas (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAMs). É característico dos dominios curados polo NCBI que usen información de estruturas en 3D para definir explicitamente as fronteiras entre dominios, aliñar bloques, emendar detalles de aliñamentos, e proporcionar unha panorámica das relacións en secuencia/estrutura/función. Os modelos curados manualmente están organizados xerarquicamente se describen familias de dominios que están claramente relacionados por teren un antepasado común. Para que os datos non sexan redundantes, o CDD agrupa os modelos de dominios procedentes de varias fontes en superfamilias.

Obxectivos

Os dominios poden considerarse como as unidades estruturais ou funcionais dunha proteína. Estas dúas clasificacións (estrutural e funcional) coinciden bastante a miúdo, e o que se descobre independentemente como unha unidade de pregamento dunha cadea polipeptídica, porta tamén unha función específica. Con frecuencia os dominios identifícanse como unidades recorrentes de secuencia ou estrutura, que poden existir en varios contextos. Na evolución olecular ditos dominios puideron ter sido utilizados como bloques de contrución de proteínas, e puideron terse combinado de diferentes maneiras para modular a función da proteína. A CDD define os dominios conservados como unidades recorrentes na evolución molecular, cuxa extensión pode determinarse pola análises de secuencias e estruturas.

O obxectivo do proxecto de curacion de dominios conservados do NCBI é proporcionar unha base de datos aos usuarios aos que lles interesa como os patróns de conservación e diverxencia de residuos nunha familia se relacionan coas proiedades funcionais, e proporcionar ligazóns útiles para unha información máis detallada que poida axudar a comprender as relacións entre secuencias, estruturas e funcións. Para facelo, CDD Curators fornece os seguintes tipos de información para suplementar e enriquecer os aliñamentos de múltiples secuencias tradicionais que forman a base dos modelos de dominios: estruturas tridimensionais e motivos centrais conservados, características e sitios conservados, organización filoxenética, e ligazóns a fones de literatura electrónica.

Consulta da base de datos

A colección de datos forma parte tamén do sistema de recuperacióne consulta Entrez do NCBI, con ligzóns cruzadas con outros numerosos recursos. A CDD proporciona unha anotación de pegadas dactilares de dominios e sitios funcionais conservados nas secuencias proteicas. Pode obterse unha anotación de dominios precalculada para secuencias de proteínas rastrexadas polo sistema Entrez do NCBI, e a colección da CDD de modelos pode ser consultada con novas secuencias de proteínas por medio do servicio CD-Search ou en Batch CD-Seach, que permite a computación e descarga de anotcións de grandes conxuntos de consultas de proteínas.

Véxase tamén

Ligazóns externas

• "Conserved Domains Database (CDD) and Resource Group". United States National Center for Biotechnology Information.