Zum Wasserstraßen- und Schifffahrtsamt Tönning gehörten die Außenbezirke auf Amrum, Helgoland sowie der Außenbezirk Tönning und der Bauhof.
Der Außenbezirk Amrum war zuständig für die Küstengewässer von der HalbinselEiderstedt bis zur dänischen Grenze. Er betrieb und unterhielt den Schutz- und Sicherheitshafen Hörnum sowie den Seezeichenhafen Wittdün.
Der Außenbezirk Helgoland war zuständig für die Seewasserstraßen um Helgoland, den Schutz- und Sicherheitshafen Helgoland und den Inselsockelschutz (Kringel, Südwest-Schutzmauer und Inseldamm Nord)
Der Außenbezirk Tönning war zuständig für die Küstengewässer von Friedrichskoog (Elbmündung) bis Husum (mit Ausnahme der Gewässer um Helgoland). Zum Außenbezirk Tönning gehörte der Stützpunkt Friedrichstadt, der für die Eider zuständig war.
Der Bauhof in Tönning nahm insbesondere Wartungs- und Instandsetzungsarbeiten an Schiffen und Seezeichen des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes Tönning wahr. Er verfügte über eine eigene Pieranlage an der Eider.