Ein Sigma-Faktor beschreibt in der Protein-Biosynthese von Prokaryonten ein Protein, welches für die Initiation der Transkription notwendig ist.
Der Sigma-Faktor bindet an die Pribnow-Box des Promotors und erhöht damit drastisch die Bindungswahrscheinlichkeit der Polymerase an dieser Stelle, denn die Polymerase kann sich auch so locker an die DNA binden (allerdings ohne zu transkribieren). Nun wird unter Einbau von Nukleotiden die Elongation gestartet, wobei der Sigma-Faktor abgespalten wird.