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Ursprünglich verlief die Strecke weiter über Südböhmen nach Prag beziehungsweise nach Eger (Cheb). Der Prager Franz-Josefs-Bahnhof hieß ab 1919 Praha Wilsonovo nadraží (Wilson-Bahnhof) und heißt heute Praha hlavní nadraží (Hauptbahnhof).
Die Eröffnung des ersten Teilstücks zwischen Budweis (České Budějovice) und Pilsen (Plzeň) fand am 1. September1868 statt, Wien wurde am 23. Juni1870 erreicht. 1884 wurde die Bahn verstaatlicht.
Die Bahnlinie wurde knapp nach 1900 zweigleisig ausgebaut. 1959 wurde aber zwischen Sigmundsherberg und Gmünd das zweite Gleis entfernt und 1967 wurde es bis Absdorf-Hippersdorf entfernt, sodass nurmehr die Strecke zwischen Wien und Absdorf-Hippersdorf zweigleisig geführt ist. Während bis in die 1990er Jahre hier noch Züge nach Prag und Berlin (Vindobona) fuhren, hat sie heute nur noch regionalen Verkehr. Die Österreichische Nordbahn übernahm den Hauptteil des Bahnverkehrs in Richtung Tschechien, interessanterweise aber von Wien Südbahnhof .