Erste internationale Erfahrungen sammelte Maria Rafailidou beim Europäischen Olympischen Jugendfestival (EYOF) 2022 in Banská Bystrica, bei dem sie mit einer Weite von 15,26m den vierten Platz mit der leichteren 3-kg-Kugel belegte. Im Jahr darauf gewann sie beim EYOF in Maribor mit 16,25m die Silbermedaille im Kugelstoßen und sicherte sich im Diskusbewerb mit 47,95m die Bronzemedaille. Anschließend siegte sie bei den U18-Balkan-Meisterschaften in Sivas mit 15,94m im Kugelstoßen sowie mit 45,79m auch mit dem Diskus. 2024 gewann sie bei den U20-Balkan-Hallenmeisterschaften in Belgrad mit 14,81m die Silbermedaille und im Juli siegte sie bei den U18-Balkan-Meisterschaften in Maribor mit der Kugel mit 17,93m und sicherte sich im Diskuswurf mit 45,31m die Silbermedaille. Anschließend siegte sie mit 18,46m im Kugelstoßen bei den U18-Europameisterschaften in Banská Bystrica und belegte im Diskusbewerb mit 46,73m den siebten Platz. Daraufhin schied sie bei den U20-Weltmeisterschaften in Lima mit 14,22m in der Qualifikationsrunde im Kugelstoßen aus. Im Jahr darauf siegte sie mit 14,68m bei den U20-Balkan-Hallenmeisterschaften in Sofia und Ende Juni wurde sie bei der 1. Liga der Team-Europameisterschaft in Madrid mit 15,16m 14. im Kugelstoßen. Anschließend gewann sie bei den Balkan-Meisterschaften in Volos mit 16,28m die Silbermedaille hinter der Ukrainerin Olha Holodna und siegte mit 16,16m bei den U20-Europameisterschaften in Tampere. 2026 gewann sie bei den Balkan-Hallenmeisterschaften in Belgrad mit 16,12m die Silbermedaille hinter der Türkin Emel Dereli.
2025 wurde Rafailidou griechische Meisterin im Kugelstoßen.