Cancer Biomedical Informatics Grid

Datei:CaBIG logo 300dpi.jpg

Das caBIG Logo

Das Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG, dt. etwa ‚biomedizinisches Krebsinformationsnetz‘) war ein Informationsnetzwerk mit freiem Quellcode und freiem Zugang für sicheren Datenaustausch im Feld der Krebsforschung. Die Initiative wurde vom National Cancer Institute (Teil der National Institutes of Health) und wurde vom Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT) betreut. Im Jahr 2011 wurde wurde ein Bericht veröffentlicht, der signifikante Kritik an Effektivität und Übersicht äußerte. Als Folge daraus wurde das Budget und der Anwendungsbereich gestutzt. Im Mai 2012 wurde das National Cancer Informatics Program (NCIP) als Nachfolgerprogramm entwickelt.

Geschichte

Das National Cancer Institute (NCI) der Vereinigten Staaten hat das Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) Initative im Frühjahr 2004 finanziert. Geleitet wurde das Projekt von Kenneth Buetow. Das Ziel war es die Wissenschaftler im Bereich der US biomedizinischen Krebsforschung mithilfe von Grid-Computing von zu vernetzen. Das Programm, geleitet vom "Center for Bioinformatics and Information Technology" (CBIIT) hat mit einer dreijährigen Pilotphase begonnen. Sie wurde im März 2007 abgeschlossen und eine Testphase angekündigt.

Zuzüglich zu caGrid, die grundlegende Infrastruktur für Datentverteilung zwischen Organisationen hat caBIG Software Werkzeuge, Datenverteilungsrichtlinien und gemeinsame Standards und Vokabulare für die Vereinfachung des Teilens von Daten entwickelt.

Die Software Werkzeuge zielten darauf ab:

• Sammeln, Analysieren und Verwalten von grundlegenden Forschungsdaten
• Verwalten von klinischen Versuchsreihen, von der Patientenanmeldung bis zur Analyse
• Sammeln, Einordnung, Teilen und Speicherung von medizinischen Bildmaterial
• Verwalten von Bioproben

Technologien für Gesundheitsinformationen

Gesundheitsinformationstechnologie (HIT) war für das Verwalten und sichere Austauschen von medizinischen Daten zwischen Wissenschaftlern, Gesundheitsdienstleistern und Verbrauchern geplant. HIT Initiativen die caBIG erwähnten waren: NCI und die "American Society of Clinical Oncology" haben eine Zusammenarbeit beschlossen, um ein spezifisches elektronisches Gesundheitsdatensystem für die Onkologie unter der Befolgung der Standards von caBIG zu gründen, das Onkologen ermöglichen soll elektronische Patientendaten, die die spezifischen Besonderheiten der Onkologie berücksichtigen, zu verwalten. Das "Nationwide Health Information Network" war eine Initiative um klinische Patientendaten zwischen geographisch entfernten Orten auszutauschen und ein landesweites elektronisches Informationsnetzwerk mit verknüpften Gesundheitsdaten zu schaffen.

Zusammenarbeit

Das "BIG Health Consortium" wurde im Jahre 2008 gebildet um  personalisierte Medizin zu bewerben, allerdings 2012 wieder aufgelöst. Im Juli 2009 hat caBIG eine Zusammenarbeit mit der Dr. Susan Love Research Foundation angekündigt um eine Online Gruppe für Kohortenstudien von Frauen in klinischen Versuchen zu bilden. Das Ziel der sogenanten "Army of Women" war eine eine Million Personen umfassende Datenbank; im Dezember 2009 wurde die Seite gestartet und bis zum Jahr 2010 haben sich 30.000 Frauen und Männer angemeldet.

