Felsenstein 81

Felsenstein 81 (F81) ist eine von dem US-amerikan. Wissenschaftler Joe Felsenstein im Jahre 1981 entwickelte Methode, um Distanzdaten von Sequenzalignments zu korrigieren.

Einleitung

Um einen Stammbaum zu konstruieren, werden orthologe Sequenzen von Genomabschnitten, meist von Genen untereinandergeschrieben und "sinnvoll" aneinander abgeglichen (Erstellung eines multiplen Sequenzalignments). Daraus kann man dann Stammbäume erstellen. Dafür gibt es 2 grundlegende Vorgehensweisen. Entweder man vergleicht jeden einzelnen Charakter (Aminosäure bei Proteinsequenzen oder Basen bei DNA) (charakter-orientierte Stammbaumerstellung) oder man wandelt die einzelnen Stellen in sogenannte Distanzdaten um. Dabei berechnet man die Abstände der Charaktere voneinander und erstellt daraus eine Matrix, mit der man die Sequenzen vergleichen kann (matrix-orienierte Stammbaumerstellung).

Erklärung

Da es mit der Zeit auch Rückmutationen gibt, muss man die rohen Distanzwerte korrigieren.

F81 geht im Gegensatz zu Jukes & Cantor oder Kimura-2-Parameter davon aus, dass die Nukleotidzusammensetzung unterschiedlich ist. Bei F81 wird, wie bei Jukes & Cantor angenommen, dass die Umwandlung der Basen oder Aminosäuren ineinander mit gleicher Wahrscheinlichkeit stattfindet.