Die Skeleton Lakes befinden sich auf einer Höhe von rund 1470m an der Ostseite der Garvie Mountains, knapp 20km südöstlich der Südspitze des LakeWakatipu. Die beiden Seen, von denen der nordöstliche etwas größer ist als sein Nachbar, umfassen zusammen eine Fläche von rund 10,8Hektar, der größere rund 8,1Hektar und der kleinere rund 2,7Hektar. Der kleinere See entwässert in den größeren, rund 100m nordöstlich liegenden See. Dieser findet seinen Abfluss an seinem östlichen Ende. Der nicht näher bezeichnete Bach mündet rund 3Flusskilometer weiter östlich in den Blue Lake Creek, der seinerseits in den Gorge Creek mündet.[1][2]