Der "Cancer Genome Atlas" hatte das Ziel mehr als 10.000 Tumore von mindestens 20 Krebsarten bis zum Jahr 2015 zu charakterisieren. caBIG ermöglichte und stellte die Konnektivität, Datenstandards und Softwarewerkzeuge zum Sammeln, Organisieren, Teilen und Analysieren der diversen Forschungsdaten in der Datenbank. Seit 2007 arbeitet NCI mit dem "UK National Cancer Research Institute" (NCRI) zusammen. Diese zwei Organisationen teilten sich Technologien zum zusammenarbeitenden Forschen und dem sicheren Austausch von Forschungsdaten unter der Benutzung von caGrid und das NCRI Onkologie Informationsaustauschwebportal (ONIX), das im August 2009 angekündigt wurde. ONIX wurde im März 2012 abgeschalten. Das "Duke Cancer Institute" benutzte caBIG Werkzeuge für klinische Versuchswerkzeuge bei der Zusammenarbeit mit dem Beijing Krebskrankenhaus der Pekinger Universität.

Weiterführende Literatur

• Abernethy AP, Coeytauz R, Rowe K, Wheeler JL, Lyerly HK. Electronic patient-reported data capture as the foundation of a learning health care system. JCO. 2009;27:6522.
• Buetow KH. caBIG: proof of concept for personalized cancer care. JCO. 2009:27 Suppl 15S:e20712.
• Holford ME, Rajeevan H, Zhao H, Kidd KK, Cheung KH (2009). "Semantic web-based integration of cancer pathways and allele frequency data". Cancer Informatics 8: 19–30. PMID 19458791. PMC 2664696 (freier Volltext)
• Huang T, Shenoy PJ, Sinha R, Graiser M, Bumpers KW, Flowers CR (2009). "Development of the Lymphoma Enterprise Architecture Database: A caBIG(tm) Silver level compliant System". Cancer Informatics 8: 45–64. PMID 19492074. PMC 2675136 (freier Volltext)
• Kunz I, Lin MC, Frey L (2009). "Metadata mapping and reuse in caBIG". BMC Bioinformatics. 10 Suppl 2: S4. doi:10.1186/1471-2105-10-S2-S4. PMID 19208192. PMC 2646244 (freier Volltext)
• Ohmann C, Kuchinke W (2009). "Future developments of medical informatics from the viewpoint of networked clinical research. Interoperability and integration". Methods of Information in Medicine 48 (1): 45–54. doi:10.3414/me9137. PMID 19151883.
• Phan JH, Moffitt RA, Stokes TH et al. (June 2009). "Convergence of biomarkers, bioinformatics and nanotechnology for individualized cancer treatment". Trends in Biotechnology 27 (6): 350–8. doi:10.1016/j.tibtech.2009.02.010. PMID 19409634.
• Staes CJ, Xu W, LeFevre SD et al. (2009). "A case for using grid architecture for state public health informatics: the Utah perspective". BMC Medical Informatics and Decision Making 9: 32. doi:10.1186/1472-6947-9-32. PMID 19545428. PMC 2707374 (freier Volltext).
• Peter A. Covitz, Frank Hartel, Carl Schaefer, Sherri De Coronado, Gilberto Fragoso, Himanso Sahni, Scott Gustafson and Kenneth H. Buetow (April 23, 2003). "caCORE: A common infrastructure for cancer informatics". Bioinformatics 19 (18): 2404–2412. doi:10.1093/bioinformatics/btg335.

Weblinks

• caBIG Consumer/User Website (nicht technisch)
• caBIG Community Website (technisch)
• “Health IT gets personal,” InformationWeek (11/13/09)
• “Health data in the raw,” Government Health IT (11/6/09)
• “NCI to open research grid to cancer patient 'army',” Government Health IT (10/9/09)
• “GridBriefing: The future of Healthcare - eHealth and Grid Computing,” GridTalk (9/09)
• “Collaboration and Sustainability are Front and Center as caBIG Celebrates Fifth Anniversary,” GenomeWeb/BioInform (7/09)
• “Sharing the Wealth of Data,” Scientific American (5/09)
• “Translational Research Drives Demand for 'Virtual' Biobanks Built on caBIG Tools,” GenomeWeb/BioInfom (4/3/09)