MS-FINDER
| MS-FINDER
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| Basisdaten
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| Aktuelle Version | 3.73[1] |
| Betriebssystem | Windows |
| Kategorie | Strukturaufklärung |
MS-FINDER ist eine Software zur Strukturaufklärung mittels Massenspektrometrie auf Basis des .Net-Frameworks. Hierzu werden Summenformeln von Vorläuferionen von hochauflösenden Massenspektrometern, deren Isotopenverhältnis und Produkt-Ionen vorhergesagt. Auf deren Basis werden alle Isomeren aus Metabolomdatenbanken heruntergeladen, die Tandem-Massenspektrometrie Fragmentierung in silico berechnet und anschließend nach einer Rangliste geordnet, bei der Dissoziationsenergien, Massengenauigkeit, Bindungen und Regeln zur Wasserstoff-Umlagerung berücksichtigt werden.[2] Um die Trefferwahrscheinlichkeit zu steigern kann MS-FINDER auch mit größeren Datenbanken aus hypothetischen Strukturen ergänzt werden, etwa aus Stoffwechselwegen auf Basis von KEGG.[3]
Rezeption
Im CASMI-Wettbewerb 2016 konnten MS-FINDER 89 % der Molekülformeln korrekt vorhersagen.[4] Bei der Untersuchung von phenolischen Komponenten in Lebensmittelmatrix konnte sowohl MS-FINDER als auch SIRIUS über 90 % korrekt identifizieren. Eine Vorhersage von Isomeren ist nicht möglich.[5]
Weblinks
- offizielle Website (englisch)
Einzelnachweise
- ↑ MSFINDER v3.73. 30. Mai 2025.
- ↑ Hiroshi Tsugawa, Tobias Kind, Ryo Nakabayashi, Daichi Yukihira, Wataru Tanaka, Tomas Cajka, Kazuki Saito, Oliver Fiehn, Masanori Arita: Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software. In: Analytical Chemistry. Band 88, Nr. 16, 16. August 2016, S. 7946–7958, doi:10.1021/acs.analchem.6b00770, PMID 27419259, PMC 7063832 (freier Volltext).
- ↑ Zijuan Lai, Hiroshi Tsugawa, Gert Wohlgemuth, Sajjan Mehta, Matthew Mueller, Yuxuan Zheng, Atsushi Ogiwara, John Meissen, Megan Showalter, Kohei Takeuchi, Tobias Kind, Peter Beal, Masanori Arita, Oliver Fiehn: Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics. In: Nature Methods. Band 15, Nr. 1, Januar 2018, S. 53–56, doi:10.1038/nmeth.4512, PMID 29176591, PMC 6358022 (freier Volltext).
- ↑ Arpana Vaniya, Stephanie N. Samra, Mine Palazoglu, Hiroshi Tsugawa, Oliver Fiehn: Using MS-FINDER for identifying 19 natural products in the CASMI 2016 contest. In: Phytochemistry Letters. Band 21, September 2017, ISSN 1874-3900, S. 306–312, doi:10.1016/j.phytol.2016.12.008, PMID 31576201, PMC 6771281 (freier Volltext).
- ↑ Luana P. Mallmann, Alessandro O Rios, Eliseu Rodrigues: MS-FINDER and SIRIUS for phenolic compound identification from high-resolution mass spectrometry data. In: Food Research International (Ottawa, Ont.). Band 163, Januar 2023, ISSN 1873-7145, S. 112315, doi:10.1016/j.foodres.2022.112315, PMID 36596206.