Das Franz-Marc-Gymnasium (kurz: FMG) wurde im Jahre 1973 unter der Bezeichnung Gymnasium Markt Schwaben gegründet.
Es gehört damit zu jenen bayerischen Gymnasien, die seit der Mitte der 60er Jahre in einer bemerkenswerten Ausweitung des gymnasialen Bildungssystems eingerichtet wurden. Sofort nach der Gründung stieg die Schülerzahl rasch an, so dass nach anfänglicher Unterbringung in verschiedenen Schulen die Fertigstellung des Haupttraktes im Jahre 1976 sehnlich erwartet wurde. Das räumliche Angebot konnte später durch die Errichtung eines Anbaus und einer Turnhalle beträchtlich erweitert werden. Im Jahre 1982 wurde in der Gemeinde Kirchheim-Heimstetten ein weiteres Gymnasium gegründet, was zu einer erheblichen Entlastung des Franz-Marc-Gymnasiums führte.
Die Zahl der Anmeldungen halbierte sich, die Gesamtschülerzahl, die bereits die stattliche Höhe von 1300 erreicht hatte, sank auf 820. Seit 1985 stieg die Zahl der Neuanmeldungen wieder kontinuierlich an und pendelte sich ab 1990 bei ca. 150 Schülerinnen und Schülern ein. Zum Schuljahr 2004/2005 traten in die Jahrgangsstufe 5 150 Schüler und Schülerinnen ein. Derzeit (10/04) beträgt die Schülerzahl 1138. Das Franz-Marc-Gymnasium ist damit mit Abstand die größte Schule in Markt Schwaben.
Die Schule besitzt allerdings ein weit über die Grenzen von Markt Schwaben hinausreichendes Einzugsgebiet. Im Schuljahr 2004/2005 beispielsweise kommen 311 Schüler aus Markt Schwaben, 528 weitere aus dem sonstigen Landkreis Ebersberg (insgesamt 74 % der gesamten Schülerschaft). 24 % der Schüler kommen aus dem Landkreis Erding, 2 % aus dem Landkreis München.
Das Franz-Marc-Gymnasium hat vier Partnerschulen, mit denen regelmäßig Kontakt gepflegt wird, das Collège Henri Wallon in Savigny-le-Temple/Frankreich, die JFK-Highschool in Seattle/USA, das Goethe-Gymnasium in Weimar und das XIII Liceum Ogólnoksztalcace im Aleksandra Fredry in Breslau/Polen.
Am Franz-Marc-Gymnasium wird der an bayerischen Gymnasien übliche Kanon an Pflichtfächern unterrichtet. Modifikationen ergeben sich durch die Teilung in einen neusprachlichen und einen mathematisch-naturwissenschaftlichen Zweig (bzw. sprachlichen und naturwissenschaftlich-technologischen Zweig im achtjährigen Gymnasium) sowie durch verschiedene Sprachenfolgen. Schülerinnen und Schüler, die den neusprachlichen (sprachlichen) Zweig besuchen, lernen drei Fremdsprachen (in der Reihenfolge Latein - Englisch - Französisch oder Englisch - Latein - Französisch), Schülerinnen und Schüler, die den mathematisch-naturwissenschaftlichen (naturwissenschaftlich-technologischen) Zweig besuchen, lernen nur zwei Fremdsprachen (in der Reihenfolge Englisch - Latein oder Englisch - Französisch oder Latein - Englisch), setzen dafür aber einen deutlich verstärkten Schwerpunkt im Bereich der naturwissenschaftlichen Fächer.
Neben dem Pflichtprogramm konnte das Franz-Marc-Gymnasium in den letzten Jahren ein umfangreiches Programm an Wahlfächern und Arbeitsgemeinschaften anbieten. Schwerpunkte in diesem Bereich waren und sind u. a. Musik (z. B. Chor, Orchester, Instrumentalunterricht), Theater (Theatergruppen der Unter-, Mittel- und Oberstufe), Sport (z. B. Akrobatik, Gymnastik und Tanz, Mädchenfußball, Klettern, Volleyball), Umweltschutz (z.B. Geoökologie/Wetterstation, Schulgarten), Psychologie (z.B. Lerntraining in den 5. Klassen, Mediation, Suchtprävention), Medien (z. B. projektorientierte Arbeit mit Neuen Medien, Film und Video, Photographie), politische Bildung (Politik und Zeitgeschichte), mathematisch-naturwissenschaftliche Bildung (Pluskurse Mathematik, Forschen im Team) sowie Textilarbeit mit Werken/Hauswirtschaft. Aber auch Gruppen, deren Intentionen nicht unmittelbar im Pflicht- bzw. Wahlunterricht verankert sind (z.B. eine Schachgruppe, eine 3.-Welt-Gruppe), treffen sich regelmäßig.
Das Franz-Marc-Gymnasium wurde wegen der hervorragenden Arbeit, die im Zusammenhang mit der Klimastation geleistet wurde, in das Programm Globe-Germany aufgenommen. Im Globe-Germany-Programm sind weltweit ausgewählte Schulen zum Zwecke der Beobachtung, der Erhebung und des Vergleichs von Klimadaten zusammengeschlossen.
Im Jahre 1989 wurde dem Gymnasium in Markt Schwaben der Name Franz-Marc-Gymnasium (nach dem Maler Franz Marc) verliehen. Mit der Wahl dieses Namens verbindet sich nicht nur die Hoffnung auf ein eigenständiges, unverwechselbares Profil, sondern auch der Wunsch, den Gedanken umfassender wissenschaftlicher, künstlerischer und charakterlicher Bildung als Aufgabe des Gymnasiums deutlich zu machen.