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Benutzer:Nina/Liste sequenzierter Organismen

aus Wikipedia, der freien Enzyklopädie
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Unter sequenzierten Organismen versteht man Lebewesen, von deren Genom die Sequenz der Nukleinbasen (nahezu) vollständig bekannt ist. Teilweise liegen zu den DNA-Sequenzen auch schon vollständige Annotationen und Kartierungen der funktionalen Abschnitte (Gene, etc.) vor.

Mit Hilfe der modernen Techniken der Genomforschung wie der Polymerase-Kettenreaktion (PCR), der Hochdurchsatzsequenzierung und anderer Methoden geben immer mehr Organismen die Gesamtheit ihrer DNA-Sequenz und damit ihrer Gene preis. Man nennt die Ermittlung der Nukleinbasen-Sequenz auch DNA-Sequenzierung oder Genom-Sequenzierung. Seit 1995 wurden bereits mehr als 800 Genome sequenziert und beinah wöchentlich kommen neue hinzu. Inzwischen ist bereits die Sequenzierung von Individuen in Aussicht; das Unternehmen 454 Life Sciences präsentierte im Juni 2007 James Watsons Genomsequenz. Die Kosten sollen etwa eine Million US-Dollar betragen haben.[1]

Besonders aufsehenerregend war die Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des Humangenomprojektes, deren Vollendung im Oktober 2003, nur wenige Monate nach dem 50-jährigen Jubiläum der Strukturaufklärung der DNA durch James Watson und Francis Crick verkündet wurde. Weniger spektakulär, doch keineswegs von weniger Bedeutung war allerdings auch die Sequenzierung anderer Genome, etwa dem des Reis, der Hausmaus oder des Schimpansen. Das erste vollständig sequenzierte Genom stammte von dem bakteriellen Krankheitserreger Haemophilus influenzae.

Den Großteil der sequenzierten Organismen machen bakterielle Mikroorganismen aus, also Archaebakterien und Bakterien inklusive der Cyanobakterien (Blaualgen). Die niederen Eukaryoten (meist pathogene Pilze) sind in dieser Liste selten und Vielzeller entsprechend noch seltener. Der Grund dafür liegt vor allem in deren enormen Genomgröße im Vergleich zu Prokaryonten und auch in der Bedeutung der Mikroorganismen für die Medizin und die Biotechnik.

Gegenwärtig ist die Sequenzierung von weiteren etwa 1800 bakteriellen Genomen und von etwa 900 Eukaryontengenomen in Arbeit. Finanziert werden die Projekte international meistens öffentlich, teilweise jedoch auch durch große Unternehmen der freien Wirtschaft.

Liste der sequenzierten Organismen

In der folgenden Liste sind die bisher weitgehend vollständig sequenzierten Organismen aufgeführt.

Archaeen

  • Aeropyrum pernix - aus japanischen Thermalquellen
  • Archaeoglobus fulgidus - Schwefel-Archaea
  • Caldivirga maquilingensis
  • Cenarchaeum symbiosum
  • Halobacterium spec. - aus Salzseen
  • Haloarcula marismortui - halophil
  • Haloquadratum walsbyi
  • Hyperthermus butylicus
  • Ignicoccus hospitalis
  • Metallosphaera sedula
  • Methanobacterium thermoautotrophicum - Methanproduzierer
  • Methanobrevibacter smithii
  • Methanocaldococcus jannaschii
  • Methanococcoides burtonii - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
  • Methanococcus aeolicus
  • Methanococcus jannaschii - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Methanococcus maripaludis - Methanproduzierer, aus Salzseen in Georgia
  • Methanococcus vannielii
  • Methanocorpusculum labreanum
  • Methanogenium frigidum - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
  • Methanopyrus kandleri - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Methanosarcina acetivorans - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend, aus Ölquellen, Rindermägen u. a.
  • Methanosarcina barkeri - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
  • Methanosarcina mazei - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
  • Methanosphaera stadtmanae - Methanproduzierer, Bewohner des menschlichen Dickdarms
  • Methanospirillum hungateii
  • Methanothermobacter thermoautotrophicus
  • Nanoarchaeum equitans - aus heißen Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
  • Natronomonas pharaonis - aus Natronseen in Ägypten
  • Nitrosopumilus maritimus
  • Picrophilus torridus - thermoacidophil (pH 0 bei 60°C)
  • Pyrobaculum aerophilum - aus heißen Quellen
  • Pyrobaculum arsenaticum - nutzt Arsenat als Elektronenakzeptor
  • Pyrobaculum calidifontis - kann sowohl aerob als auch anaerob wachsen
  • Pyrobaculum islandicum - aus einem isländischen Geothermalkraftwerk
  • Pyrococcus abyssi - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Pyrococcus furiosus - aus heißen Sedimenten auf der Insel Vulcano, Italien von Fiala und Stetter isoliert
  • Pyrococcus horikoshii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Pyrolobus fumarii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Staphylothermus marinus - hyperthermophil
  • Sulfolobus acidocaldarius - aus heißen Quellen
  • Sulfolobus solfataricus - aus heißen Schwefelquellen
  • Sulfolobus tokodaii - aus heißen Schwefelquellen
  • Thermococcus kodakaraensis - thermophil, obligat anaerob, Schwefel-Atmung
  • Thermofilum pendens
  • Thermoplasma acidophilum - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
  • Thermoplasma volcanium - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
  • Thermoproteus neutrophilus

