Endogen (griech. "im Innern") hat in verschiedenen Wissenschaften eine eigene Bedeutung:
Die Medizin spricht von endogenen Stoffen, Krankheiten oder Krankheitserregern, wenn diese im Innern des menschlichen Körpers entstehen.
Die [[Psychologie]] spricht von endogenen Faktoren oder Prozessen, wenn diese aus der psychischen Veranlagung eines Individuums heraus entstehen.
Auch die Wirtschaftswissenschaften benennen endogene Faktoren. In diesem Zusammenhang sind jene Faktoren gemeint, die ein Wirtschaftssystem (beispielsweise eine Volkswirtschaft) von Innen heraus beeinflussen.
In der Botanik sind endogene Pflanzenteile solche Teile einer Pflanze, die nicht aus Gewebeschichten an der Oberfläche der Pflanze heraus entstehen, sondern im Innern der Pflanze. Während ihres Wachstums durchstoßen sie anschließend die äußeren (exogenen) Gewebeschichten.
Die Geologie benennt ebenfalls endogene Kräfte, das heißt Kräfte, die im Erdinnern entstehen.