In die obersten Spielklassen Süddeutschlands waren in dieser Spielzeit 64 Mannschaften in acht Bezirksligen zu je zwei Staffeln eingeteilt. Für die Endrunde um die Süddeutsche Meisterschaft qualifizierte sich der jeweilige Staffelmeister. Die Vizemeister und Dritten der acht Staffeln spielten den dritten süddeutschen Teilnehmer an der Deutschen Meisterschaftsendrunde aus. Da die Ligen zur Runde 1931/32 auf zehn Mannschaften pro Staffel aufgestockt wurden, gab es in diesem Jahr in den meisten Staffeln keinen Absteiger.
Der Modus der Endrunde blieb in diesem Jahr unverändert: Die Meister der acht Bezirksliga-Staffeln spielten in einer Doppelrunde den süddeutschen Meister aus. Die Bezirkszweiten und -dritten spielten in zwei Gruppen ebenfalls eine Doppelrunde, anschließend ermittelten die beiden Gruppensieger den dritten süddeutschen Teilnehmer an der Deutschen Meisterschaftsendrunde.
Endrunde: Hardy Grüne: Vom Kronprinzen bis zur Bundesliga. 1890 bis 1963 (= Enzyklopädie des deutschen Ligafußballs. Band 1). Agon Sportverlag, Kassel 1996, ISBN 3-928562-85-1, S. 111–114