Bakterien

A

  • Acaryochloris marina
  • Acholeplasma laidlawii
  • Acidiphilium cryptum
  • Acidobacterium sp.
  • Acidothermus cellulolyticus
  • Acidovorax sp.
  • Acidovorax avenae citrulli
  • Acinetobacter baumannii
  • Acinetobacter calcoaceticus
  • Actinobacillus succinogenes
  • Actinobacillus pleuropneumoniae
  • Aeromonas salmonicida
  • Aeromonas hydrophila
  • Agrobacterium tumefaciens - pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend
  • Akkermansia muciniphila
  • Alcanivorax borkumensis
  • Alkalilimnicola ehrlichei
  • Alkaliphilus metalliredigenes
  • Anaeromyxobacter sp.
  • Anaeromyxobacter dehalogenans*Anaplasma marginale
  • Aquifex aeolicus - Hyperthermophiles Meeresbakterium
  • Archaeoglobus fulgidus
  • Arcobacter butzleri - Bakterium in Lebensmitteln, das im Verdacht steht, Magen-Darm-Erkrankungen auszulösen

B

C

D

  • Dechloromonas aromatica
  • Dehalococcoides ethenogenes - anaerobe Atmung mit chlorierten Ethenen
  • Dehalococcoides CBDB1 - anaerobe Atmung mit polychlorierten Aromaten
  • Dehalococcoides ethenogenes
  • Deinococcus geothermalis
  • Deinococcus radiodurans - extrem strahlungstolerantes Bakterium
  • Delftia acidovorans
  • Desulfitobacterium hafniense
  • Desulfotalea psychrophila - extrem kältetolerantes Bakterium des arktischen Eismeeres
  • Desulfococcus oleovorans
  • Desulfotomaculum reducens
  • Desulfovibrio vulgaris - Sulfat-reduzierendes Bakterium, auch in Ölfeldern vorkommend, dort als Schädling bei der Erdölförderung
  • Dichelobacter nodosus
  • Dinoroseobacter shibae

E

F

  • Fervidobacterium nodosum
  • Finegoldia magna
  • Flavobacterium psychrophilum
  • Flavobacterium johnsoniae
  • Francisella philomiragia
  • Francisella tularensis
  • Frankia alni
  • Fusobacterium nucleatum - verbreitetes Bakterium im Zahnbelag

G

  • Geobacillus thermodenitrificans
  • Geobacillus kaustophilus
  • Geobacter lovleyi
  • Geobacter uraniumreducens
  • Geobacter metallireducens
  • Geobacter sulfurreducens
  • Gloeobacter violaceus
  • Gluconacetobacter diazotrophicus
  • Gluconobacter oxydans
  • Gramella forsetii
  • Granulibacter bethesdensis

H

I-J-K

  • Idiomarina loihiensis
  • Jannaschia sp.
  • Janthinobacterium sp.
  • Ketogulonigenium sp.
  • Kineococcus radiotolerans
  • Klebsiella pneumoniae
  • Kocuria rhizophila
  • Korebacter versatilis

