Die Gauliga Baden 1943/44 war die elfte Spielzeit der Gauliga Baden (seit 1939 offiziell „Bereichsklasse Baden“) im Fußball. Kriegsbedingt wurde die Spielklasse wieder in mehrere Staffeln aufgeteilt und der Meister durch eine Endrunde der Gruppensieger ermittelt. Ein regulärer Spielbetrieb war vielerorts kaum noch möglich, einige Mannschaften schlossen sich zu Kriegsspielgemeinschaften (KSG) zusammen, um überhaupt noch teilnehmen zu können. Der Titelverteidiger VfR Mannheim konnte sich erneut in überlegener Weise durchsetzen und gewann damit die letzte badische Gaumeisterschaft, denn 1944/45 nahm nur noch die Gruppe Nord den Spielbetrieb auf, brach ihn aber im Januar 1945 ab. Die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft 1944 wurde wieder im K.O.-System gespielt, nach einem Sieg über den FC Bayern München in der ersten Runde war für den VfR nach dem Achtelfinale gegen den 1. FC Nürnberg Endstation.
Hardy Grüne: Enzyklopädie des deutschen Ligafußballs 1. Vom Kronprinzen bis zur Bundesliga 1890 bis 1963. Agon-Sportverlag, Kassel 1996, ISBN 3-928562-85-1
Hardy Grüne: Enzyklopädie des deutschen Ligafußballs 7. Vereinslexikon. Agon-Sportverlag, Kassel 2001, ISBN 3-89784-147-9