Der Río Chone entsteht am Zusammenfluss von Río Grande und Río Mosquito 6km nordöstlich der Stadt Chone. Er fließt in westlicher Richtung. Nach 7km zweigt der Chone-Kanal linksseitig ab. Dieser verläuft südlich der Stadt Chone und endet in der Laguna El Canal. Der Río Chone nimmt den Río Garrapata von rechts auf und verläuft im Anschluss entlang dem nördlichen Stadtrand von Chone. Bei Flusskilometer 34 trifft der Río Carrizal von Süden kommend auf den Río Chone. Dieser mündet schließlich in den Pazifischen Ozean. Dabei bildet er ein großes Ästuar, das sich zur Bucht Bahía de Caráquez öffnet. Die Fernstraße E15 überquert den Fluss an der Mündung. Am westlichen Flussufer liegt die Stadt Bahía de Caráquez, am östlichen Flussufer San Vicente.
Der Río Chone entwässert ein Areal von 2483km². Der mittlere Abfluss beträgt 26m³/s. Die Quellflüsse des Río Chone entspringen in der Cordillera Costanera, einem Höhenrücken, der entlang der ecuadorianischen Pazifikküste verläuft.
12Water Resources Assessment of Ecuador.(PDF; 1,0 MB)In:sam.usace.army.mil.United States Southern Command, US Army Corps of Engineers, Mobile District and Topographic Engineering Center,September 1998,archiviertvomOriginalam16.Juli 2011;abgerufen am 12.Januar 2019(englisch).