L

M

  • Macrococcus caseolyticus
  • Magnetospirillum gryphiswaldense
  • Magnetospirillum magnetotacticum
  • Mahella australiensis
  • Mannheimia succiniciproducens - symbiotisches Bakterium im Magen von Kühen
  • Marinitoga camini
  • Marinitoga piezophila
  • Marinobacter algicola
  • Marinobacter hydrocarbonoclasticus
  • Marinomonas sp.
  • Megasphaera elsdenii
  • Megasphaera micronucliformis
  • Meiothermus ruber
  • Meiothermus silvanus
  • Mesorhizobium ciceri biserrulae
  • Mesoplasma florum - Bakterium mit extrem kleinen Genom
  • Mesorhizobium loti - Knöllchenbakterium bei Lotus-Arten
  • Methylobacillus flagellatus
  • Methylobacterium chloromethanicum
  • Methylobacterium dichloromethanicum
  • Methylobacterium extorquens
  • Methylobacterium nodulans
  • Methylocapsa acidiphila
  • Methylocella silvestris
  • Methylomicrobium album
  • Methylophaga thalassica
  • Methylosinus trichosporium
  • Micrococcus luteus
  • Microcoleus chthonoplastes
  • Microcoleus vaginatus
  • Microcystis aeruginosa
  • Microlunatus phosphovorus
  • Micromonas micros
  • Micromonospora aurantiaca
  • Micromonospora olivasterospora
  • Microscilla marina
  • Mitsuokella multacida
  • Mobiluncus curtisii
  • Mobiluncus mulieris
  • Mobiluncus vaginalis
  • Mogibacterium timidum
  • Moraxella bovis
  • Moraxella catarrhalis
  • Moraxella osloensis
  • Moritella sp.
  • Mycobacterium africanum
  • Mycobacterium bovis
  • Mycobacterium canetti
  • Mycobacterium chelonae
  • Mycobacterium chlorophenolicum
  • Mycobacterium intracellulare
  • Mycobacterium leprae - Erreger der Lepra
  • Mycobacterium liflandii
  • Mycobacterium marinum
  • Mycobacterium microti
  • Mycobacterium parascrofulaceum
  • Mycobacterium paratuberculosis - Erreger der Rinderkrankheit Johne's Desease
  • Mycobacterium tuberculosis - Erreger der Tuberkulose
  • Mycobacterium ulcerans
  • Mycoplasma agalactiae
  • Mycoplasma alligatoris
  • Mycoplasma amphoriforme
  • Mycoplasma arthritidis
  • Mycoplasma bovis
  • Mycoplasma capricolum
  • Mycoplasma crocodyli
  • Mycoplasma fermentans
  • Mycoplasma gallisepticum - Erreger einer chronischen Atemwegserkrankung bei Geflügel
  • Mycoplasma genitalium - Erreger von Infektionen des Genitaltraktes
  • Mycoplasma haemofelis
  • Mycoplasma hominis
  • Mycoplasma mycoides
  • Mycoplasma orale
  • Mycoplasma penetrans - Erreger von Entzündungen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege, evtl. assoziiert mit dem HI-Virus (AIDS)
  • Mycoplasma pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
  • Mycoplasma pulmonis - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege bei Mäusen
  • Mycoplasma salivarum
  • Mycoplasma spermatophilum
  • Myxococcus xanthus - schwarmbildendes Deltaproteobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
  • Myxococcus fulvus
  • Myxococcus xanthus

N

  • Natranaerobius thermophilum
  • Neisseria gonorrhoeae
  • Neisseria meningitidis - Erreger der Meningitis (Hirnhautentzündung)
  • Nitratiruptor sp.
  • Nitrobacter hamburgensis
  • Nitrobacter winogradskyi
  • Nitrosococcus oceani
  • Nitrosomonas eutropha
  • Nitrosomonas europaea
  • Nitrosomonas europaea - Ammoniak-oxidierendes, Nitrit-bildendes Bakterium
  • Nitrosospira multiformis
  • Nocardia farcinica
  • Nocardioides sp.
  • Nostoc punctiforme
  • Novosphingobium aromaticivorans

O-P-Q

  • Oceanobacillus iheyensis - Tiefseebakterium
  • Ochrobactrum anthropi
  • Oenococcus oeni
  • Opitutus terrae
  • Orientia tsutsugamushi
  • Parabacteroides distasonis
  • Paracoccus denitrificans - denitrifizierendes Bodenbakterium
  • Parvibaculum lavamentivorans
  • Pasteurella multocida - Erreger von Vogelcholera und Ansteckendem Kaninchenschnupfen, Arthritis bei Schweinen und Menschen u.a.
  • Pediococcus pentosaceus
  • Pelagibacter ubique
  • Pelobacter carbinolicus
  • Pelobacter propionicus
  • Pelotomaculum thermopropionicum
  • Petrotoga mobilis
  • Photobacterium profundum
  • Photorhabdus luminescens - Bakterium in Symbiose mit insektenpathogenen Fadenwürmern
  • Phytoplasma asteris
  • Polaromonas naphthalenivorans
  • Polynucleobacter necessarius
  • Porphyromonas gingivalis - Erreger von Parodontose
  • Prochlorococcus marinus
  • Propionibacterium acnes
  • Proteus mirabilis
  • Pseudoalteromonas atlantica
  • Pseudoalteromonas haloplanktis
  • Pseudomonas aeruginosa - als Opportunist bei geschwächtem Immunsystem pathogen
  • Pseudomonas entomophila
  • Pseudomonas fluorescens
  • Pseudomonas mendocina
  • Pseudomonas putida - häufiges Bodenbakterium
  • Pseudomonas stutzeri
  • Pseudomonas syringae - pflanzenpathogenes Bakterium, u. a. an Tomaten
  • Psychrobacter arcticum
  • Psychrobacter cryohalolentis
  • Psychromonas ingrahamii

