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Innerhofer erlernte als Dreijähriger in Gais das Skifahren. Nach der Schulzeit an seinem Geburtsort besuchte er als Jugendlicher die Sportoberschule in Mals. Anschließend trat er in die Polizeisportgruppe ein. Im November 1999 bestritt er die ersten FIS-Rennen, Einsätze im Europacup folgten vier Jahre später. 2006 wechselte er von der Polizei zur Sportgruppe der Guardia di Finanza.
Aufgrund guter Leistungen im Europacup während der Saison 2005/06 (darunter zwei Siege), nahm Innerhofer ab November 2006 an Weltcup-Rennen teil. Weltcuppunkte gewann er erstmals am 10. Dezember desselben Jahres als 24. der Superkombination auf der Reiteralm. Am 29. Dezember 2007 erzielte er als Neunter der Abfahrt in Bormio die erste Platzierung unter den besten zehn.
Am 28. Dezember 2008 gewann Innerhofer sein erstes Weltcuprennen, die Abfahrt auf der Pista Stelvio in Bormio. Zuvor war ein vierter Platz sein bestes Ergebnis gewesen, das er etwas mehr als drei Wochen früher im Super-G in Beaver Creek erzielt hatte.