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Der Lake Mendota liegt etwa 120 Kilometer westlich von Milwaukee und vom Michigan See, in den USA. Der See ist relativ klein und flach. Er wird durch den Yahara River gespeist, welcher im Norden einströmt und im Südosten wieder ausfließt.
Bekannt wurde der Lake Mendota durch limnologische Untersuchungen und Forschungen und gilt als einer der Geburtsorte der modernen Limnologie.
Im Winter friert der See teilweise zu. Diese Eisperiode dauert jedes Jahr etwa dreiandhalb Monate, wobei die Konzentration des gelösten Sauerstoffes im Wasser im Epilimnion relativ hoch ist und im Sommer auf 1-2 mg/l während des Sommers fällt.
Seit dem Beginn des 20. Jahrhunderts wurden die Siedlungssabwässer in den See eingeleitet. Infolge dessen litt der See zunehmend unter der Eutrophierung. Von 1912 bis 1958 versuchte man mit Kupfersulfat die Überwuchung des Sees durch Algen zu verringern. Zwar wurde dadurch die Algenblüte effektiv unterdrückt, aber das gelöste Kupfer verschmutzte das Sediment und sammelte sich unlösliches Kupferkarbonat in den unteren Schichten. Schließlich versuchte man einen Teil des Abwassers in die weiter nördlich liegenden Seen umzuleiten, die aber auch mit der Zeit eutroph wurden. Um mit der Situation fertig zu werden leitete man letztendlich das Abwasser in den Yahara River.