R

  • Ralstonia solanacearum - pflanzenpathogenes Bakterium, Welke bei Hunderten verschiedener Pflanzenarten
  • Renibacterium salmoninarum
  • Rhizobium etli
  • Rhizobium leguminosarum
  • Rhodobacter sphaeroides - phototrophes Bakterium
  • Rhodoferax ferrireducens
  • Rhodopirellula baltica - Rotes Meeresbakterium
  • Rhodopseudomonas palustris - Purpurbakterium
  • Rickettsia akari
  • Rickettsia bellii
  • Rickettsia canadensis
  • Rickettsia conorii - Erreger des Mittelmeer-Fleckfiebers
  • Rickettsia felis
  • Rickettsia massiliae
  • Rickettsia prowazekii - Erreger einer Typhus-Art
  • Rickettsia rickettsii
  • Rickettsia sibirica - Erreger von Zeckenfieber in Nordasien
  • Rickettsia typhi - Erreger des Mäusetyphus (auch humanpathogen)
  • Roseiflexus castenholzii
  • Roseobacter denitrificans
  • Rubrobacter xylanophilus
  • Ruthia magnifica

S

T

  • Thermoanaerobacter ethanolicus
  • Thermoanaerobacter tengcongensis - Bakterium aus heißen Quellen in der Volksrepublik China
  • Thermoanaerobacter pseudoethanolicus
  • Thermobifida fusca
  • Thermosipho melanesiensis
  • Thermosynechococcus elongatus
  • Thermotoga lettingae
  • Thermotoga maritima - sehr säureliebendes Bakterium
  • Thermotoga petrophila
  • Thermus thermophilus - hitzeliebendes, aquatisches Bakterium, Enzyme des Bakteriums finden u.a. Einsatz in der PCR
  • Thiobacillus denitrificans
  • Thiomicrospira crunogena
  • Treponema pallidum - Erreger der Syphilis
  • Treponema denticola
  • Tropheryma whipplei - Erreger der Whipple-Krankheit

U-V-W

  • Ureaplasma parvum
  • Ureaplasma urealyticum - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes
  • Verminephrobacter eiseniae
  • Vesicomyosocius okutanii
  • Vibrio cholerae - Erreger der Cholera
  • Vibrio fischeri - Leuchtbakterium, das im Meer lebt und für den Nachweis von Schadstoffen verwendet wird, u. a. für die Qualitätsbestimmung von Abwasser
  • Vibrio harveyi
  • Vibrio parahaemolyticus - Erreger schwerer Magen-Darm-Entzündungen
  • Vibrio vulnificus - Meeresbakterium, kann bei Verzehr von rohen Meeresorganismen zu Erkrankungen führen
  • Wigglesworthia glossinidia
  • Wolbachia pipientis
  • Wolinella succinogenes - Bakterium im Rindermagen

X-Y-Z


    • Cyanobakterien (veraltete Bezeichnung: „Blaualgen“)
    • Anabaena spec. - mehrzellig, Trichom-bildend
    • Gloeobacter violaceus - mit Schleimkapseln
    • Prochlorococcus marinus - Meeresbakterium
    • Synechococcus spec. - im Meer lebend
    • Synechocystis spec. - im Meer lebend
    • Thermosynechococcus elongatus - thermophil

Eukaryoten

Protisten

Pilze

Pflanzen

Tiere

Quellenangaben

  1. ↑ Co-Discoverer Of DNA Presented With His Own Genome Sequence
  2. ↑ http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/315/5809/207
  3. ↑ http://idw-online.de/pages/de/news141021
  4. ↑ Daniel Lang, Andreas Zimmer, Stefan Rensing, Ralf Reski(2008): Exploring plant biodiversity: the Physcomitrella genome and beyond. Trends in Plant Science 13, 542-549. [1]
  5. ↑ Nene V, Wortman JR et al.:Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector.Science. 2007 May 17, PMID 17510324
  6. ↑ http://www.nature.com/nature/journal/v453/n7198/abs/nature06967.html
  7. ↑ http://www.wissenschaft.de/wissenschaft/news/285014.html
  8. ↑ Sea Urchin Genome Sequencing Consortium; Sodergren E. et al.The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Science. 2006 Nov 10;314(5801):941-52. PMID 17095691
  9. ↑ Tribolium Genome Sequencing Consortium, Richards S, Gibbs RA, et al.: The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum. Nature. 2008 Apr 24;452(7190):949-55. Epub 2008 Mar 23. PMID 18362917
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